NEWS

[Michael H.W. Weber]

Welches Ticket denn?

Michael.

[MonsieurPoot]

Na das Ticket für einen Zug der "DB"... der "Deutschen Bahn".

- Poot

PS:

[Norman]

gibts schon irgendwelche news, zischenstände etc. ?
man hört garnix

[Roland Schneider]

gibts schon irgendwelche news, zischenstände etc. ?
man hört garnix

Der RNA World Server bekommt bald eine kleine Verschnaufpause, nachdem der Transitioner nicht mehr im Rücksatnd ist und der Validator von anfänglich 25000 WU's nur noch ca 1500 zu validieren hat. Die Staitistik-Grafiken werden inzwischen auch wieder erstellt.

Gruß aus Wieda,
omega

[Michael H.W. Weber]

gibts schon irgendwelche news, zischenstände etc. ?
man hört garnix

...wenn man gar nichts hört, sollte eigentlich alles am Schnürchen laufen. Und so ist es auch. Inzwischen laufen die Genomannotierungen parallel zum TBC Projekt und die tRNA-Analysen haben ein paar hochinteressante Ergebnisse abgeworfen, die eine neue Kooperation ermöglichten. Wird aber bald mit mehr EiInzelheiten berichtet.

Michael.

[Norman]

was sind denn eigentlich die änderungen bei CMSearch 0.14 gegenüber 0.13 ?
ach ja, warum sind die CMC verschoben worden ? hab sie am WE vermisst

[yoyo]

was sind denn eigentlich die änderungen bei CMSearch 0.14 gegenüber 0.13 ?

Ich hoffe der Screensaver startet jetzt nicht mehr mehrfach.
yoyo

[Michael H.W. Weber]

ach ja, warum sind die CMC verschoben worden ? hab sie am WE vermisst

Die sind nicht verschoben worden. Mein Laptop kaut noch an den Vorbereitungen und das schon einige Zeit. Die neue Rfam DB ist etwas größer, als was wir bislang hatten. Und um solchen Vorkommnissen vorzubeugen schrieb ich "Wahrscheinlich...".

Michael.

[Norman]

achso..
wie funktioniert das mit der Rfam DB ? Du lädst dir "nur" die neuen sequenzen der z.b. version 10.x herunter und bereitest irgendwie mit ner spezialsoftware deine sequenzen vor ( vielleicht evtl. noch deine eigenen veränderungen), die dann mit CMC durgekaut werden müssen und aus denen results du dann neue CMS für RNA World generieren kannst...

irgendwie blick ich da nicht so ganz den ablauf, aber vielleicht kannst du ja mal kurz erklären wie das so abläuft.
auf jedenfall interessant.
glaube nicht dass wir dir bei den vorbereitungen helfen können, aber wenn sag bescheid

[Michael H.W. Weber]

Ok, also die Verzögerung hat zwei Gründe: Erstens (der eigentliche Grund) habe ich eine Ungereimtheit in der Rfam-10.0 Datenbank entdeckt, die ich den Entwicklern gemeldet habe und auf deren Antwort ich noch warte. Ich wollte auf jeden Fall vermeiden, dass da jetzt etwas zu rechnen begonnen wird, was unter Umständen nachher noch wieder korrigiert werden soll. Zweitens generiere ich inzwischen nicht mehr nur die WUs, sondern rechne für alle WUs einen CMC --forecast durch. Der Grund ist, dass ich auf diese Weise einerseits die Laufzeiten jeder einzelnen WU abschätzen kann. Das ist sozusagen die Lehre daraus, dass es am Anfang des Projekts durchaus vorkam, dass wir den "Durchschnittsteilnehmer " bezüglich anzufordernder Rechenleistung, Laufzeit, RAM-Bedarf. usw. "etwas" überfordert hatten. Ich kann leider noch immer den RAM-Bedarf nicht zuverlässig abschätzen, aber die Laufzeit schon. Also nutze ich das und lasse dann im Bätsch-Verfahren die gesamte WU-Serie durchkauen. Und das kann dauern... Zum anderen bekomme ich auf diuese Weise ganz eindeutig heraus, ob die von mir im Vorfeld generierten Kovaraianzmodelle auch integer sind, d.h. kein Rechenfehler oder so etwas drin steckt. Auch dieses Problem kam anfangs mal vor, dass ein WU-Archiv plötzlich für eine RNA Famlie ein defektes Kovarianzmodell enthielt und der Server daraufhin abstürzte.
Das Vorgehen im Detail zu beschrieben führt jetzt etwas weit, aber im Grunde werden aus einem .tar.gz Archiv alle Informationen über alle bekannten RNA Familien entnommen, aufbereitet, daraus für jede Familie ein RNA Kovarianzmodell gebaut und dieses dann zur Kalibrierung an RNA World übergeben. Sobald die kalibrierten Modelle dann zurück kommen, wird jedes einzelne auf erfolgreiche Kalibration getestet und dann können mit diesen kalibrierten Kovarianzmodellen die eigentlichen Genomanalysen stattfinden.

Michael.

[Michael H.W. Weber]

Ach nochwas. Rfam-9.1 hatte unkomprimiert ziemlich genau 1,62 MB Dateninhalt. Rfam-10.0 hat ca. 10 GB.

Michael.

[yoyo]

Also wenn Du den forecast mit in das Archiv packst, könnte ich mir das foregecaste auf dem Server sparen.
Ich bräuchte dann allerdings noch die fpops deines Rechners dazu und müßte aus dem forecast erkennen für was der Forecast ist.
yoyo