GPUGRID: Paper & Bätsch

Analyse und Vorhersage von Struktur und Faltungsweg (Folding@home, GPUGRID, Rosetta@home, ...)
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Michael H.W. Weber
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GPUGRID: Paper & Bätsch

#1 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 09.07.2019 18:01

Es gibt ein Paper von 2017, dass wohl erst heute im GPUGRID-Forum vermeldet wurde und für dessen Zuarbeit es heute nachträglich ein Bätsch gab (bin sogar unter den Glücklichen). Hab' die Publikation auch über Twitter gemeldet. :wink:

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Re: GPUGRID: Paper & Bätsch

#2 Ungelesener Beitrag von Stiwi » 09.07.2019 23:21

Sehr nice, deswegen mag ich das Projekt :)
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Re: GPUGRID: Paper & Bätsch

#3 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 10.07.2019 09:42

Stiwi hat geschrieben:
09.07.2019 23:21
Sehr nice, deswegen mag ich das Projekt :)
Ja. Allerdings bin ich ziemlich enttäuscht von der Betreuung der Unterstützer. Seit Monaten laufen unter Linux keine GPU Tasks mehr, dazu kaum Kommunikation im Forum. Die CPU-Tasks sind noch länger vom Netz (wenn ich mich recht erinnere schon seit Januar, allerdings erwarte ich dort "bald" ein neues "methods"-Paper, da die Aufgaben von jemandem ausgegeben wurden, der in der Vergangenheit auch schon Dinge zu Papier gebracht hat).

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Re: GPUGRID: Paper & Bätsch

#4 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 14.07.2019 10:34

Und noch ein GPUGRID 2018er Paper nebst Bätsch:
https://twitter.com/Rechenkraft_net/sta ... 3528754176

Ich mache mir allmählich Gedanken, inwieweit die Bätsches wirklich sauber an diejenigen vergeben werden, die zu den entsprechenden Papieren beigetragen haben. Ich habe unter vielen anderen auch massenhaft WUs vom DOERR-Typ durchgenudelt, das Bätsch diesmal aber leider nicht erhalten. Statistisch gesehen macht das eigentlich nicht wirklich viel Sinn...

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Re: GPUGRID: Paper & Bätsch

#5 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 27.11.2019 08:03

Es gibt eine neue (2019er) GPUGRID-Publikation nebst zugehörigem Signatur-Bätsch (das auch ich bekommen habe).
Dabei geht es um den Einsatz von Machine Learning bei Molecular Dynamics Simulationen!

Infos dazu:
Paper: https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acscentsci.8b00913#
GPUGRID-Forenmeldung dazu: http://www.gpugrid.net/forum_thread.php?id=5021

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Re: GPUGRID: Paper & Bätsch

#6 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 25.07.2020 00:26

Es ist mal wieder so weit: GPUGRID präsentiert zwei neue Fachpublikationen plus die beiden Bätsches dazu für diejenigen, die zu diesen Arbeiten beigetragen haben. Ich bin diesmal bei beiden dabei. :D

Paper 1: https://www.gpugrid.net/forum_thread.ph ... true#55110
Paper 2: https://www.gpugrid.net/forum_thread.ph ... true#55111

Bei der ersten Publikation geht es um die systematische Identifizierung von "versteckten" Arzneistoffbindetaschen. Diese kann man nur erkennen, wenn man sich nicht einfach auf "statische" Kristallstrukturen verlässt, sondern die Dynamik von Proteinen in wässriger Lösung berücksichtigt. Das geht nur über NMR-Strukturaufklärung oder MD Simulationen.
Bei der zweiten wird eine Konfigurations-Datenbank für GPCR-Rezeptorproteinklassen vorgestellt, dies sind Proteine, die von erheblicher Bedeutung für die Arzneistoffentwicklung sind.

Wenn Fragen sind, her damit.

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Re: GPUGRID: Paper & Bätsch

#7 Ungelesener Beitrag von Kolossus » 25.07.2020 12:58

Na, da kann man ja nur Gratulieren! Bild
Gruß Harald

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Re: GPUGRID: Paper & Bätsch

#8 Ungelesener Beitrag von comes » 25.07.2020 14:11

:clap: Ich schließe mich gerne an: Glückwunsch! :clap:
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