Error WUid 2910642

Nachricht

#1 Ungelesener Beitrag von **yoyo** » 19.09.2010 19:13

Hallo,
diese WU ist bisher bei allen (Windows) Rechnern auf einen Fehler gelaufen
http://www.rnaworld.de/rnaworld/workuni ... id=2910642
Daher möchte ich euch bitten diese mal außerhalb von Boinc laufen zu lassen, auch unter Linux.

So könnt ihr es machen:
1) neues Verzeichnis anlegen
2) http://www.rnaworld.de/rnaworld/downloa ... 845-in.zip dort auspacken.
3) Wenn ihr gerade in Boinc eine cmsearch rechnet, findet ihr das cmsearch Binary im slot Verzeichnis dieser WU. Dieses auch in das angelegt Verzeichnis kopieren.
4) Auf der Kommandozeile dann eingeben:

Code: Alles auswählen

cmsearch --forecast 1 cmfile in

Somit bekommt ihr eine Laufzeitvorhersage.
5) so laßt ihr die WU laufen:

Code: Alles auswählen

cmsearch cmfile in > out

Ich bin dann interessiert was passiert. Postet bitte:
- den Inhalt von out
- was evtl. auf der Kommandzeile stand
- Euren Rechner, am Besten den Link auf die HostID des RNA World Projektes.
yoyo

MonsieurPoot · #2 Ungelesener Beitrag von **MonsieurPoot** » 19.09.2010 19:40

Oh.
Sonderaufgaben.
Ich liebe Sonderaufgaben.

http://www.rnaworld.de/rnaworld/show_ho ... hostid=475 wird sich Mühe geben.

Code: Alles auswählen

# cmsearch :: search a sequence database with an RNA CM
# INFERNAL 1.0.2 (October 2009)
# Copyright (C) 2009 HHMI Janelia Farm Research Campus
# Freely distributed under the GNU General Public License (GPLv3)
# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
# command:    cmsearch --forecast 1 cmfile in
# date:       Sun Sep 19 20:36:12 2010
# compiler: 4.5.0 20090730 (experimental), -O2 -m64 -msse3 -fomit-frame-pointer
-malign-double -fstrict-aliasing -mfpmath=sse
# num seqs:   1
# dbsize(Mb): 9.777536
#
# Pre-search info for CM 1: Intron_gpI
#
#                                  cutoffs            predictions
#                            -------------------  --------------------
# rnd  mod  alg  cfg   beta     E value   bit sc     surv     run time
# ---  ---  ---  ---  -----  ----------  -------  -------  -----------
    1  hmm  fwd  loc      -      26.171    26.83   0.0200  00:05:37.79
    2   cm  ins  loc  1e-015      1.000    19.70 5.1e-005  08:43:45.24
# ---  ---  ---  ---  -----  ----------  -------  -------  -----------
  all    -    -    -      -           -        -        -  08:49:23.04
#
#
# CPU time: 117.87u 00:01:57.86 Elapsed: 00:01:58

Mal schauen was draus wird.

@yoyo: Ist es richtig, dass in der Kommandozeile nach dem Start von cmsearch gar nichts passiert, außer einem blinkenden Cursor? Der Thread verbraucht direkt knapp 750 MB RAM und der Prozessor arbeitet auch, aber zu sehen ist nichts.

- Poot

PS: Unter Windows muss die Datei cmsearch dann natürlich noch in cmsearch.exe umbenannt werden, sonst lüppt es nicht.

#3 Ungelesener Beitrag von **yoyo** » 19.09.2010 20:10

Ja, das ist normal. Hauptsache sie verbraucht CPU Zeit. Wichtig wäre auch der RAM Bedarf.
yoyo

#4 Ungelesener Beitrag von **Michael H.W. Weber** » 19.09.2010 21:42

Zum RAM-Bedarfmonitoring unter Windows bitte mal in die RNA World FAQ schauen. Habe sie gestern ergänzt.

Michael.

MonsieurPoot · #5 Ungelesener Beitrag von **MonsieurPoot** » 19.09.2010 22:41

Michael H.W. Weber hat geschrieben:Zum RAM-Bedarfmonitoring unter Windows bitte mal in die RNA World FAQ schauen. Habe sie gestern ergänzt.

So setze ich es bereits ein, seitdem es die Opossums gab.

Allerdings muss man natürlich ab und an mal in den Taskmanager reinschauen. Sobald die Berechnung fertig ist, ist auch die Information über den maximalen Speicherbedarf flöten.

- Poot

#6 Ungelesener Beitrag von **Michael H.W. Weber** » 19.09.2010 22:46

Ja, es ist schade, dass es dort keine Loggingmöglichkeit zu geben scheint.

Michael.

coturnix · #7 Ungelesener Beitrag von **coturnix** » 20.09.2010 08:40

Host: Linux x64 (8GB RAM)

Laufzeitvorhersage:

Code: Alles auswählen

# cmsearch :: search a sequence database with an RNA CM
# INFERNAL 1.0.2 (October 2009)
# Copyright (C) 2009 HHMI Janelia Farm Research Campus
# Freely distributed under the GNU General Public License (GPLv3)
# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
# command:    ./cmsearch --forecast 1 cmfile in
# date:       Sun Sep 19 21:13:04 2010
# compiler: 4.3.3, O2staticm64msse4
# num seqs:   1
# dbsize(Mb): 9.777536
#
# Pre-search info for CM 1: Intron_gpI
#
#                                  cutoffs            predictions     
#                            -------------------  --------------------
# rnd  mod  alg  cfg   beta     E value   bit sc     surv     run time
# ---  ---  ---  ---  -----  ----------  -------  -------  -----------
    1  hmm  fwd  loc      -      26.171    26.83   0.0200  00:10:14.16
    2   cm  ins  loc  1e-15       1.000    19.70  5.1e-05  09:18:52.63
# ---  ---  ---  ---  -----  ----------  -------  -------  -----------
  all    -    -    -      -           -        -        -  09:29:06.80
#
#
# CPU time: 121.72u 0.72s 00:02:02.44 Elapsed: 00:02:02

Das eigentliche Berechnen bricht mit "Segmentation Fault" ab, ansonsten gibt es weder auf stdout noch auf stderr irgendeine Ausgabe.

RAM-Bedarf:

Code: Alles auswählen

21449 tilman    20   0  405m 403m  828 R  100  5.1  10:50.26 cmsearch
21449 tilman    20   0  405m 403m  828 R  100  5.1  20:08.82 cmsearch
21449 tilman    20   0  422m 421m  884 R  100  5.3  63:07.34 cmsearch
21449 tilman    20   0  422m 421m  884 R  100  5.3  73:07.29 cmsearch
21449 tilman    20   0  422m 421m  884 R  100  5.3  83:07.34 cmsearch
21449 tilman    20   0  405m 403m  884 R  100  5.1  93:07.41 cmsearch           
21449 tilman    20   0  405m 403m  884 R  100  5.1 103:07.48 cmsearch           
21449 tilman    20   0  405m 403m  884 R  100  5.1 113:07.29 cmsearch           
21449 tilman    20   0  793m 792m  884 R  100  9.9 123:07.10 cmsearch           
21449 tilman    20   0  405m 403m  884 R  100  5.1 133:07.82 cmsearch           
21449 tilman    20   0  405m 403m  884 R  100  5.1 143:07.89 cmsearch           
21449 tilman    20   0  405m 403m  884 R  100  5.1 153:07.68 cmsearch           
21449 tilman    20   0  405m 403m  884 R  100  5.1 163:07.31 cmsearch           
21449 tilman    20   0  423m 422m  884 R  100  5.3 173:07.20 cmsearch           
21449 tilman    20   0  423m 422m  884 R  100  5.3 183:07.10 cmsearch

Ich hoffe, das hilft in irgendeiner Form.

Tilman

Norman · #8 Ungelesener Beitrag von **Norman** » 20.09.2010 11:48

anwendung gecrasht nach: 03:22:53 h.
speichernutzung lag beim zeitpunkt des crash bei 636.188K und gesamt maximum bei 1.800.072k.
host-id:5660
win7 x64, 12GB RAM
output-file war leider leer.

Code: Alles auswählen

Problemsignatur:
  Problemereignisname:    APPCRASH
  Anwendungsname:    cmsearch.exe
  Anwendungsversion:    0.0.0.0
  Anwendungszeitstempel:    4b0095df
  Fehlermodulname:    StackHash_d647
  Fehlermodulversion:    6.1.7600.16559
  Fehlermodulzeitstempel:    4ba9b802
  Ausnahmecode:    c0000374
  Ausnahmeoffset:    00000000000c6df2
  Betriebsystemversion:    6.1.7600.2.0.0.256.1
  Gebietsschema-ID:    1031
  Zusatzinformation 1:    d647
  Zusatzinformation 2:    d647dcd0c3c6af66e6aa15cdefbd8823
  Zusatzinformation 3:    c42d
  Zusatzinformation 4:    c42dce7e94ef7c1b5db7d6d20a2945f7

Problemereignisname:	APPCRASH
  Anwendungsname:	cmsearch.exe
  Anwendungsversion:	0.0.0.0
  Anwendungszeitstempel:	4b0095df
  Fehlermodulname:	StackHash_c62f
  Fehlermodulversion:	6.1.7600.16559
  Fehlermodulzeitstempel:	4ba9b802
  Ausnahmecode:	c0000374
  Ausnahmeoffset:	00000000000c6df2
  Betriebsystemversion:	6.1.7600.2.0.0.256.1
  Gebietsschema-ID:	1031
  Zusatzinformation 1:	c62f
  Zusatzinformation 2:	c62f819ecd9da949e6e8663012bc6e3d
  Zusatzinformation 3:	16e6
  Zusatzinformation 4:	16e69000796ad29acee43a99797cb83c


# cmsearch :: search a sequence database with an RNA CM
# INFERNAL 1.0.2 (October 2009)
# Copyright (C) 2009 HHMI Janelia Farm Research Campus
# Freely distributed under the GNU General Public License (GPLv3)
# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
# command:    cmsearch --forecast 1 cmfile in
# date:       Mon Sep 20 09:04:48 2010
# compiler: 4.5.0 20090730 (experimental), -O2 -m64 -msse4 -fomit-frame-pointer
-malign-double -fstrict-aliasing -mfpmath=sse
# num seqs:   1
# dbsize(Mb): 9.777536
#
# Pre-search info for CM 1: Intron_gpI
#
#                                  cutoffs            predictions
#                            -------------------  --------------------
# rnd  mod  alg  cfg   beta     E value   bit sc     surv     run time
# ---  ---  ---  ---  -----  ----------  -------  -------  -----------
    1  hmm  fwd  loc      -      26.171    26.83   0.0200  00:06:39.20
    2   cm  ins  loc  1e-015       1.000    19.70  5.1e-005  11:35:50.12
# ---  ---  ---  ---  -----  ----------  -------  -------  -----------
  all    -    -    -      -           -        -        -  11:42:29.33
#
#
# CPU time: 125.24u 00:02:05.23 Elapsed: 00:02:05

coturnix · #9 Ungelesener Beitrag von **coturnix** » 20.09.2010 12:16

Noch ein Nachtrag, falls es eventuell hilft. gdb spuckt folgendes aus:

Code: Alles auswählen

Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault.
0x000000000051a265 in free ()
Current language:  auto; currently asm
(gdb) bt
#0  0x000000000051a265 in free ()
#1  0x000000000043ee90 in free_vjd_kshadow_deck ()
#2  0x000000000043ef84 in free_vjd_shadow_matrix ()
#3  0x000000000044ad88 in insideT ()
#4  0x000000000044dc0e in generic_splitter ()
#5  0x000000000044db3a in generic_splitter ()
#6  0x000000000044db99 in generic_splitter ()
#7  0x0000000000453731 in CYKDivideAndConquer ()
#8  0x0000000000496205 in DispatchAlignments ()
#9  0x00000000004985e8 in DispatchSearch ()
#10 0x0000000000497ce0 in DispatchSearch ()
#11 0x0000000000421e4d in ProcessSearchWorkunit ()
#12 0x0000000000405a13 in serial_master ()
#13 0x000000000040687e in main ()
(gdb) info registers
rax            0x0      0
rbx            0x1      1
rcx            0x113e5920       289298720
rdx            0x3e7    999
rsi            0xffffffc3       4294967235
rdi            0x303030303030303        217020518514230019
rbp            0x111f2280       0x111f2280
rsp            0x7fff02151c70   0x7fff02151c70
r8             0x303030303030303        217020518514230019
r9             0x0      0
r10            0x803558 8402264
r11            0x286    646
r12            0x111f2640       287254080
r13            0x3ea    1002
r14            0x111f2460       287253600
r15            0x6a0bf40        111198016
rip            0x51a265 0x51a265 <free+37>
eflags         0x10206  [ PF IF RF ]
cs             0x33     51
ss             0x2b     43
ds             0x0      0
es             0x0      0
fs             0x63     99
gs             0x0      0
fctrl          0x37f    895
fstat          0x0      0
ftag           0xffff   65535
fiseg          0x0      0
fioff          0x5226f4 5383924
foseg          0x7fff   32767
fooff          0x2152610        34940432
fop            0x55c    1372
mxcsr          0x1fb2   [ DE UE PE IM DM ZM OM UM PM ]

#10 Ungelesener Beitrag von **yoyo** » 20.09.2010 12:24

Sieht mir zunächst mal nach einem Bug in cmsearch aus. Evtl. wird ja dort ein free() auf einen nicht allocierten Speicher gemacht.

Um das noch weiter einzugrenzen eine weitere Bitte an die, die den oberen Test schon erfolgreich zum Absturz

gebracht haben.

Im project Verzeichnis müßte es ein cmsearch*.zip geben mit mehreren cmsearch Versionen drin, also für sse, sse2, sse4 usw.. Im zip unter default/ ist eine Version ohne die sse Optimierungen. Bitte mal mit dieser laufen lassen ob es auch abstürzt. Sollte aus meiner Sicht auch abstürzen, sowohl unter win als auch Linux.

Anschließend müssen wir uns dann wohl mit den cmsearch Entwicklern zusammen setzen.

yoyo

Norman · #11 Ungelesener Beitrag von **Norman** » 20.09.2010 12:34

die default-app sagt mir SSE2 wird verwendet!

#12 Ungelesener Beitrag von **yoyo** » 20.09.2010 12:46

Norman hat geschrieben:die default-app sagt mir SSE2 wird verwendet!

Ja, kann sein, dass wir für 64bit SSE2 als kleinsten gemeinsammen Nenner genommen haben, da alle 64bit Prozessoren SSE2 unterstützen.
yoyo

Rechenkraft.net e.V.

Error WUid 2910642

Error WUid 2910642

Re: Error WUid 2910642

Re: Error WUid 2910642

Re: Error WUid 2910642

Re: Error WUid 2910642

Re: Error WUid 2910642

Re: Error WUid 2910642

Re: Error WUid 2910642

Re: Error WUid 2910642

Re: Error WUid 2910642

Re: Error WUid 2910642

Re: Error WUid 2910642