cmsearch läuft nach Ende der WU ohne BOINC Aufsicht weiter

[yoyo]

Mir ist das auch schon aufgefallen, dass nach einer Weile unter Linux64 sehr viele cmsearch rumhängen. Ich hatte das allerdings auf von Boinc angefangene und dann geswitchte WUs geschoben. Kann aber gut möglich sein, dass es genau so wie bei Dir ist.
yoyo

[mxplm]

Ich werde mal weiter drauf achten. Heute habe ich es nur gemerkt, weil sich trotz 8 GB RAM auf einmal mein SWAP mit über 500 MB gefüllt hatte. Der PC läuft 24/7, sollte sich wieder was sammeln bekomme ich es denke ich mit. Jetzt habe ich erstmal aufgeräumt...

[Michael H.W. Weber]

...von diesem Problem höre ich zum ersten Mal.

Michael.

[Ananas]

... Ich hatte das allerdings auf von Boinc angefangene und dann geswitchte WUs geschoben. ...
yoyo

Wenn's an (z.B. wegen Speicher) pausierten WUs liegen wuerde, muessten die Wrapper dazu noch rumfliegen.

Da die PPID aber ueberall 1 ist, bedeutet das, dass der Wrapper sich verkruemelt hat ohne vorher das unter seiner Kontrolle laufende Programm mitzunehmen und sich die cmsearch-Prozesse daher an init gehaengt haben.

p.s.: Was meldet denn der Wrapper bzw. BOINC bei einer solchen WU ans Projekt?

[mxplm]

Das würde die meisten Leichen erklären, aber was machen wir dann mit den beiden hier?

Code: Alles auswählen

boinc    15610  0.0  0.0   5252  3080 ?        TN   Feb05   0:00 cmsearch --forecast 1 cmfile in
boinc    15616  0.0  0.0   9108   184 ?        TN   Feb05   0:00 ../../projects/www.rnaworld.de_rnaworld/cmswrapper_0.20_x86_64-pc-linux-gnu

[coturnix]

Vor einer Weile hatte ich dasselbe Problem. Damals liefen noch mehrere Projekte parallel, zu wenig Speicher gab es aber nie. Seit dem nur noch RNA World läuft, hab ich keine einzige Leiche mehr entdeckt.

Tilman

[Norman]

bei cms-wrapper ist mir auch mal aufgefallen als ich aus dem ruhezustand gebootet habe, dass die wrapper gecrasht waren aber die cmsearch brav weiterliefen.
neue wrapper starteten und ich hatte 16 cmsearch gleichzeitg am laufen.
habe ich vorsichtshalber mal per hand gekillt, weil ich nicht wusste ob die sauber durchlaufen werden.
waren nur kurze, aber bei introns die schon lange liefen wäre ich glaub ich " sehr ungehalten " gewesen

unter linux konnte ich solche "leichen" auch schon beobachten, aber hab das nicht weiter beobachtet da es nur gelegentlich mal passiert ist.

[mxplm]

Neuer Fall, leider mit langen WUs, siehe hier.

Imho sollten wir den Wrapper mal auf Herz und Nieren prüfen, was könnte da schief gehen?

[mxplm]

Vorgestern wieder zwei WUs ohne BOINC, heute acht autonom laufende cmsearch die zwei BOINC WUs.

[Norman]

http://www.rnaworld.de/rnaworld/workuni ... id=3813115
bei der WU hat jemand nach 7,376,068.14 sec. die WU abgebrochen und das war keine lahme krücke...
da stimmt doch was nicht ?!

[mxplm]

In letzter Zeit sind kaum noch WUs ausgebrochen, von denen ich etwas mitbekommen hätte... bis ich heute htop benutzt habe. Es haben sich doch glatt über 30 WUs still und heimlich aus BOINC heraus geschlichen und sich verselbstständigt. So viele Zombies musste ich killen, fast wie bei Resident Evil.

Zuvor hatte ich an zwei XXL WUs gerechnet, die je bei 104 Stunden Rechenzeit standen. Vielleicht hat es mit denen was zu tun, aber das ist nur eine Vermutung.
Die WUs waren alle längst als "Computation Error" beim Server gemeldet: Host#9158

[yoyo]

Also Boinc denkt die seien fertig (mit error) aber die rechnen munter weiter?
yoyo