Rosetta@home: Neue Ergebnisse

[Michael H.W. Weber]

Rosetta@home hat eine Methode zum Computer-gestützten Design von membrandurchlässigen Peptid-Makrozyklen publiziert. Das nenne ich mal wieder meßbare Ergebnisse per DistributedComputing!

Unsere Twittermeldung dazu: https://twitter.com/Rechenkraft_net/sta ... 0792766466

Michael.

[Michael H.W. Weber]

Das Rosetta@home Team hat seinen Machine/Deep Learning-Ansatz zur Vorhersage von Proteinstrukturen (RoseTTAFold) nun derartig ergänzt, dass auch RNA-, Protein-RNA- und Protein-DNA-Strukturen modelliert werden können (RoseTTAFoldNA). Die Modelle haben eine höhere Qualität, als die bisher verfügbaren.
Damit sind wir nun an einem Punkt angekommen, wo ML auch für RNA-Strukturvorhersagen in unserem RNA World Projekt interessant wird (aktuell sammeln wir dort ja noch die Reste der Monster WUs zu ML-Zwecken ein).

unsere Twitter-Medlung dazu: https://twitter.com/Rechenkraft_net/sta ... 3978406913

Michael.

[Michael H.W. Weber]

Inzwischen werden unsere Rechnungen auch endlich dazu genutzt, Antikörper zu designen. Dazu gab es gerade einen neuen OpenAccess-Ergebnisartikel in Nature Communications: https://www.nature.com/articles/s41467-022-33004-6

Da weiß man mal wieder, dass Distributed Computing ganz erheblich zum wissenschaftlich-technischen Fortschritt beiträgt und jede kWh auch in Zeiten höherer Energiekosten gut angelegt ist.

Unsere Twitter-Meldung dazu: https://twitter.com/Rechenkraft_net/sta ... 3622565888

Michael.

[helcoin]

Bin für jede Meldung dankbar/froh, die Ergebnisse meldet zu den DC-Projekten. Passiert ja in letzter Zeit nicht viel Neues. F@H und Boinc laufen so vor sich hin.
WCG macht Probleme seit dem Umzug, Aufgaben kommen schleppend bzw. download der Dateien hängt sich immer noch auf.

Gibt es noch andere Programme, die DC-Projekte verteilen und sinnvoll sind?
Das Einzige was ich nicht mache, sind Klimaberrechnungen. Viel zu vage/ungenau die Datenlage und dadurch in den Vorhersagen.

Danke Michael

[Stiwi]

Dreamlab für smartphones gibts noch.

[Michael H.W. Weber]

Ich war gestern erstmals auf dem BOINC Projects Online-Meeting. Dort habe ich mich ein wenig zum Thema VOLLSTÄNDIGE BOINC-Projekt-Publikationsliste eingebracht.
David Anderson möchte da nun etwas programmieren und ich hatte gestern die gängigen / sinnvollsten Literaturdatenbankzitatsformate angeliefert (BibTex & RIS) und neben ein paar Tools (Zotero, BibDesk & einige Formatonlinekonverter) auch unsere elektron. Bibliotheksübersicht geliefert.

Ich denke, es ist nützlich den kompletten Umfang der Ergebnisse auch kontinuierlich zu dokumentieren und würde da auch selbst etwas Arbeit reinstecken, die Daten aktuell zu halten. Immerhin suche ich eh tagesaktuell nach Meldungen für unseren Social Media Kanal.

Michael.

[Michael H.W. Weber]

Hier die neusten Ergebnisse einer Rosetta@Home Studie zum Proteindesign kleiner Beta-Barrel-Proteine (SH3, OB-Fold): https://pnas.org/doi/10.1073/pnas.2207974120
Ich habe selbst viele Jahre an dieser essentiellen Proteinklasse geforscht (Kälteschock-Proteine im Bodenbakterium Bacillus subtilis: OB-Fold), die auch im Mesnchen eine herausragende Rolle spielt.
Vielen Dank an alle Mitrechnenden!

Michael.

P.S.: Falls sich noch jemand an das Folding@home-Parallelprojekt Genome@home erinnert: Dort hatte Vijay Pande's Gruppe auch Designerersatzproteine für diese Proteinklasse berechnet. Ich hatte mich dann viele Jahre später bei ihm mal beworben, und ein komplett ausgearbeitetes Projekt vorgeschlagen, um den Experimentalnachweis zu liefern, ob seine Designerproteine denn nun auch die Originale in einer lebenden Zelle ersetzen können. Er war daran nicht interessiert.

[Michael H.W. Weber]

Neue Ergebnisse veröffentlicht - diesmal Inhibitoren zur Bekämpfung von Krebs & Fibrose: "Computing resources were provided by the volunteers who have donated the spare CPU cycles of their cellular telephones & computers to the Rosetta@Home project": https://www.biorxiv.org/content/10.1101 ... 2.544624v1

--> Es werden da picomolare Affinitäten und extrem gute Selektivitäten erzielt. Hammer. Mal wieder.

Michael.