Error WUid 2910642

[Michael H.W. Weber]

Diese WU habe ich gestern beobachtet. Sie ist mit "error while computing" markiert. Hatte aber Null Fehler:

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20.09.2010 11:01:45    RNA World    Computation for task cms_GA[e30-50MB_Lin64f]_Equus-caballus-(horse)_CM000400.lin.EMBL_RF00028_Intron_gpI_1284623755_2219_6 finished
20.09.2010 11:01:45    RNA World    Starting cms_GA[e1-5MB_Lin64s]_Leishmania-braziliensis_AM494969.lin.EMBL_RF00696_mir-203_1284289494_174621_1
20.09.2010 11:01:45    RNA World    Starting task cms_GA[e1-5MB_Lin64s]_Leishmania-braziliensis_AM494969.lin.EMBL_RF00696_mir-203_1284289494_174621_1 using cmsearch version 14
20.09.2010 11:01:47    RNA World    Started upload of cms_GA[e30-50MB_Lin64f]_Equus-caballus-(horse)_CM000400.lin.EMBL_RF00028_Intron_gpI_1284623755_2219_6_0
20.09.2010 11:01:47    RNA World    Started upload of cms_GA[e30-50MB_Lin64f]_Equus-caballus-(horse)_CM000400.lin.EMBL_RF00028_Intron_gpI_1284623755_2219_6_1
20.09.2010 11:01:54    RNA World    Finished upload of cms_GA[e30-50MB_Lin64f]_Equus-caballus-(horse)_CM000400.lin.EMBL_RF00028_Intron_gpI_1284623755_2219_6_1
20.09.2010 11:01:56    RNA World    Finished upload of cms_GA[e30-50MB_Lin64f]_Equus-caballus-(horse)_CM000400.lin.EMBL_RF00028_Intron_gpI_1284623755_2219_6_0

Details zum Speicherbedarf habe ich vermessen:

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1879.636    3:39/3:42 Std.   cms_GA[e30-50MB_Lin64f]_Equus-caballus-(horse)_CM000400.lin.EMBL_RF00028_Intron_gpI_1285623755_2219_6

Computer ID war 169, ein Phenom II X4 955BE mit 8G RAM.

Michael.

[Norman]

mit der SSE2 version ebenfalls crash:

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# cmsearch :: search a sequence database with an RNA CM
# INFERNAL 1.0.2 (October 2009)
# Copyright (C) 2009 HHMI Janelia Farm Research Campus
# Freely distributed under the GNU General Public License (GPLv3)
# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
# command:    cmsearch --forecast 1 cmfile in
# date:       Mon Sep 20 13:29:00 2010
# compiler: 4.5.0 20090730 (experimental), -O2 -m64 -msse2 -fomit-frame-pointer
-malign-double -fstrict-aliasing -mfpmath=sse
# num seqs:   1
# dbsize(Mb): 9.777536
#
# Pre-search info for CM 1: Intron_gpI
#
#                                  cutoffs            predictions
#                            -------------------  --------------------
# rnd  mod  alg  cfg   beta     E value   bit sc     surv     run time
# ---  ---  ---  ---  -----  ----------  -------  -------  -----------
    1  hmm  fwd  loc      -      26.171    26.83   0.0200  00:06:23.85
    2   cm  ins  loc  1e-015       1.000    19.70  5.1e-005  10:23:09.55
# ---  ---  ---  ---  -----  ----------  -------  -------  -----------
  all    -    -    -      -           -        -        -  10:29:33.40
#
#
# CPU time: 104.62u 00:01:44.62 Elapsed: 00:01:45

Problemsignatur:
  Problemereignisname:    APPCRASH
  Anwendungsname:    cmsearch.exe
  Anwendungsversion:    0.0.0.0
  Anwendungszeitstempel:    4b00952e
  Fehlermodulname:    StackHash_d647
  Fehlermodulversion:    6.1.7600.16559
  Fehlermodulzeitstempel:    4ba9b802
  Ausnahmecode:    c0000374
  Ausnahmeoffset:    00000000000c6df2
  Betriebsystemversion:    6.1.7600.2.0.0.256.1
  Gebietsschema-ID:    1031
  Zusatzinformation 1:    d647
  Zusatzinformation 2:    d647dcd0c3c6af66e6aa15cdefbd8823
  Zusatzinformation 3:    01e2
  Zusatzinformation 4:    01e27e6c216dab1dc4b77dae66ab5ade

Problemsignatur:
  Problemereignisname:    APPCRASH
  Anwendungsname:    cmsearch.exe
  Anwendungsversion:    0.0.0.0
  Anwendungszeitstempel:    4b00952e
  Fehlermodulname:    StackHash_c62f
  Fehlermodulversion:    6.1.7600.16559
  Fehlermodulzeitstempel:    4ba9b802
  Ausnahmecode:    c0000374
  Ausnahmeoffset:    00000000000c6df2
  Betriebsystemversion:    6.1.7600.2.0.0.256.1
  Gebietsschema-ID:    1031
  Zusatzinformation 1:    c62f
  Zusatzinformation 2:    c62f819ecd9da949e6e8663012bc6e3d
  Zusatzinformation 3:    4f48
  Zusatzinformation 4:    4f48adaf0f4eced02025342f656e122b

[mxplm]

Ubuntu Linux 64Bit mit der App aus dem Slot nach 3,6 Std@2,1 GHz segmentation fault. VmPeak war 1674 MB. out ist leer.

[yoyo]

Diese WU habe ich gestern beobachtet. Sie ist mit "error while computing" markiert. Hatte aber Null Fehler:

Doch hatte sie, sie ist wie die anderen WUs mit

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app exit status: 0xc0000005

abgebrochen.

yoyo

[yoyo]

Wir sollten dieses Beispiel dem Entwickler schicken. Ich hatte ja auch schon das Problem mit cmbuild bei riesigen Inputfiles, dass die app crashte auf einem System mit 128GB, wo aber nur Bruchteile davon benutzt wurden.
yoyo

[MonsieurPoot]

Hallo...

Nur der Vollständigkeit halber:
Hier hat sich die WU aus dem ersten Posting auch nach knapp 6,5 Stunden verabschiedet, maximaler RAM-Bedarf lag bei 1,8 GB, out-File ist ebenfalls leer.

http://www.rnaworld.de/rnaworld/show_ho ... hostid=475

- Poot

[ChristianB]

Auch der vollständigkeit halber:
Host #1767

Abgestürzt nach 2:57:27 mit einer maximalen RAM-Nutzung von 1.765.340 kB (1,68 GB). Da lief auch nichts nebenher was den Speicher nutzt da war immer genug frei. Ich habe die default App aus dem Zip genommen. Die out war natürlich auch leer.

[Michael H.W. Weber]

Diese WU habe ich gestern beobachtet. Sie ist mit "error while computing" markiert. Hatte aber Null Fehler:

Doch hatte sie, sie ist wie die anderen WUs mit

Code: Alles auswählen

app exit status: 0xc0000005

abgebrochen.

yoyo

Ich meinte den BOINC Manager, der meldet nichts an Fehlern und nur den gucken die Leute normalerweise an.

Sind die Problem-WUs auch unter Linux getestet worden (Voraussetzung für Entwicklerkontaktierung)?

Dann noch etwas aus dem INFERNAL Manual. Es ist ein Schalter für alle Applikationen - also auch CMSEARCH:

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--mxsize <x> Set the maximum allowable DP matrix size to <x> megabytes. By default this
size is 2,048 Mb. This should be large enough for the vast majority of alignments,
however if it is not cmsearch will exit prematurely and report an error message
that the matrix exceeded it?s maximum allowable size. In this case, the --mxsize
can be used to raise the limit.

Kann man das bitte mal testweise auf --mxsize 4096 hochsetzen und die Testläufe nochmal wiederholen?
Fehlermeldungen der Apps werden an BOINC ja leider nicht weitergereicht, daher ist die Diagnose äußerst schwierig.

Michael.

[Norman]

ok, ich lasse mal --mxsize 4096 laufen und gucke was passiert mit mehr MB.

[coturnix]

Unterscheidet sich eure Version von cmsearch in irgendeiner Form von der, die es hier gibt? Ich habe mir einfach mal erlaubt, es selbst mit Debugging-Symbolen zu kompilieren, weil ich noch mehr Informationen wollte. Und zwar einmal mit und einmal ohne SSE4:

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CFLAGS="-march=core2 -msse4 -mcx16 -msahf -g -pipe" ./configure --enable-debugging=3 --enable-sse --enable-vmx
CFLAGS="-march=core2 -g -pipe" ./configure --enable-debugging=3 --disable-sse

Die erste Version sollte sich dann von eurer quasi nur darin unterscheiden, dass sie dynamisch geklinkt und nicht statisch und überhaupt keine Optimierung hat. Das überraschende ist in jedem Fall, dass beide Version anstandslos und ohne Fehler durchlaufen. Von der 500 GB Debugging-Ausgabe habe ich nur mal das eigentliche Ergebnis hier abgelegt.

Wenn ihr also exakt die gleiche Version habt, dann liegt es offenbar doch an den Compiler-Optionen...

Tilman

[Roland Schneider]

Kann man das bitte mal testweise auf --mxsize 4096 hochsetzen und die Testläufe nochmal wiederholen?
Fehlermeldungen der Apps werden an BOINC ja leider nicht weitergereicht, daher ist die Diagnose äußerst schwierig.

Michael.

Maximale RAM-Auslastung 1,8 GB, 4 Stunden bis zum Crash, i7 mit Win7 und 8 GB RAM, OUT ist leer

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Problemsignatur:
  Problemereignisname:    APPCRASH
  Anwendungsname:    cmsearch.exe
  Anwendungsversion:    0.0.0.0
  Anwendungszeitstempel:    4b0095df
  Fehlermodulname:    StackHash_d647
  Fehlermodulversion:    6.1.7600.16559
  Fehlermodulzeitstempel:    4ba9b802
  Ausnahmecode:    c0000374
  Ausnahmeoffset:    00000000000c6df2
  Betriebsystemversion:    6.1.7600.2.0.0.768.3
  Gebietsschema-ID:    1031
  Zusatzinformation 1:    d647
  Zusatzinformation 2:    d647dcd0c3c6af66e6aa15cdefbd8823
  Zusatzinformation 3:    c42d
  Zusatzinformation 4:    c42dce7e94ef7c1b5db7d6d20a2945f7

Problemsignatur:
  Problemereignisname:	APPCRASH
  Anwendungsname:	cmsearch.exe
  Anwendungsversion:	0.0.0.0
  Anwendungszeitstempel:	4b0095df
  Fehlermodulname:	StackHash_c62f
  Fehlermodulversion:	6.1.7600.16559
  Fehlermodulzeitstempel:	4ba9b802
  Ausnahmecode:	c0000374
  Ausnahmeoffset:	00000000000c6df2
  Betriebsystemversion:	6.1.7600.2.0.0.768.3
  Gebietsschema-ID:	1031
  Zusatzinformation 1:	c62f
  Zusatzinformation 2:	c62f819ecd9da949e6e8663012bc6e3d
  Zusatzinformation 3:	16e6
  Zusatzinformation 4:	16e69000796ad29acee43a99797cb83c

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D:\cms>cmsearch.exe --mxsize 4096 --forecast 1 cmfile in
# cmsearch.exe :: search a sequence database with an RNA CM
# INFERNAL 1.0.2 (October 2009)
# Copyright (C) 2009 HHMI Janelia Farm Research Campus
# Freely distributed under the GNU General Public License (GPLv3)
# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
# command:    cmsearch.exe --mxsize 4096 --forecast 1 cmfile in
# date:       Tue Sep 21 03:28:11 2010
# compiler: 4.5.0 20090730 (experimental), -O2 -m64 -msse4 -fomit-frame-pointer
-malign-double -fstrict-aliasing -mfpmath=sse
# num seqs:   1
# dbsize(Mb): 9.777536
#
# Pre-search info for CM 1: Intron_gpI
#
#                                  cutoffs            predictions
#                            -------------------  --------------------
# rnd  mod  alg  cfg   beta     E value   bit sc     surv     run time
# ---  ---  ---  ---  -----  ----------  -------  -------  -----------
    1  hmm  fwd  loc      -      26.171    26.83   0.0200  00:08:29.75
    2   cm  ins  loc  1e-015       1.000    19.70  5.1e-005  13:08:23.55
# ---  ---  ---  ---  -----  ----------  -------  -------  -----------
  all    -    -    -      -           -        -        -  13:16:53.30
#
#
# CPU time: 138.65u 00:02:18.65 Elapsed: 00:02:19

D:\cms>cmsearch.exe --mxsize 4096 cmfile in > out

D:\cms>

[yoyo]

Der Unterschied könnten eben auch die debug Schalter sein. Mit debug werden zusätzliche Daten in den Code eingefügt, sprich wenn während der Laufzeit dort rein gegriffen wird stürzt es eben nicht ab. Wenn man aber debug wegnimmt und optimierten Code erzeugt wird dann eben an Stellen gegriffen in die man nicht greifen darf.
Solche Fälle hatte ich bereits in der Vergangenheit, mit debug funktionierte es, ohne stürzte es ab. Nevertheless ist dort ein Fehler im Code.

Kannst Du Deine Selbstcompilierung mal ohne debug machen und schauen was passiert.

Ich bin mir jetzt nicht ganz sicher, ob wir Änderungen am Code gemacht haben, ich glaube eher nicht. Das müßten aber Nico und Ananas genauer sagen können.

yoyo