WU-SETS

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Norman
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Re: WU-SETS

#193 Ungelesener Beitrag von Norman » 17.09.2010 08:11

ich bin mal gespannt wann endlich die MT anwendung eingespeist wird und die riesen opposum WU mit 148mb download (zipped) wieder kommen und der RAM wieder ordentlich durchgeknetet wird.
auf die norwegischen ratten, rinder und menschen freu ich mich auch schon :evil2: :smoking:

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Re: WU-SETS

#194 Ungelesener Beitrag von Sysadm@Nbg » 20.09.2010 11:44

Sysadm@Nbg hat geschrieben:
Michael H.W. Weber hat geschrieben:
Sysadm@Nbg hat geschrieben:ich will mir nur nicht 15 Tage lang den Arxxx aufreißen und dann wird die WUtz vom Server abgebrochen...
Der Server bricht keine WUs einfach ab.
Michael.
nur mal so als Status-Update:
16d 15h 92,637% - hab ich noch ~2d vor mir - es neigt sich dem Ende zu :crying:
und ich :roll2: immer noch nicht
:wave: :wave: :wave:
jetzt ist sie durch hat aber "app exit status: 0x9" :evil:
und das nach fast 20 Tagen Laufzeit :crying:
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Re: WU-SETS

#195 Ungelesener Beitrag von Norman » 20.09.2010 12:01

irgendwas scheint mit dieses Intron_gpI nicht zu stimmen.
diese hat auch keiner durchknuspern können :bugeye:
diese verdächtigen kandidaten sollte man als beta-work deklarieren und nur an user rausgeben die beta-arbeit zulassen.
das geschrei ist sonst zu groß und wertvolle rechenzeit fürn lokus !

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Re: WU-SETS

#196 Ungelesener Beitrag von Sysadm@Nbg » 20.09.2010 12:42

Norman hat geschrieben:irgendwas scheint mit dieses Intron_gpI nicht zu stimmen.
diese hat auch keiner durchknuspern können :bugeye:
diese verdächtigen kandidaten sollte man als beta-work deklarieren und nur an user rausgeben die beta-arbeit zulassen.
das geschrei ist sonst zu groß und wertvolle rechenzeit fürn lokus !
Ich schreie nur, damit sich das Ding mal einer anschaut. :attention:
und wenn Michael H.W. Weber einen Fehler oder einen unmöglichen Speicherbedarf feststellt, dann hat sich das Rechnen schon gelohnt (stellt euch mal vor es gibt ne fehlerhafte Monster-WUtz und keiner rechnet sie - kann man dann sehen, dass sie fehlerhaft ist ???)

Jetzt erst mal :drinking: und dann schaun wir mal was die selbe WUtz auf meinem eigenen C2D macht ...
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Re: WU-SETS

#197 Ungelesener Beitrag von yoyo » 20.09.2010 12:48

Danke für Deine Hilfe sys* :good:
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HILF mit im Rechenkraft-WiKi, dies gibts zu tun.
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Re: WU-SETS

#198 Ungelesener Beitrag von Sysadm@Nbg » 20.09.2010 14:58

Sysadm@Nbg hat geschrieben:... oder einen unmöglichen Speicherbedarf feststellt ...
:worry: der Speicher wars !
wie ich in meinem Nagios sehen kann ist gegen 10:30 Uhr der freie RAM von knapp 1G auf 0 herbgesackt
Bild
(lasst euch durch die wirren Bezeichnungen nicht stören, da bastle ich derzeit noch heftig dran :oops: )
nahezu zeitgleich dazu hab ich entsprechende Fehlermeldungen in /var/log/messages vom Kernel
zu diesem Zeitpunkt ist neben der RNA-WUtz nur noch eine collatz-wutz auf der GraKa gelaufen
insoweit reichen in der Endphase offensichtlich 4G RAM (plus diverser swap) nicht aus für die WUtz :cry2:

EDIT: Der Pastebin der Kernelmeldungen
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Re: WU-SETS

#199 Ungelesener Beitrag von Sysadm@Nbg » 22.09.2010 18:26

wie man im anderen Thread lesen kann, ist evtl die verteilte app "schuld" ?! (ich versteh da zum großen Teil nur Bahnhof).
Wenn dem so ist, gebt bitte Bescheid, die Monster-WUtz ist auf meinem C2D noch aktiv bei ~80% (14d CPU-Zeit) ...
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Re: WU-SETS

#200 Ungelesener Beitrag von Sysadm@Nbg » 06.10.2010 17:06

so - die WUtz ist durch (leider in meiner Abwesenheit) und zu sehen ist davon in der DB auch nix mehr
kann also leider nicht sagen ob gut oder schlecht;
RAM-Panik hatte ich auf dem C2D jedenfalls nicht laut /var/log/messages ...

bis zum nächsten Monster
:wave: :wave: :wave:
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Re: WU-SETS

#201 Ungelesener Beitrag von Norman » 17.02.2011 21:07

darf man mal fragen was als nächstes in der pipeline steht und auf zukommt wenn diese serien durch sind ?
eukaryonten, viren, bakterien, pflanzen ..... ? wieder GA oder was völlig anderes ? ;)

würd mich über die alten kandidaten freuen die den ram mal wieder feuer geben ( natürlich diesmal für beta-tester so 140mb wutzen ;) )
und viren die im sekundentakt fertig werden und den server zerballern. :blush: :evil2:

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Re: WU-SETS

#202 Ungelesener Beitrag von coturnix » 17.02.2011 21:30

*schnürt für Norman ein Päckchen mit 8 x Intron_gpI und 8 GB Peak RAM pro WU* :lol:

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Re: WU-SETS

#203 Ungelesener Beitrag von Norman » 17.02.2011 21:36

alter schwede ! Tilman, mal nicht üüübertreiben ! :D :wink: :smoking:
(aber verlockend ist es *hihi*)

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Re: WU-SETS

#204 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 17.02.2011 23:42

Wir sind jetzt erstmal "kurz davor", leer zu laufen. 8) Die CMC-Serie zu Rfam-10.0 betrachte ich als "in den Sand gesetzt" aufgrund der Verwendung einer veralteten CMCALIBRATE Version - auch wenn die Kollegen sich da sicher sind, dass es schon nichts ausmacht. Vermutlich haben sie Recht, aber ich gehe da kein Risiko ein. Also wird diese CMC-Serie erneut eingstellt werden für Linux. Sobald die fertig ist, habe wir wieder quasi unbegrenzt Arbeit.
Parallel dazu werden wir nun die Viren angehen können, wo ich mir allerlei medizinisch relevantes erhoffe. :angel2: Diese sind ultrakurz, aber wir sind momentan dran, die ganz kurzen WUs zu bündeln, sodass Laufzeiten von 1 Stunde pro WU-Paket dabei rauskommen. Das soll neben der Checkpointingproblematik auch unser zweites Kernproblem, nämlich das mit der Serverlast lösen helfen. Wir können die Laufzeit selbstverständlich auch noch hochdrehen. :D Aber Yoyo ist da aktuell noch am Testen, ich hoffe, es wird bald fehlerfrei einsatzbereit sein, da ich mir davon eine erhebliche Stabilisierung der Serverumgebung bei vielen Userzugriffen, wie zum Beispiel den "Races" erhoffe.
Auch Plasmide können dann angegangen werden.
Vor allem aber haben wir ein neues Importskript, mit dessen Hilfe wir uns Dank Nico hoffentlich die gesamte NCBI Datenbank in den USA erschließen können. Da sind wesentlich mehr Organismen drin, als in der von uns bislang bearbeiteten europäischen EMBL Datenbank. Vor allem aber stecken dort auch die Metagenomdaten drin. Das sind Nuklensäurefragemente, die aus z.B. der Tiefsee oder dem Boden des Amazonasdschungels extrahiert und sequenziert wurden. Da sind Organismen enthalten, die wir nicht kultivieren und näher untersuchen können und diese machen vermutlich den Löwenanteil allen Lebens aus, sodass wir da viel Neues zu entdecken hoffen. Auch diese WUs sind in der Regel klein, da es sich um Fragmente handelt.
Also haben wir einiges vor uns. :D

Michael.
Fördern, kooperieren und konstruieren statt fordern, konkurrieren und konsumieren.

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