WU-SETS

Alles zum Projekt RNA World
Nachricht
Autor
Benutzeravatar
Norman
Vereinsmitglied
Vereinsmitglied
Beiträge: 2188
Registriert: 20.03.2003 14:34
Wohnort: Saarland
Kontaktdaten:

WU-SETS

#1 Ungelesener Beitrag von Norman » 11.02.2010 07:59

Michael, wenn du mal kurz zeit hast, dann könntest du uns mal die bedeutung der WU erklären.

Code: Alles auswählen

cmc_verylong[test]	1
cms_GEMM-p[b]	4
cms_GEMM[b]	5
cms_T-box-p[b]	8
cms_T-box[b]	4
cms_Thermo-p[b]	9307
cms_Thermo[b]	749
cms_tRNA-p[b]	706
was wird da jeweils berechnet ?
warum heissen die WU so ?
ich denke es sind irgendwelche bakterien und warum sind diese wichtig ?
sorry, ist für uns laien etwas "undurchsichtig" ;)

Benutzeravatar
magihatfertig
Vereinsmitglied
Vereinsmitglied
Beiträge: 240
Registriert: 29.04.2006 13:41
Wohnort: Der Blaue Planet

Re: WU-SETS

#2 Ungelesener Beitrag von magihatfertig » 11.02.2010 11:57

Das könnte dir fürs erste weiterhelfen!

Ananas
WU-Schieber
WU-Schieber
Beiträge: 1184
Registriert: 27.04.2008 18:37
Wohnort: Nordlichter Köln

Re: WU-SETS

#3 Ungelesener Beitrag von Ananas » 11.02.2010 13:31

oder sowas : http://www.cbs.dtu.dk/services/GenomeAtlas-3.0/

Da sind auch Michaels Knuddel-Viehcher dabei :

http://www.cbs.dtu.dk/services/GenomeAt ... chaea&pt=g

mit Suchfunktion.

Ich (bzw. mein BOINC) habe z.B. momentan eine Infektion mit :

http://www.cbs.dtu.dk/services/GenomeAt ... on=pt&pt=g

gefunden ueber Suche nach CP001390 (in den normalen Bakterien, keine Archaea)

WU-Name :

Thermo-p{b}_Geobacter-sp.-FRC-32_CP001390.cir.EMBL_Hsp90_CRE

(grrr, im WU-Namen ist ein BBCode-tag enthalten)

Man kann aber auch einfach eine handelsuebliche Web-Suchmaschine bemuehen, z.B. Geobacter und FRC-32 als Suchbegriffe fuehren auch zum Ziel


Hier ist noch eine Seite mit einer netten clickbaren Grafik :

http://genome.jgi-psf.org/

wo man durch die Winzlinge browsen kann.
vi BOINC/checkin_notes
:1,$s/bug/feature/g
:wq!

Erzaehlen sich Biologen eigentlich Klein-RNA-Witze?

Benutzeravatar
Michael H.W. Weber
Vereinsvorstand
Vereinsvorstand
Beiträge: 20833
Registriert: 07.01.2002 01:00
Wohnort: Marpurk
Kontaktdaten:

Re: WU-SETS

#4 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 12.02.2010 02:01

magihatfertig hat geschrieben:Das könnte dir fürs erste weiterhelfen!
So ist es. Dort wird letztlich alles fein erklärt werden - bin aber noch nicht weiter gekommen, da ich aktuell in Giessen auf 'ner Bioinformatikkonferenz herumturne und für RNA World mächtig die Werbetrommel rühre. Ein Wiki-Spezi könnte da mal ein schick designtes Template Kärtchen anlegen: Project, Background, Objectives & Applications, References; also 4 Felder, mal hübsch farbig voneinander abgesetzt.

Michael.
Fördern, kooperieren und konstruieren statt fordern, konkurrieren und konsumieren.

http://signature.statseb.fr I: Kaputte Seite A
http://signature.statseb.fr II: Kaputte Seite B

Bild Bild Bild

Benutzeravatar
Norman
Vereinsmitglied
Vereinsmitglied
Beiträge: 2188
Registriert: 20.03.2003 14:34
Wohnort: Saarland
Kontaktdaten:

Re: WU-SETS

#5 Ungelesener Beitrag von Norman » 13.02.2010 14:12

ja das wäre mal was schönes damit wir laien mal nen hauch von verständnis dafür bekommen und nicht von daten erschlagen werden ;)

duftkerze
Vereinsmitglied
Vereinsmitglied
Beiträge: 953
Registriert: 19.05.2002 15:45
Wohnort: Weiße Elster rechtes Ufer

Re: WU-SETS

#6 Ungelesener Beitrag von duftkerze » 06.03.2010 20:59

ähm ...... wus mit der bezeichnung win64 unter linux 64??????? scheinen aber zu laufen!!!!!!
Man kann nicht alles auf einmal tun.Aber man kann alles auf einmal lassen.
Bild

MonsieurPoot

Re: WU-SETS

#7 Ungelesener Beitrag von MonsieurPoot » 06.03.2010 21:00

Wie im anderen Thread erwähnt habe ich auch eine auf einem 32bit Win2K-System erhalten.

Benutzeravatar
Michael H.W. Weber
Vereinsvorstand
Vereinsvorstand
Beiträge: 20833
Registriert: 07.01.2002 01:00
Wohnort: Marpurk
Kontaktdaten:

Re: WU-SETS

#8 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 07.03.2010 08:43

duftkerze hat geschrieben:ähm ...... wus mit der bezeichnung win64 unter linux 64??????? scheinen aber zu laufen!!!!!!
Nein, an Linux sollte nichts der CMCs ausgegeben werden. Welche WU & Maschine genau ist es? Das muß ich schwarz auf weiß sehen...

Bitte Beiträge demnächst in einen korrekten "thread" einstellen und nicht irgendwo reinkleistern, denn hier ist er ja OT. :wink:
MonsieurPoot hat geschrieben:Wie im anderen Thread erwähnt habe ich auch eine auf einem 32bit Win2K-System erhalten.
Auch das sollte nicht passieren. Danke für die Info - werde ich mit Yoyo klären. Auch dieser Beitrag ist in diesem "thread" leider OT.

Michael.
Fördern, kooperieren und konstruieren statt fordern, konkurrieren und konsumieren.

http://signature.statseb.fr I: Kaputte Seite A
http://signature.statseb.fr II: Kaputte Seite B

Bild Bild Bild

Benutzeravatar
Norman
Vereinsmitglied
Vereinsmitglied
Beiträge: 2188
Registriert: 20.03.2003 14:34
Wohnort: Saarland
Kontaktdaten:

Re: WU-SETS

#9 Ungelesener Beitrag von Norman » 08.03.2010 10:36

gibt es noch probleme mit den neuen CMS-WU oder machen sie sich relativ gut ?

Benutzeravatar
Michael H.W. Weber
Vereinsvorstand
Vereinsvorstand
Beiträge: 20833
Registriert: 07.01.2002 01:00
Wohnort: Marpurk
Kontaktdaten:

Re: WU-SETS

#10 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 08.03.2010 10:42

Es scheint ein unerwartet hoher RAM-Bedarf zu bestehen, der mir etwas Sorgen macht. Gut, daß wir erstmal ein einziges Testset rausgesandt haben und nicht gleich 300.000 WUs. 8) Das Problem wird sich aber sicherlich durch Anpassung einiger Einstellungen auf dem Server lösen lassen. Es könnte jdeoch auch hier durchaus dazu kommen, daß einige WUs böse abschmieren. Es ist einfach bedeuerlich, daß wir bislang noch keinen RAM-Anspruch im Vorfeld bestimmen können. Damit machen wr uns sicherlich keine Freunde, aber wir können es momentan nicht besser machen. Also setzen wir einfach die Anforderungen des Projekts hoch, damit die Teilnehmer im Vorfeld Bescheid wissen bzw. gewisse WUs auf unterdimensionierte Maschinen gar nicht erst gelangen.
Das Schöne ist, daß wir jetzt eigentlich die gesamte Bandbreite an Problemen ausgelotet haben sollten. Schauen wir mal, was es noch an Überraschungen gibt... :3d:

Michael.
Fördern, kooperieren und konstruieren statt fordern, konkurrieren und konsumieren.

http://signature.statseb.fr I: Kaputte Seite A
http://signature.statseb.fr II: Kaputte Seite B

Bild Bild Bild

Benutzeravatar
Norman
Vereinsmitglied
Vereinsmitglied
Beiträge: 2188
Registriert: 20.03.2003 14:34
Wohnort: Saarland
Kontaktdaten:

Re: WU-SETS

#11 Ungelesener Beitrag von Norman » 08.03.2010 10:46

na dann mal rann :good:

Ananas
WU-Schieber
WU-Schieber
Beiträge: 1184
Registriert: 27.04.2008 18:37
Wohnort: Nordlichter Köln

Re: WU-SETS

#12 Ungelesener Beitrag von Ananas » 12.03.2010 00:52

Ich bin auch neugierig ... wird das Projekt moeglicherweise auch nachweisen koennen, dass diese Intron-Sequenzen (ich hab' heute so eine erhalten) keine Junk-RNA sind sondern fuer etwas benutzt werden?

(ich bin nicht ploetzlich zum RNA-Profi mutiert sondern habe nur ein wenig die Wikipedia gequaelt)
vi BOINC/checkin_notes
:1,$s/bug/feature/g
:wq!

Erzaehlen sich Biologen eigentlich Klein-RNA-Witze?

Antworten

Zurück zu „RNA World Diskussionen (deutsch)“