Endmonster erlegt...

Alles zum Projekt RNA World
Nachricht
Autor
Benutzeravatar
yoyo
Vereinsvorstand
Vereinsvorstand
Beiträge: 7797
Registriert: 17.12.2002 14:09
Wohnort: Berlin
Kontaktdaten:

Re: Monster erlegt...

#37 Ungelesener Beitrag von yoyo » 06.03.2011 21:04

Und was ist mit denen, die ihren REchner einfach ausschalten oder Boinc einfach löschen?
yoyo
HILF mit im Rechenkraft-WiKi, dies gibts zu tun.
Wiki - FAQ - Verein - Chat

Bild Bild

Benutzeravatar
Norman
Vereinsmitglied
Vereinsmitglied
Beiträge: 2188
Registriert: 20.03.2003 14:34
Wohnort: Saarland
Kontaktdaten:

Re: Monster erlegt...

#38 Ungelesener Beitrag von Norman » 12.03.2011 15:36


DersaureFritz

Re: Monster erlegt...

#39 Ungelesener Beitrag von DersaureFritz » 13.03.2011 09:34

Habe mal wieder eine von der etwas größeren Wuitzen erwischt.
Bisher 08:45 Std und 12,7% fertig! :wink:

Eisfelder
Prozessor-Polier
Prozessor-Polier
Beiträge: 136
Registriert: 23.02.2011 16:24

Re: Endmonster erlegt...

#40 Ungelesener Beitrag von Eisfelder » 16.03.2011 21:49

Mein Rechner ist jetzt seit mehr als 76 Tagen mit diesem Intron beschäftigt.....

Gibt es irgendeise Möglichkeit zu sehen, ob er noch "sauber" rechnet, oder sich in einem loop befindet?

Wieviel Zeit sollte ich diesem task noch geben?

Benutzeravatar
Norman
Vereinsmitglied
Vereinsmitglied
Beiträge: 2188
Registriert: 20.03.2003 14:34
Wohnort: Saarland
Kontaktdaten:

Re: Endmonster erlegt...

#41 Ungelesener Beitrag von Norman » 16.03.2011 22:10

kannst du mal bitte posten welche workunits du da genau hast und ob die deadline noch OK ist, damit man die noch verlängern kann ?!

wenn sie cpu und ram brauchen laufen die auch durch. loops sind bisher (glaube ich) noch nie aufgetaucht.
kannst aber mal in deinem boincverzeichnis die "slots" durchgehen und gucken an welchem tag/uhrzeit sich da was getan hat.
in der regel werden da verschiedene sachen aktualisiert.
denke aber die laufen die fiesen monster :evil2:

Eisfelder
Prozessor-Polier
Prozessor-Polier
Beiträge: 136
Registriert: 23.02.2011 16:24

Re: Endmonster erlegt...

#42 Ungelesener Beitrag von Eisfelder » 17.03.2011 13:35

Es geht immer noch um diesen file:

Work ID http://www.rnaworld.de/rnaworld/workuni ... id=3813115

Die Laufzeit ist derzeit bis 28.3. angegeben.

Er läuft jetzt seit mehr als 1845 Stunden - langsam wird es langweilig!

Unter der Slot Datei habe ich eine txt Datei gefunden mit der Bezeichnung stderr - diese wurde zuletzt
vor 5 min aktualisiert.

Mir hat immer noch niemand die Frage beantwortet, warum gerade diese Introns so viel länger laufen müssen,
als die übrigen files. Was rechnen die da nur die ganzen Monate ??? :zzz: :zzz:

Benutzeravatar
Norman
Vereinsmitglied
Vereinsmitglied
Beiträge: 2188
Registriert: 20.03.2003 14:34
Wohnort: Saarland
Kontaktdaten:

Re: Endmonster erlegt...

#43 Ungelesener Beitrag von Norman » 17.03.2011 14:01

ah, sehr schön. dann lebt das monster noch.
mmmh, im detail kann dir das sicherlich Michael besser beantworten.
ich versuchs mal.

bei diesen Introns und ihrem doch recht großen inputfile hat sich die laufzeitvorhersage der wissenschaftlichen applikation im gegensatz zu den anderen WU erheblich geirrt.
für jede WU wird eine laufzeitvorhersage (forecast) gestartet die ca. 1 minute läuft.
natürlich kann die WU nicht solange forecasted werden, das man 100% genau sagen kann wie lange die läuft, sonst könnte der server die ja alleine berechnen.
nun versucht der vorhersage-algorithmus so gut wie möglich zu schätzen wie lange die WU laufen wird.
das funktioniert in der regel bei den meisten WU die so im angebot recht gut ( manchmal überziehen sie ein wenig und manchmal sind sie sogar etwas früher fertig).
nun hängt das im laufe der einzelnen berechnungsschritte stark von der komplexität der WU ab und die Intron_gpI scheinen in gewissen bereichen so immens komplex zu sein,
dass der vorhersagealgorithmus da total daneben geschätzt hat und die wirklich gebrauchte rechenzeit nicht abschätzen konnte/kann.

die dinger waren also in der art garnicht geplant gewesen und waren/sind eine schöne überraschung gewesen.
anscheinend sind sie von hoher wissensch. bedeutung da sie noch in umlauf sind.
einige WU die für "normale" desktoprechner (und auch server) in bezug auf (seeehr viel) RAM und laufzeit nicht rechenbar waren, wurden sogar aus dem projekt auf unbestimmte zeit erstmal entfernt.
jetzt sind nur noch einige wenige introns zu knacken und dann sind wir erstmal verschont.

jetzt kann man ja in den projekteinstellungen wählen zwischen cmsearch xxl (die langen > 20h) und den kürzeren cmsearch S (<20h).
eine "intronüberraschung" sollte es in nächster zeit dann ungewollt nicht mehr geben.

p.s. hab diese WU geknackt und du wirst das auch schaffen *daumen drück*

Benutzeravatar
Michael H.W. Weber
Vereinsvorstand
Vereinsvorstand
Beiträge: 20406
Registriert: 07.01.2002 01:00
Wohnort: Marpurk
Kontaktdaten:

Re: Endmonster erlegt...

#44 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 18.03.2011 02:08

Eisfelder hat geschrieben:Mir hat immer noch niemand die Frage beantwortet, warum gerade diese Introns so viel länger laufen müssen,
als die übrigen files. Was rechnen die da nur die ganzen Monate ??? :zzz: :zzz:
Das hängt mit der Struktur dieser RNA zusammen. Es gibt interne Regionen, die große, variable Schleifen enthalten können. Das hat zur Folge, dass es ein erheblicher Mehraufwand ist, diese RNA auf ein Genom abzubilden. Die Zahl der zu testenden Kombinationen ist wegen der internen Schleifenregionen einfach größer. Dann kommt hinzu, dass die lang laufenden Intron-gpIs (es gibt übrigens auch kurze...) noch Genomsequenzen (eigentlich müßte ich Chromosomen sagen, da sie in einigen Fällen nur Teile des gesamten Genoms sind) durchmustern, die zu den größten gehören, die wir momentan bearbeiten (30-50 MB). Zum Vergleich: Bakterien haben recht genau ein Zehntel dieser Größe. Die Laufzeit steigt generell in etwa linear mit der Genomgröße. Wenn dann noch die komplexere RNA-Sekundärstruktur dazu kommt, erklärt sich, weshalb diese WUs exorbitant aufwändiger sind.
Und noch etwas: Es gibt in unserem Sortiment Genomdateien von 500 MB (das Opossum zum Beispiel besitzt das größte Chromosom aller bisher sequenzierten Organismen), also nochmal das Zehnfache dessen, was bisher das längste ist, was wir angehen. :attention: Aber keine Sorge, diese Chromosomen (und übrigens auch einige der Menschen haben eine beachtliche Größe) geben wir nicht aus. Wir haben aber ein neues, noch nicht eingesetztes System erarbeitet, diese Dateien in Fragmente zu zerlegen, separat zu analysieren und die Einzelergebnisse dann anschließend zum korrekten Gesamtbild zusammenzuschustern. :wink:

Michael.
Fördern, kooperieren und konstruieren statt fordern, konkurrieren und konsumieren.

http://signature.statseb.fr I: Kaputte Seite A
http://signature.statseb.fr II: Kaputte Seite B

Bild Bild Bild

Benutzeravatar
Norman
Vereinsmitglied
Vereinsmitglied
Beiträge: 2188
Registriert: 20.03.2003 14:34
Wohnort: Saarland
Kontaktdaten:

Re: Endmonster erlegt...

#45 Ungelesener Beitrag von Norman » 18.03.2011 08:32

wenn der "zerstückler" funktioniert, dann müsste man theoretisch ja keine einzige WU mehr ausgeben die lange läuft und ALLES einheitlich so zerhacken,
dass laufzeiten bis max. z.b. 1-4h entstehen bei jeder art von WU. (cms,cmc ...).
auch die auswahl in den einstellungen (xxl/s) könnte man sich schenken, da sowieso alles ungefähr einheitlich lange laufen wird.
für user also perfekt mit standardlaufzeiten bei einem projekt.
wann kommt das endlich? :D :unsure:

Die AliBaBa's
Taschenrechner
Taschenrechner
Beiträge: 9
Registriert: 18.03.2011 16:35

Re: Endmonster erlegt...

#46 Ungelesener Beitrag von Die AliBaBa's » 18.03.2011 17:05

Hi,

kann da mal einer nachschauen:
Boinc sagt Deadline ist 24.03.2011 (wäre ja bald)
Bei RNA sehe ich da Deadline 23.4.2011 (http://www.rnaworld.de/rnaworld/result. ... d=11102117)
was ist jetzt richtiger ?

Das gute Stück läuft seit über 200 Std mit 100% erreicht
gesamte Laufzeit jetzt 337:32
lt. RNA soll das Ding auf dem Refernzsystem in 3 Tagen 16 Stunden 49 sec. fertig sein ???
kleiner Scherz oder ist das Ding putt ?

Grüße
Die netten AliBaBa

Benutzeravatar
MReed
Task-Killer
Task-Killer
Beiträge: 726
Registriert: 10.02.2010 22:26
Wohnort: Berlin

Re: Endmonster erlegt...

#47 Ungelesener Beitrag von MReed » 18.03.2011 17:52

Die AliBaBa's hat geschrieben:Hi,

kann da mal einer nachschauen:
Boinc sagt Deadline ist 24.03.2011 (wäre ja bald)
Bei RNA sehe ich da Deadline 23.4.2011 (http://www.rnaworld.de/rnaworld/result. ... d=11102117)
was ist jetzt richtiger ?

Das gute Stück läuft seit über 200 Std mit 100% erreicht
gesamte Laufzeit jetzt 337:32
lt. RNA soll das Ding auf dem Refernzsystem in 3 Tagen 16 Stunden 49 sec. fertig sein ???
kleiner Scherz oder ist das Ding putt ?

Grüße
Die netten AliBaBa
Die vom Server ist immer die auf die man sich verlassen sollte...
MfG
MReed

Bild

Roland Schneider
Vereinsvorstand
Vereinsvorstand
Beiträge: 918
Registriert: 12.11.2003 20:41
Wohnort: Stavenhagen
Kontaktdaten:

Re: Endmonster erlegt...

#48 Ungelesener Beitrag von Roland Schneider » 18.03.2011 20:40

Die AliBaBa's hat geschrieben: Das gute Stück läuft seit über 200 Std mit 100% erreicht
gesamte Laufzeit jetzt 337:32
lt. RNA soll das Ding auf dem Refernzsystem in 3 Tagen 16 Stunden 49 sec. fertig sein ???
kleiner Scherz oder ist das Ding putt ?
Kein Scherz, da hat sich unser Referenzsystem bei der Laufzeitschätzung verrechnet, das ist bei den Introns schon öfter vorgekommen.
Kaputt ist die WU auch nicht, braucht nur etwas :angel2: länger, ich würde mal so schätzen zwischen 600 und 1200 Std.
Durchhalten, Du schaffst das :good:

Antworten

Zurück zu „RNA World Diskussionen (deutsch)“