Projektgröße

[MonsieurPoot]

@ Michael:

Du hast ja schonmal erwähnt, dass die jetzt laufenden Berechnungen basierend auf "infernal" bisher noch nie im Rahmen eines DC-Projekts durchgeführt wurden.
Mich interessiert jetzt, wie "groß" dieses Projekt in etwa ist, zu dem, was bisher mit diesen Programmen angestellt wurde, bzw. in welchem Rahmen "infernal" eigentlich bisher eingesetzt worden ist?

- Poot

[Michael H.W. Weber]

Du hast ja schonmal erwähnt, dass die jetzt laufenden Berechnungen basierend auf "infernal" bisher noch nie im Rahmen eines DC-Projekts durchgeführt wurden.

So ist es.

Mich interessiert jetzt, wie "groß" dieses Projekt in etwa ist, zu dem, was bisher mit diesen Programmen angestellt wurde, bzw. in welchem Rahmen "infernal" eigentlich bisher eingesetzt worden ist?

Bislang wurde Infernal nur auf High Performance Clustern eingesetzt und nie in einer derart flächendeckenden Form, wie wir das machen. Selbst bis Ende letzten Jahres gab es lediglich Durchmusterungen von Genomdatenbankteilen auf Basis von völlig veralteten Infernalversionen. Selbst die großen Datenbankbetreiber können es sich nicht leisten, stets die neuste Infernalversion auf die neusten Datenbankversionen loszulassen und nirgends hat es je eine interaktive Ergebnisdatenbank dazu gegeben, so wie wir sie gerade aufbauen. Ich habe gerade gestern hier in Indien am Tata Institut (Indien Institute of Science; eine der renommiertesten Universitäten in Indien) mit unserem Kooperationspartner und einigen anderen Wissenschaftlern über unser Projekt gesprochen. Da besteht sehr großes Interesse und Stauenen über den Rechendurchsatz, den wir haben. Die ersten Ergebnisse unserer bislang ja immer noch nur "semioffiziellen " Rechnungen kommen hier heute Nachmittag zum Einsatz im Rahmen einer erst gestern neu initiierten, weiteren Kooperation (habe nachher noch einen Termin dazu). Wie ich hoffe mit dem Ergebnis einer Veröffentlichung, so wie wir sie letztes Jahr verbuchen konnten (übrigens hängt hier am Institut ein Poster mit unseren Daten vom letzten Jahr inkl. Rechenkraft.net e.V. "affiliations", worüber ich mich sehr gefreut habe).
Ich bin gestern auch eingeladen worden hier einen Vortrag zu halten.

Michael.

[henna]

... Die ersten Ergebnisse unserer bislang ja immer noch nur "semioffiziellen " Rechnungen ...

Hallo Michael, könnt Ihr mit den Ergebnissen was anfangen, außer "guck mal was man alles machen kann"? Sind die Ergenisse der Brerechnungen schon bekannt und es wird verglichen ob man richtig rechnet? Existiert die Datenbank für die Ergenmisse bereits?

Danke für die Antworten
henna

PS: Entschuldigung, falls eine Frage schon irgendwo beantwortet wurde.

[Michael H.W. Weber]

könnt Ihr mit den Ergebnissen was anfangen, außer "guck mal was man alles machen kann"?

Ja, können wir. Da kommen neue, interessante Sachen zum Vorschein.

Sind die Ergenisse der Brerechnungen schon bekannt

Naja, wenn die bekannt wären, müßten wir sie ja nicht noch errechnen. Aber schau mal weiter unten, ich glaube ich weiß, was Du meinst...

...und es wird verglichen ob man richtig rechnet?

Ja. Es gibt RNAs, deren Position im Genom verschiedener Organismen bekannt ist. Da tun wir so, als wüßten wir das nicht, lassen unser System rechnen und gucken, ob es findet, was bereits nachgewiesen ist. Das nehmen wir sozusagen als Positivkontrolle, ob denn alles seine Richtigkeit hat. Und das hat es in der Tat. Als Negativkontrolle basteln wir uns eine nicht existierende Genomsequenz zusammen und suchen dort ebenfalls. Finden dann aber erwartungsgemäß nichts.

Existiert die Datenbank für die Ergenmisse bereits?

Ja, sie ist aber noch nicht ganz einsatzbereit und deshalb noch unzugänglich.

Michael.

[henna]

Danke für Deine Antwort.

henna

Übrigens meine B-Taste funktioniert :) Test: bbbbbbbbbbbbBBBBBBBB

[MonsieurPoot]

Danke für die ausführliche Antwort!
Viel Spaß noch in Indien!

- Poot

[Norman]

genau! sehr interessant und halt uns auf dem laufenden aus dem fernen indien

[respawner]

Mich würde interessieren ob es ein absehbares Ende von RNA-World gibt (also alles berechnet worden ist was berechnet werden sollte). Oder wie wird entschieden welche RNA-Sequenzen (ich merke, dass ich mich besser informieren muss was RNA-World genau macht) berechnet werden.

[mxplm]

Kurz: Ein Ende ist nicht in Sicht.
Lang: Es gibt immer wieder neue Genome und neue RNAs, die wir durchsuchen bzw. nach denen wir suchen können. Zudem hoffen wir ja auch selbst neue RNA Familien zu entdecken. Aber es gibt noch mehr: wenn man in einem Genom eine RNA gefunden hat, dann kann man die RNA (bzw. das covarianz-model, in dem die RNA repräsentiert wird) damit neu kalibrieren um später mit dem verbesserten Suchmuster qualitativ bessere oder auch neue Treffer zu haben. D.h. es könnte sinnvoll sein alle Organismen mehrfach nach derselben RNA zu durchforsten. Damit haben wir schon Arbeit für einige Jahre, aber Michael hört ja auch nicht auf neue Ideen zu haben ;) Du siehst, es gibt viel zu tun und daher wohl auch großes Potential für Entdeckungen. (@Micha: Ich hoffe ich habe das richtig erklärt)

[Michael H.W. Weber]

So ist es. Übrigens haben wir auch schon Anfang letzten Jahres eine neue RNA Familie gefunden, einen Thermosensor. Hinzu kommt, dass wir nicht bei Kovarianzanalysen stehen bleiben werden. Die Linux-Binaries für die neuste GROMACS-Version stehen zusammen mit zwei weiteren neuen Applikationen einsatzbereit im SVN. GROMACS ist die Basis für Folding@home. Muss ich noch viel erklären? Das nimmt kein Ende...
Trotzdem kurz zu GROMACS: Ich möchte da ganz gerne MD Simulationen (MD = "molecular dynamics") von RNAs durchführen, also Faltungsweg und Endstruktur vorhersagen.

Michael.

[Norman]

ich habe den eindruck RNA WORLD wird langsam das "RNA ALL INCLUSIVE" des DC das man bisher in solcher (gewohnter) form nicht kannte

[Michael H.W. Weber]

So ist es.

Michael.