GPUGRID: ACEMD4 & MachineLearning, neue Veröffentlichung

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Michael H.W. Weber
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GPUGRID: ACEMD4 & MachineLearning, neue Veröffentlichung

#1 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 02.03.2022 10:38

GPUGRID ersetzt ACEMD3 durch ACEMD4, integriert damit MachineLearning in molekulare Simulationen und hat dazu auch einen Preprint veröffentlicht.
Originalposting: http://www.gpugrid.net/forum_thread.php?id=5305

Übersetzung:
Hallo zusammen,
ihr habt wahrscheinlich die neue ACEMD 4 App bemerkt und haben ein paar Fragen.

Was ist der Unterschied zwischen ACEMD 3 und ACEMD 4?
Eine wichtige neue Funktion ist die Integration von maschinellem Lernen in Molekularsimulationen. Konkret implementieren wir eine neue Methode namens NNP/MM.

Was ist NNP/MM?
NNP/MM ist eine hybride Simulationsmethode, die neuronale Netzwerkpotenziale (NNP) und Molekularmechanik (MM) kombiniert. NNP kann die molekularen Wechselwirkungen genauer modellieren als die konventionellen Kraftfelder der MM, ist aber dennoch nicht so schnell wie die MM. Daher wird nur der wichtige Teil eines molekularen Systems mit NNP simuliert, während für den restlichen Teil MM verwendet wird. Sie können mehr in einem Preprint des NNP/MM-Artikels lesen: https://arxiv.org/abs/2201.08110

Wie viel genauer ist NNP?
Sie können einen Vorabdruck des TorchMD-NET-Artikels lesen: https://arxiv.org/abs/2202.02541

Was sind die Software-/Hardwareanforderungen für ACEMD 4?
Ziemlich genau die gleichen wie für ACEMD 3. Die einzige wesentliche Änderung ist die Größe des Software-Stacks. ACEMD 3 und alle seine Abhängigkeiten benötigen nur 1 GB, während diese Größe für ACEMD 4 auf 3 GB gestiegen ist, insbesondere aufgrund von PyTorch (https://pytorch.org). Außerdem ist im Moment nur die Linux-Version für CUDA >=11.2 verfügbar.

Wann wird ACEMD 3 durch ACEMD 4 ersetzt werden?
In ein paar Monaten werden wir ACEMD 4 offiziell veröffentlichen und ACEMD 3 wird dann veraltet sein. Für eine Weile werden die Anwendungen nebeneinander existieren und Sie werden WUs für beide erhalten.

Was wird als nächstes passieren?
Wir haben bereits mehrere WUs verschickt, um den Einsatz von ACEMD 4 zu testen, und werden diese Woche fortfahren. Lassen Sie es uns wissen, wenn Sie Unregelmäßigkeiten feststellen. Nächste Woche wollen wir mit dem Versand von Produktions-WUs beginnen.

Viel Spaß beim Rechnen,
Raimondas
Unsere Twitter-Meldung dazu: https://twitter.com/Rechenkraft_net/sta ... 9058676738

Michael.
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Re: GPUGRID: ACEMD4 & MachineLearning, neue Veröffentlichung

#2 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 18.10.2023 14:43

Eine neue OpenAccess Veröffentlichung von GPUGRID in Nature Communications: https://www.nature.com/articles/s41467-023-41343-1

Molecular Dynamics Simulationen von 9 ms Länge für 12 verschiedene Proteine wurden mit neuen Machine Learning Ansätzen erstellt.
Hier ein anschauliches Video-Beispiel, was man sich darunter vorstellen muss: https://www.youtube.com/watch?v=l9MI6XQZjnU

Michael.
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