Coronavirusforschung mit Rosetta@home & FoldIt

Analyse und Vorhersage von Struktur und Faltungsweg (Folding@home, GPUGRID, Rosetta@home, ...)
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Michael H.W. Weber
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Coronavirusforschung mit Rosetta@home & FoldIt

#1 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 07.03.2020 12:48

Die in Rosetta@home eingesetzte Software wurde zur erfolgreichen Vorhersage von Coronavirusproteinen eingesetzt, auf deren Grundlage derzeit probiert wird, einen Impfstoff zu produzieren: https://www.ipd.uw.edu/2020/02/rosettas ... ronavirus/

Auch die "protein science gamification suite" FoldIt kann derzeit eingesetzt werden, um zur Forschung am Coronavirus beizutragen. Hier ein Podcast dazu und ein paar weitere Infos.

Michael.
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csbyseti
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Re: Coronavirusforschung mit Rosetta@home & FoldIt

#2 Ungelesener Beitrag von csbyseti » 25.03.2020 11:40

Hab jetzt auf Rosetta umgestellt, aber das Linux-system friert mir alle paar Stunden ein.

Hat noch jemand Problem auf Linux (Ubuntu 18.04)?

Edit: das scheint kein Freeze zu sein obwohl nicht mal die Maus läuft. Wenn man lange genug wartet scheint der Rechner wieder normal zu laufen.
Dauert aber einige Minuten, wie lange genau weiß ich nicht. Sehe das nur wenn Boinctask den Connect verliert und offen ist. Sieht aber wie ein freeze aus da die HDD Led dauerlicht macht und nicht mal die Maus reagiert. Und das Minutenlang.
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gemini8
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Re: Coronavirusforschung mit Rosetta@home & FoldIt

#3 Ungelesener Beitrag von gemini8 » 25.03.2020 19:55

csbyseti hat geschrieben:
25.03.2020 11:40
Hat noch jemand Problem auf Linux (Ubuntu 18.04)?
Mein Dell ist gelegentlich zickig.
Entweder er hat Probleme beim Hochfahren, oder er hängt irgendwann aus unbekanntem Grund.
Kann aber keine Regelmäßigkeit feststellen.
Gruß, Jens
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Stiwi
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Re: Coronavirusforschung mit Rosetta@home & FoldIt

#4 Ungelesener Beitrag von Stiwi » 20.04.2020 21:27

Rosetta bereitet momentan größere WUs vor die bis zu 4 GB ram pro Task brauchen. Dabei wird auch diskutiert ob diese dann mehr Credits geben.
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Jürgen
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Re: Coronavirusforschung mit Rosetta@home & FoldIt

#5 Ungelesener Beitrag von Jürgen » 20.04.2020 22:11

Hört sich nach zu kappen Arbeitsspeicher an. Anscheinend immer, wenn eine neue WU begonnen wird, ist die Kiste erst einmal heftig am Swappen. Das kann so weit gehen, das der Desktop anscheinend tot ist.
Mit dem guten alten "top" kann man mal die Speicherauslastung checken.


Nachtrag:
mein Rechter hat 8G Ram und 8 Kerne (i7 2600).
D.h. ich könnte max. eine der 4G-Rosetta-WUs auf einmal verarbeiten. Wird das eigentlich berücksichtigt oder würde ich meinen Rechner killen, wenn ich Rosetta wieder aktiviere und keine begrenzenden Einstellungen vornehme ?
Jürgen
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Re: Coronavirusforschung mit Rosetta@home & FoldIt

#6 Ungelesener Beitrag von Stiwi » 20.04.2020 22:35

Eventuell kann man dann einstellen welche WUs man haben will und normalerweise sollte der Boinc-Client keine neue WUs starten wenn nicht genug ram vorhanden ist.
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gemini8
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Re: Coronavirusforschung mit Rosetta@home & FoldIt

#7 Ungelesener Beitrag von gemini8 » 21.04.2020 00:47

Jürgen hat geschrieben:
20.04.2020 22:11
mein Rechter hat 8G Ram und 8 Kerne (i7 2600).
D.h. ich könnte max. eine der 4G-Rosetta-WUs auf einmal verarbeiten. Wird das eigentlich berücksichtigt oder würde ich meinen Rechner killen, wenn ich Rosetta wieder aktiviere und keine begrenzenden Einstellungen vornehme ?
Boinc sollte nur eines dieser Arbeitspakete starten. Daneben könnte natürlich andere, den Arbeitsspeicher weniger beanspruchende Arbeit geleistet werden.
Wenn die unterschiedlichen Aufgaben anhand der Bezeichnung auseinanderzuhalten sind, kann man auch versuchen, sie per app_config.xml zu bändigen.
Letzteres habe ich bei einigen Projekten getan, die mir aufgrund der langen Laufzeiten den Rechner verstopften, wenn mehrere ihrer Aufgaben liefen.

OT:
Dieser Rechner wird dann Zweitrechner für Wettkämpfe? :biggrin2:
Die Core-i der zweiten Generation werfe ich immer ins Getümmel, wenn es um Credits geht.
Gruß, Jens
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Michael H.W. Weber
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Re: Coronavirusforschung mit Rosetta@home & FoldIt

#8 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 21.04.2020 09:45

Stiwi hat geschrieben:
20.04.2020 21:27
Rosetta bereitet momentan größere WUs vor die bis zu 4 GB ram pro Task brauchen. Dabei wird auch diskutiert ob diese dann mehr Credits geben.
Kannst Du bei Gelegenheit bitte mal eine URL zu dem zugehörigen "thread" posten?
Stiwi hat geschrieben:
20.04.2020 22:35
Eventuell kann man dann einstellen welche WUs man haben will und normalerweise sollte der Boinc-Client keine neue WUs starten wenn nicht genug ram vorhanden ist.
Naja, dass das nicht zuverlässig funktioniert wissen wir ja von diversen Projekten.

Ich kann nur hoffen, dass man diese WUs nur bekommt, wenn man sie in einer Sondereinstellung anfordert - darauf saollten wir im Originalforum hinwirken. Rosetta hat schon genug andere Probleme, für die die Betreiber bislang leider wenig Verständnis zeigten. Insbesondere das massenhafte Nachladen neuer Tasks mit kürzerer Abgabefrist, als die der bereits laufenden...

Michael.
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Re: Coronavirusforschung mit Rosetta@home & FoldIt

#9 Ungelesener Beitrag von Stiwi » 21.04.2020 16:00

Michael H.W. Weber hat geschrieben:
21.04.2020 09:45
Stiwi hat geschrieben:
20.04.2020 21:27
Rosetta bereitet momentan größere WUs vor die bis zu 4 GB ram pro Task brauchen. Dabei wird auch diskutiert ob diese dann mehr Credits geben.
Kannst Du bei Gelegenheit bitte mal eine URL zu dem zugehörigen "thread" posten?
Stiwi hat geschrieben:
20.04.2020 22:35
Eventuell kann man dann einstellen welche WUs man haben will und normalerweise sollte der Boinc-Client keine neue WUs starten wenn nicht genug ram vorhanden ist.
Naja, dass das nicht zuverlässig funktioniert wissen wir ja von diversen Projekten.

Ich kann nur hoffen, dass man diese WUs nur bekommt, wenn man sie in einer Sondereinstellung anfordert - darauf saollten wir im Originalforum hinwirken. Rosetta hat schon genug andere Probleme, für die die Betreiber bislang leider wenig Verständnis zeigten. Insbesondere das massenhafte Nachladen neuer Tasks mit kürzerer Abgabefrist, als die der bereits laufenden...

Michael.
finde leider keine offizielle Ankündigung sondern nur diskussionen zum Thema. Ka mit welchem Post das los ging
https://boinc.bakerlab.org/rosetta/foru ... 4816#94816
https://boinc.bakerlab.org/rosetta/foru ... p?id=13833
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Re: Coronavirusforschung mit Rosetta@home & FoldIt

#10 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 21.04.2020 16:01

Ich danke Dir. :D

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Re: Coronavirusforschung mit Rosetta@home & FoldIt

#11 Ungelesener Beitrag von Jürgen » 23.04.2020 22:45

gemini8 hat geschrieben:
21.04.2020 00:47
Jürgen hat geschrieben:
20.04.2020 22:11
mein Rechter hat 8G Ram und 8 Kerne (i7 2600).
D.h. ich könnte max. eine der 4G-Rosetta-WUs auf einmal verarbeiten. Wird das eigentlich berücksichtigt oder würde ich meinen Rechner killen, wenn ich Rosetta wieder aktiviere und keine begrenzenden Einstellungen vornehme ?
Boinc sollte nur eines dieser Arbeitspakete starten. Daneben könnte natürlich andere, den Arbeitsspeicher weniger beanspruchende Arbeit geleistet werden.
Wenn die unterschiedlichen Aufgaben anhand der Bezeichnung auseinanderzuhalten sind, kann man auch versuchen, sie per app_config.xml zu bändigen.
Letzteres habe ich bei einigen Projekten getan, die mir aufgrund der langen Laufzeiten den Rechner verstopften, wenn mehrere ihrer Aufgaben liefen.

OT:
Dieser Rechner wird dann Zweitrechner für Wettkämpfe? :biggrin2:
Die Core-i der zweiten Generation werfe ich immer ins Getümmel, wenn es um Credits geht.
Ich hatte vorübergehend wieder Rosetta aktiviert.
Je nach freien Speicher wurden 4-8 WU's gestartet, bei den anderen stand dann "Warte auf Speicher".

Ich plane gerade einen neuen Rechner. Der "alte" wird dann stillgelegt.
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Re: Coronavirusforschung mit Rosetta@home & FoldIt

#12 Ungelesener Beitrag von gemini8 » 23.04.2020 23:13

Das ist mit den RAM-Monstern natürlich völlig dämlich.

Drücke dir die Daumen zur Stillegung.
Meine stillgelegten Rechner laufen dauernd. ^^
Gruß, Jens
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