Michael H.W. Weber hat geschrieben: ↑26.08.2020 20:46
...dafür aber zu meinem Erstaunen für zwei anscheinend noch neuere Papers, die noch nicht in den NEWS der Projektseite vermeldet zu sein scheinen:
Methoden-Paper - gleiche Autoren, wie oben.
Krebs-Paper - seltsamer Weise fehlt hier der Projektleiter (Gianni de Fabritiis).
Mal abwarten, ob da evt. einfach nur etwas fehlt oder ob etwas verwechselt wurde (kann ich mir eigentlich nicht vorstellen).
So, also verwechselt wurde da nichts - die oben genannten beiden Veröffentlichungen sind tatsächlich einfach noch nicht im GPUGRID-Forum erwähnt worden.
Ich habe mir mittlerweile einen Spaß draus gemacht und Daten aus den Papieren in Eigenregie zusammenmodelliert und über unseren Twitter-Account gepostet:
Krebs:
https://twitter.com/Rechenkraft_net/sta ... 1668061188
Methoden:
https://twitter.com/Rechenkraft_net/sta ... 7352642560
Immer schön runterscrollen, dort sind die Movies der in den Veröffentlichungen verwendeten Ausgangsmaterialien.
Es sind zwei recht interessante Studien. Vielleicht mal ganz kurz:
1. Die Krebs-relevante Publikation zeigt, wie man testen kann, ob ein Wirkstoffkandidat in der Lage ist die Bildung von Protein-Protein-Bindungen zu verhindern. Die Idee ist, dass viele Proteine nicht alleine, sondern im Zusammenspiel mit anderen wirken. Wenn man diese Aneinanderlagerung durch Zugabe eines Medikaments verhindern (oder allgemeiner: modulieren) kann, kann man den damit zusammenhängenden Zellprozess beeinflussen. In der Praxis wird eine Kombination von Molecular Docking und Molecular Dynamics Simulationen eingesetzt.
2. Das Methoden-Paper befasst sich mit einer Klasse von Proteinen, die sich isoliert genommen grundsätzlich nicht in eine definierte 3D-Gestalt falten (intrinsisch ungefaltete Proteine). Die Aminosäurekette solcher Proteine ist also ohne spezielle Bindungspartner (Proteine, Nukleinsäuren, Lipide, ...) über weite Bereiche ungefaltet und nimmt erst eine definierte Gestalt an, wenn der richtige Interaktionspartner dazu kommt. GPUGRID hat nun beispielhaft eine Methode vorgestellt, wie man Wirkstoffe gegen solche ungefalteten Proteine per Computereinsatz entwerfen/testen kann.