RNA World Workshop Nr. 3

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Michael H.W. Weber
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RNA World Workshop Nr. 3

#1 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 11.07.2014 22:50

Ich hatte heute mit Christian besprochen, dass wir für das RNA World Projekt möglichst zeitnah einen Workshop machen sollten, wo wir konkret die RoadMap des Projekts inkl. Zeitplan abstecken wollen. Primär sollen daran die Entwickler teilnehmen - ich habe allerdings auch nichts dagegen, dass an dem Projekt Interessierte dazu kommen und sich ggf. auch als Entwickler einklinken. Die Frage wäre, in welcher Form man dies macht. Online wäre sicherlich möglich, aber ehrlich gesagt wäre es mir lieber, wir würden uns mal IRL an einem Wochenende treffen, etwas grillen und alles im Detail besprechen. Anbieten würde sich z.B. unser HackSpace in MR, wo wir genügend Platz haben und bei Bedarf auch gleich technisch Dinge umsetzen könnten. Evt. liesse es sich sogar mit der diesjährigen MV kombinieren, also schon ab Freitag 8. August loslegen?
Bitte mal kommentieren...

Die Themen, die anstünden sind vielfältig:

Ergebnis-Datenbank
RNA World Hub-Portal
Neue Science-Apps (Docking, MD, Visualisierung)
Umstellung auf Infernal 1.1
uvm.

Michael.
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Re: RNA World Workshop Nr. 3

#2 Ungelesener Beitrag von ChristianB » 12.07.2014 13:17

Ich habe mir gerade nochmal die Ergebnis-Datenbank angeschaut. Die DB-Struktur und das Interface sind ja schon vorhanden. Wie es aussieht müssen wir erstmal einen Workflow definieren wie wir die Daten in die Datenbank bekommen. Da sind ja noch einige Konsistenzprüfungen notwendig. Die müssen auch definiert werden und mit entsprechenden Skripten überprüft werden. Die Infos dazu sind zur Zeit an mehreren Orten gespeichert. Ich führe die hier mal auf damit es nicht verloren geht:
http://www.rechenkraft.net/wiki/index.p ... /RNA_World
http://www.rnaworld.de/drupal-6.17/
auf dem RNA World Server:
~/yoyo/rnaworld/cmsearch/extractor/*
~/yoyo/rnaworld/cmsearch/generator/*
Ausserdem noch einige Infos in meinem E-Mail Postfach

Ich würde dafür gern ein eigenes Redmine Projekt anlegen wo alle Infos und Dateien zusammengeführt werden. Was auch bedacht werden muss ist das die Drupal 6 Module auf Drupal 8 migriert werden sollten weil der Drupal 6 Support ausläuft sobald Drupal 8 veröffentlicht wird (da gibt es aber noch kein Datum).

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Re: RNA World Workshop Nr. 3

#3 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 21.07.2014 11:35

Ah, da haben wir ja schon eine gewisse Übersicht! :D

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Re: RNA World Workshop Nr. 3

#4 Ungelesener Beitrag von ChristianB » 10.08.2014 18:39

Hier die Dokumentation zu AutoDock als BOINC App: https://wiki.debian.org/BOINC/ServerGuide/AutoDockApp

Update: Für Vina gibt es eine extra Anleitung die man hier findet: https://wiki.debian.org/BOINC/Server/Projects/AutoDock

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Re: RNA World Workshop Nr. 3

#5 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 12.08.2014 13:20

Auf dieser Basis lässt sich Autodock (und noch wichtiger: Autodock Vina) als Docking App sehr stringent in RNA World integrieren. :roll2:

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