Error WUid 2910642

[Norman]

bei mir ist sie auch wieder abgeschmiert, wie bei Roland auch.

[Michael H.W. Weber]

Unterscheidet sich eure Version von cmsearch in irgendeiner Form von der, die es hier gibt?

Nein,das ist genau, was wir verwenden. Vielen Dank für Deine Hilfe!!!

bei mir ist sie auch wieder abgeschmiert, wie bei Roland auch.

Mit Umstellung von -mxsize oder ohne?
Und ihr müßtet natürlich eine WU nehmen, die mehr als 2048 MB RAM braucht, d.h. eine 1800er ist nicht gerade ein guter Testkandidat. Yoyo, kannst Du da mal einen Downloadlink für eine dieser beiden WUs anbieten:

Code: Alles auswählen

ID-169:  2219.280   96:00/96:365 Std.   cms_GA[e30-50MB_Lin64f]_Oryza-sativa-Indica-Group_CM000127.lin.EMBL_RF00028_Intron_gpI_1284623755_2235_0
ID-169:  2298.568   77:09/78:00 Std.   cms_GA[e30-50MB_Lin64f]_Anopheles-gambiae-str.-PEST_CM000356.lin_EMBL_RF00028_Intron_gpI_1284623755_2187_0

Michael.

P.S.: Ein Problem bei der Kompilierung hatte ich ja vor Monaten bereits befürchtet. Leider kenne ich mich damit nicht so aus. Was bedeutet dies für die Integrität der anderen Ergebnisdaten und wieso ist dies nicht getestet worden, wenn es sich doch so verhält wie Yoyo schreibt?

[nico]

Ich bin mir jetzt nicht ganz sicher, ob wir Änderungen am Code gemacht haben, ich glaube eher nicht. Das müßten aber Nico und Ananas genauer sagen können.

Ananas hatte ein paar Optimierungen gemacht - afaik wurden die aber in das aktuelle Infernal übernommen?

coturnix: Was für einen Kompiler und welche Version davon hast du genutzt?

[yoyo]

Wir testen alle bitte mit der von mir im ersten Posting dieses Theads angegebenen Input Datei. Da ist die für die WUid im Betreff.
yoyo

[Norman]

um weiter zu probieren bräuchten wir dann erstmal apps für win und linux die nicht optimiert sind und vorallem einheitlich compiliert.
Uwe ?

[yoyo]

um weiter zu probieren bräuchten wir dann erstmal apps für win und linux die nicht optimiert sind und vorallem einheitlich compiliert.

Bitte erstmal mit --mxsize 4096 testen, das könnte die Lösung sein.
yoyo

[Norman]

habe ich heute morgen schon getan und nach 2h36min war schicht im schacht !

[yoyo]

Hat er mehr Speicher verbraucht als zuvor?
yoyo

[Norman]

nein, hat es nicht. darauf habe ich nämlich gewartet...
er hat bei der ersten erhöhung 1.256.400k verbraucht, bei der 2. erhöhung 1.297.072k und bei der 3. erhöhung (bevor es dann abgeschmiert ist) 1.799.800k

[coturnix]

@nico: gcc version 4.3.4 (Gentoo Hardened 4.3.4 p1.1, pie-10.1.5)

Ich habe cmsearch noch mal wie folgt kompiliert:

Code: Alles auswählen

(1) CFLAGS="-m64 -msse4 -O2 -pipe" ./configure --enable-debugging=3 --enable-sse
(2) CFLAGS="-m64 -msse4 -O2 -pipe" ./configure --enable-sse

Beide Versionen berechnen zur Zeit immer noch, haben aber die 3-Stunden-Marke schon überschritten, bei der es ursprünglich den Fehler gab. Aktuell liegen sie bei 7 Stunden, es sieht also sehr stark danach aus, als ob die beiden Fassungen einwandfrei funktionieren. Ich melde mich, sobald Ergebnisse da sind.

Mit welchen Parametern ist denn euer Binary kompiliert?

Tilman

[yoyo]

Die CFlags und Compilerversion haben wir jeweils in den Output geschrieben. Wenn man hier im Thread weiter zurückgeht sieht man es:

Normans Rechner:
# compiler: 4.5.0 20090730 (experimental), -O2 -m64 -msse2 -fomit-frame-pointer -malign-double -fstrict-aliasing -mfpmath=sse

Roland:
# compiler: 4.5.0 20090730 (experimental), -O2 -m64 -msse4 -fomit-frame-pointer -malign-double -fstrict-aliasing -mfpmath=sse

Pot:
# compiler: 4.5.0 20090730 (experimental), -O2 -m64 -msse3 -fomit-frame-pointer -malign-double -fstrict-aliasing -mfpmath=sse

[Michael H.W. Weber]

um weiter zu probieren bräuchten wir dann erstmal apps für win und linux die nicht optimiert sind und vorallem einheitlich compiliert.

Bitte erstmal mit --mxsize 4096 testen, das könnte die Lösung sein.

-mxsize 3072 würde auch reichen.

@Norman: Wie groß ist der physikalische Arbeitsspeicher Deines Testrechners? Wenn der nur 4 GB hat, brauchst Du vermutlich (!) -mxsize 4096 gar nicht nehmen. Kann der nicht bedienen. Dann bitte -mxsize 3072 nehmen und sicher stellen, dass der Speicher beim Testen nicht noch mit anderem zugemüllt ist.

Michael.