Redundante Ergebnisse

[Michael H.W. Weber]

Dein Arbeitsspeicher ist sehr anständig dimensioniert. Diese eine WU würde Null Probleme machen.

...bei 6 aktiven WU´s...

Aber welche anderen WUs laufen da noch?

Michael.

[kleineelfe]

Sry für die späte Antwort eben erst von Arbeit gekommen

Ja 8GB Ram stehen auch voll zu Verfügung, bis jetzt noch nie Probleme gehabt auch bei 6 WU´s nicht.
Hatte letztens ne andere Intron laufen +5 30-50mb WU´s und da gabs keine probs, obwohl die Intron 30 Stunden durch lief.

Die Aktuelle Intron läuft jetzt seit 27 Stunden und wie gehabt 0% CPU usage und weiterhin 679mb Verbrauch.

stderr.txt
RNA World wrapper v0.04
wrapper: no checkpoint file found
wrapper: running unzip (-o graphics.zip)
wrapper: no checkpoint file found
wrapper: running unzip (-o in.zip)
wrapper: no checkpoint file found
wrapper: running unzip_cpufeat (cmsearch.zip)
wrapper: no checkpoint file found
wrapper: running cmsearch (--forecast 1 cmfile in)
forecast.txt found.
wrapper: no checkpoint file found
wrapper: running cmsearch (-o out cmfile in)
forecast.txt found.
wrapper: windows. no checkpoint image
^^ wiederholt sich einige Male mehr steht nicht drin.

[kleineelfe]

Habe die WU gestern nochmal neu angefangen und die aktiven Cores auf 1 gesetzt, um Temp. RAM und Hardware Probleme auszuschließen.
Leider führte es zum gleichen Ergebnis CPU-Zeit bei 8Std 5min und RAM exakt wieder 679mb, die niedrigere CPU-Zeit liegt wohl am
Turbo des X6 ansonsten wie gehabt der Thread idelt und nichts wird berechnet.

Wurde jetzt von mir abgebrochen.

[Norman]

mit DIESER WU scheint auch etwas nicht zu stimmen !

Code: Alles auswählen

app exit status: 0xc0000374

[Sabroe@P3D]

http://www.rnaworld.de/rnaworld/result. ... id=6904468

Und wieder eine _Intron_ mit berechneter Laufzeit von ~75 Std nach 18 Stunden abgekackt. "Cmsearcher hat ein Problem" und ich langsam auch. Die Maschine hat 12 Gb Ram, die max Speicherauslastung war heute 51%, mithin waren ca 6GB frei. Kann also überhaupt kein Speicherproblem sein. In der stderrdae.txt steht nichts drin, in der stdoutdae.txt ebenfalls nur das die Datei fertig ist und hochgeladen wird.
Um 18.00 am 17.9.10 wurde die WU angehalten - natürlich "Leave App in Memory" aktiv - und um 20.45 am gleichen Tag wieder resumed. Lief auch problemlos bis eben durch. Max Speicherbedarf war für diese eine WU ~2,3 Gb.

18-Sep-2010 15:34:53 [RNA World] Sending scheduler request: To report completed tasks.
18-Sep-2010 15:34:53 [RNA World] Reporting 1 completed tasks, requesting new tasks for CPU and GPU
18-Sep-2010 15:35:10 [RNA World] Scheduler request completed: got 2 new tasks
18-Sep-2010 15:35:13 [RNA World] Started download of cms_GA[e5-20MB_Lin64s]_Caenorhabditis-elegans_BX284603.lin.EMBL_RF00455_mir-15_1284579411_23224-in.zip
18-Sep-2010 15:35:13 [RNA World] Started download of cms_GA[e5-20MB_Lin64s]_Caenorhabditis-elegans_BX284603.lin.EMBL_RF00455_mir-15_1284579411_23224-job.xml
18-Sep-2010 15:35:13 [RNA World] Started download of cms_GA[e30-50MB_Lin64f]_Oryza-sativa-Japonica-Group_AP008209.lin.EMBL_RF00076_mir-181_1284623755_6131-in.zip
18-Sep-2010 15:35:13 [RNA World] Started download of cms_GA[e30-50MB_Lin64f]_Oryza-sativa-Japonica-Group_AP008209.lin.EMBL_RF00076_mir-181_1284623755_6131-job.xml
18-Sep-2010 15:35:14 [RNA World] Finished download of cms_GA[e5-20MB_Lin64s]_Caenorhabditis-elegans_BX284603.lin.EMBL_RF00455_mir-15_1284579411_23224-job.xml
18-Sep-2010 15:35:14 [RNA World] Finished download of cms_GA[e30-50MB_Lin64f]_Oryza-sativa-Japonica-Group_AP008209.lin.EMBL_RF00076_mir-181_1284623755_6131-job.xml
18-Sep-2010 15:35:16 [Milkyway@home] Sending scheduler request: To report completed tasks.
18-Sep-2010 15:35:16 [Milkyway@home] Reporting 1 completed tasks, requesting new tasks for GPU
18-Sep-2010 15:35:17 [Milkyway@home] Scheduler request completed: got 1 new tasks
18-Sep-2010 15:35:18 [Milkyway@home] Started download of de_11_3s_2_274138_1284802916_search_parameters
18-Sep-2010 15:35:19 [RNA World] Finished download of cms_GA[e5-20MB_Lin64s]_Caenorhabditis-elegans_BX284603.lin.EMBL_RF00455_mir-15_1284579411_23224-in.zip
18-Sep-2010 15:35:19 [Milkyway@home] Finished download of de_11_3s_2_274138_1284802916_search_parameters
18-Sep-2010 15:35:25 [RNA World] Finished download of cms_GA[e30-50MB_Lin64f]_Oryza-sativa-Japonica-Group_AP008209.lin.EMBL_RF00076_mir-181_1284623755_6131-in.zip
18-Sep-2010 15:35:44 [Milkyway@home] Computation for task de_11_3s_2_340132_1284812937_0 finished
18-Sep-2010 15:35:44 [Milkyway@home] Starting de_14_3s_2_341528_1284812951_0
18-Sep-2010 15:35:44 [Milkyway@home] Starting task de_14_3s_2_341528_1284812951_0 using milkyway version 23
18-Sep-2010 15:35:46 [Milkyway@home] Started upload of de_11_3s_2_340132_1284812937_0_0
18-Sep-2010 15:35:48 [Milkyway@home] Finished upload of de_11_3s_2_340132_1284812937_0_0
18-Sep-2010 15:36:18 [Milkyway@home] Sending scheduler request: To report completed tasks.
18-Sep-2010 15:36:18 [Milkyway@home] Reporting 1 completed tasks, requesting new tasks for GPU
18-Sep-2010 15:36:19 [Milkyway@home] Scheduler request completed: got 1 new tasks
18-Sep-2010 15:36:21 [Milkyway@home] Started download of de_11_3s_2_349035_1284814258_search_parameters
18-Sep-2010 15:36:22 [Milkyway@home] Finished download of de_11_3s_2_349035_1284814258_search_parameters
18-Sep-2010 15:36:31 [RNA World] Computation for task cms_GA[e30-50MB_Lin64f]_Canis-lupus-familiaris-(dog)_CM000029.lin.EMBL_RF00065_snoR9_1284623755_5192_1 finished
18-Sep-2010 15:36:31 [RNA World] Starting cms_GA[e1-5MB_Lin64s]_Cryptococcus-neoformans-var.-neoformans-B-3501A_CM000045.lin.EMBL_RF00619_U6atac_1284289494_154894_1
18-Sep-2010 15:36:31 [RNA World] Starting task cms_GA[e1-5MB_Lin64s]_Cryptococcus-neoformans-var.-neoformans-B-3501A_CM000045.lin.EMBL_RF00619_U6atac_1284289494_154894_1 using cmsearch version 14
18-Sep-2010 15:36:33 [RNA World] Started upload of cms_GA[e30-50MB_Lin64f]_Canis-lupus-familiaris-(dog)_CM000029.lin.EMBL_RF00065_snoR9_1284623755_5192_1_0
18-Sep-2010 15:36:33 [RNA World] Started upload of cms_GA[e30-50MB_Lin64f]_Canis-lupus-familiaris-(dog)_CM000029.lin.EMBL_RF00065_snoR9_1284623755_5192_1_1
18-Sep-2010 15:36:35 [RNA World] Finished upload of cms_GA[e30-50MB_Lin64f]_Canis-lupus-familiaris-(dog)_CM000029.lin.EMBL_RF00065_snoR9_1284623755_5192_1_0
18-Sep-2010 15:36:35 [RNA World] Finished upload of cms_GA[e30-50MB_Lin64f]_Canis-lupus-familiaris-(dog)_CM000029.lin.EMBL_RF00065_snoR9_1284623755_5192_1_1
18-Sep-2010 15:37:05 [Milkyway@home] Computation for task de_14_3s_2_341528_1284812951_0 finished
18-Sep-2010 15:37:05 [Milkyway@home] Starting de_14_3s_2_242575_1284797832_2
18-Sep-2010 15:37:05 [Milkyway@home] Starting task de_14_3s_2_242575_1284797832_2 using milkyway version 23
18-Sep-2010 15:37:07 [Milkyway@home] Started upload of de_14_3s_2_341528_1284812951_0_0
18-Sep-2010 15:37:09 [Milkyway@home] Finished upload of de_14_3s_2_341528_1284812951_0_0
18-Sep-2010 15:37:19 [RNA World] Computation for task cms_GA[e30-50MB_Lin64f]_Danio-rerio-(zebrafish)_CU651627.lin.EMBL_RF00028_Intron_gpI_1284623755_2213_0 finished
18-Sep-2010 15:37:19 [RNA World] Starting cms_GA[e1-5MB_Lin64s]_Candida-dubliniensis-CD36_FM992693.lin.EMBL_RF00619_U6atac_1284289494_154880_1
18-Sep-2010 15:37:19 [RNA World] Starting task cms_GA[e1-5MB_Lin64s]_Candida-dubliniensis-CD36_FM992693.lin.EMBL_RF00619_U6atac_1284289494_154880_1 using cmsearch version 14
18-Sep-2010 15:37:21 [RNA World] Started upload of cms_GA[e30-50MB_Lin64f]_Danio-rerio-(zebrafish)_CU651627.lin.EMBL_RF00028_Intron_gpI_1284623755_2213_0_0
18-Sep-2010 15:37:21 [RNA World] Started upload of cms_GA[e30-50MB_Lin64f]_Danio-rerio-(zebrafish)_CU651627.lin.EMBL_RF00028_Intron_gpI_1284623755_2213_0_1
18-Sep-2010 15:37:23 [RNA World] Finished upload of cms_GA[e30-50MB_Lin64f]_Danio-rerio-(zebrafish)_CU651627.lin.EMBL_RF00028_Intron_gpI_1284623755_2213_0_0
18-Sep-2010 15:37:23 [RNA World] Finished upload of cms_GA[e30-50MB_Lin64f]_Danio-rerio-(zebrafish)_CU651627.lin.EMBL_RF00028_Intron_gpI_1284623755_2213_0_1"

Auf dieser Maschine sind seid ca 1 Jahr die verschiedensten Projekte gefahren worden, von ABC über QMC, Docking bis WCG etc. Nie ein einziger Fehler. Bei RNA hingegen, die ja in der Produktionsphase sind, häufen sich die Fehler. Lass ich die Maschine wieder auf andere, auch speicherhungrige Projekte los wie z.B. WCG CEP2 ist alles ok. Sehr seltsam Eure Aufgaben!

So jetzt seid Ihr dran.

PS Bin auch nicht der einzige der diese WU nicht geschafft hat. Würde mich mal interressieren ob es denn irgendeiner hinbekommt.

Gruß Sabroe

[Michael H.W. Weber]

Ok, ich habe Yoyo auf diesen Fall aufmerksam gemacht. Eines vielleicht im Vorfeld: Bislang ist diese WU außer von Dir nur von einer anderen Person berechnet worden, sodass man (noch) keinesfalls sagen kann, dass hier ein besonders problematischer Fall vorliegt. Was in der Tat verbesserungswürdig wäre, ist die Fehlermitteilsamkeit der Applikationen.

Michael.

[Sabroe@P3D]

http://www.rnaworld.de/rnaworld/workuni ... id=3013698

Dort sind es 14 Rechner die es nicht geschafft haben.

Edit:
Nun sind es 15 -> Too many Errors

[Sabroe@P3D]

Ok, ich habe Yoyo auf diesen Fall aufmerksam gemacht. Eines vielleicht im Vorfeld: Bislang ist diese WU außer von Dir nur von einer anderen Person berechnet worden, sodass man (noch) keinesfalls sagen kann, dass hier ein besonders problematischer Fall vorliegt. Was in der Tat verbesserungswürdig wäre, ist die Fehlermitteilsamkeit der Applikationen.

Michael.

Wir werden sehen ...