Quarantine@Home: COVID19-Relevanz, "stand alone"-Client

Medikamentensuche durch "Docking"-Simulationen (Mapping Cancer Markers, FightAIDS@home, Smash Childhood Cancer, ...)
Nachricht
Autor
Benutzeravatar
Michael H.W. Weber
Vereinsvorstand
Vereinsvorstand
Beiträge: 20575
Registriert: 07.01.2002 01:00
Wohnort: Marpurk
Kontaktdaten:

Quarantine@Home: COVID19-Relevanz, "stand alone"-Client

#1 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 16.05.2020 12:37

Manchmal gibt es schon witzige Zufälle:
Kürzlich hatte ich mir Gedanken gemacht, wie man das neue Coronavirus inaktivieren könnte und es schien mir eigentlich recht "einfach", auf Basis der bekannten Strukturen des Coronavirus-Spike-Proteins und seines ACE2-Oberflächenrezeptor-Interaktionspartners (im Menschen) einen "Ersatz" für den Rezeptor zu finden. Also Moleküle, die genau die Stellen auf der Oberfläche des Spikeproteins binden (und damit blockieren), an die der ACE2-Rezeptor andockt. Es würde vermutlich sogar reichen, wenn man eine einzige Interaktionsstelle blockiert. Injiziert man ein Medikament, das dies tut, dann würden - sofern dies in ausreichender Menge vorliegt - sämtliche Spikeproteinoberflächen blockiert sein und keine Aufnahme des Virus in die Zellen erfolgen. Den Rest dürfte dann das Immunsystem erledigen.

Heute fand ich dann Quarantine@home - ein neues Projekt, bei dem es genau darum geht: Es dockt aus Molekülbibliotheken Substanzen auf das Coronavirus-Spike-Protein. Es scheint (leider) kein BOINC-Projekt zu sein, sondern benutzt einen "stand alone"-Client: https://quarantine.infino.me/

Michael.

[edit]: Ich fand dann noch folgenden Erklärartikel nebst Video, das alles auf den Punkt bringt: https://devpost.com/software/quarantine-home
[edit]: Ich war mal so frei und habe dem Entwickler im Namen von RKN empfohlen, das Projekt in BOINC zu integrieren und hinsichtlich Rechenpower und Projektbekanntmachung Unterstützung angeboten: https://twitter.com/Rechenkraft_net/sta ... 1415403521
Fördern, kooperieren und konstruieren statt fordern, konkurrieren und konsumieren.

http://signature.statseb.fr I: Kaputte Seite A
http://signature.statseb.fr II: Kaputte Seite B

Bild Bild Bild

Benutzeravatar
Kolossus
TuX-omane
TuX-omane
Beiträge: 2490
Registriert: 26.10.2014 14:51
Wohnort: Köln
Kontaktdaten:

Re: Quarantine@Home: COVID19-Relevanz, "stand alone"-Client

#2 Ungelesener Beitrag von Kolossus » 16.05.2020 13:09

Klasse! :good: :good:
Gruß Harald

Ich habe geweint, weil ich keine Schuhe hatte, bis ich einen traf, der keine Füße hatte. Giacomo Leopardi

Bild

Benutzeravatar
gemini8
Vereinsmitglied
Vereinsmitglied
Beiträge: 3518
Registriert: 31.05.2011 10:30
Wohnort: Hannover

Re: Quarantine@Home: COVID19-Relevanz, "stand alone"-Client

#3 Ungelesener Beitrag von gemini8 » 16.05.2020 13:10

Als Boinc-Projekt würde ich mir mehr Zulauf rechnen als in der standalone-Variante.
Und wenn es dann noch über RKN liefe, wäre ich schwer begeistert! :-)
Gruß, Jens
- - - - - -
Lowend-User und Teilzeitcruncher

Bild Bild
Bild

Benutzeravatar
Michael H.W. Weber
Vereinsvorstand
Vereinsvorstand
Beiträge: 20575
Registriert: 07.01.2002 01:00
Wohnort: Marpurk
Kontaktdaten:

Re: Quarantine@Home: COVID19-Relevanz, "stand alone"-Client

#4 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 16.05.2020 13:23

Ich habe auch schnell noch die erste Fassung des zugehörigen Wikieintrags erstellt.

Michael.
Fördern, kooperieren und konstruieren statt fordern, konkurrieren und konsumieren.

http://signature.statseb.fr I: Kaputte Seite A
http://signature.statseb.fr II: Kaputte Seite B

Bild Bild Bild

Benutzeravatar
Michael H.W. Weber
Vereinsvorstand
Vereinsvorstand
Beiträge: 20575
Registriert: 07.01.2002 01:00
Wohnort: Marpurk
Kontaktdaten:

Re: Quarantine@Home: COVID19-Relevanz, "stand alone"-Client

#5 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 16.05.2020 13:33

...und noch etwas über Twitter beworben.

Michael.
Fördern, kooperieren und konstruieren statt fordern, konkurrieren und konsumieren.

http://signature.statseb.fr I: Kaputte Seite A
http://signature.statseb.fr II: Kaputte Seite B

Bild Bild Bild

Benutzeravatar
Bommer
WU-Schieber
WU-Schieber
Beiträge: 1177
Registriert: 24.06.2001 01:00

Re: Quarantine@Home: COVID19-Relevanz, "stand alone"-Client

#6 Ungelesener Beitrag von Bommer » 17.05.2020 09:56

Hallo,

hab heute mal den Client installiert. Der nutzt aber nur 10 Prozent Prozessorleistung. So richtig funktioniert die ganz Sache noch nicht. Vielleicht wirds ja in BOINC was, falls es dort implementiert wird.

Gruss Bommer

Benutzeravatar
Michael H.W. Weber
Vereinsvorstand
Vereinsvorstand
Beiträge: 20575
Registriert: 07.01.2002 01:00
Wohnort: Marpurk
Kontaktdaten:

Re: Quarantine@Home: COVID19-Relevanz, "stand alone"-Client

#7 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 17.05.2020 10:49

Bommer hat geschrieben:
17.05.2020 09:56
hab heute mal den Client installiert. Der nutzt aber nur 10 Prozent Prozessorleistung. So richtig funktioniert die ganz Sache noch nicht. Vielleicht wirds ja in BOINC was, falls es dort implementiert wird.
Gut, dass Du das schon probiert hast. Wir denn zumindest ein Kern/"thread" voll ausgelastet?

Michael.
Fördern, kooperieren und konstruieren statt fordern, konkurrieren und konsumieren.

http://signature.statseb.fr I: Kaputte Seite A
http://signature.statseb.fr II: Kaputte Seite B

Bild Bild Bild

Jürgen
CPU-Load-Pusher
CPU-Load-Pusher
Beiträge: 299
Registriert: 05.09.2001 01:00
Wohnort: Porta Westfalica
Kontaktdaten:

Re: Quarantine@Home: COVID19-Relevanz, "stand alone"-Client

#8 Ungelesener Beitrag von Jürgen » 17.05.2020 10:56

Die Frage ist
1. welches OS?
2. CPU oder GPU

Wenn der Client für die GPU läuft, erzeugt der auf dem Prozessor nur wenig Last.
Beim CPU-Client ist die Frage, ob der multithreaded ist, wenn nein, müssen enspr. viele Clients parallel laufen, um die CPU voll auszulasten (was BOINC dann automatisch macht).
Läuft das unter Linux (Docker), muß evtl eingestellt werden, wie viele Cores der Docker-Client kriegen soll.

Alles aber Vermutungen, da ich bisher für das Projekt noch nicht gerechnet habe.
Jürgen
-----
Bild Bild

Benutzeravatar
Michael H.W. Weber
Vereinsvorstand
Vereinsvorstand
Beiträge: 20575
Registriert: 07.01.2002 01:00
Wohnort: Marpurk
Kontaktdaten:

Re: Quarantine@Home: COVID19-Relevanz, "stand alone"-Client

#9 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 17.05.2020 13:01

So, es gab inzwischen über Twitter ein paar Reaktionen auf meine Kontaktaufnahme & Kommentierung. Die sollten wir hier mal diskutieren:

1. https://twitter.com/subC0smos/status/12 ... 1259499521
I previously investigated BOINC, but concluded it added significantly more complexity with no clear benefit : https://github.com/marius311/boinc2dock ... -601879458

It would require users to install virtualbox+boinc, and then find my website for the URL for the project. Even then, GPU support would be missing
2. https://twitter.com/subC0smos/status/12 ... 6587282432
Right now, Mac/Win and Linux versions work out of the box. (although linux requires docker at present time, this has a much higher userbase)

That being said, Im happy to take pull requests from anyone who has the bandwidth to solve these BOINC issues and make it work.
Michael.
Fördern, kooperieren und konstruieren statt fordern, konkurrieren und konsumieren.

http://signature.statseb.fr I: Kaputte Seite A
http://signature.statseb.fr II: Kaputte Seite B

Bild Bild Bild

Benutzeravatar
Frank [RKN]
Vereinsmitglied
Vereinsmitglied
Beiträge: 632
Registriert: 31.10.2018 19:24
Wohnort: Herford

Re: Quarantine@Home: COVID19-Relevanz, "stand alone"-Client

#10 Ungelesener Beitrag von Frank [RKN] » 19.05.2020 09:19

Also wenn ich das richtig verstanden habe, sieht er zwar keinen Vorteil darin das Projekt unter Boinc laufen zu lassen,
ist dem gegenüber aber aufgeschlossen, wenn er Unterstützung bei der Umsetzung bekommt, ist das korrekt ?

Und, können wir da helfen ? Ich denke Yoyo sollte sich damit auskennen, wobei der beruflich gerade sehr eingespannt scheint, das ist wohl auch eine Zeitfrage...

Ich weiß leider nur wie man Boinc-Server in die Knie zwingt, aber nicht wie man sie aufsetzt :evil2:
LG,
Frank

Würde Tschernobyl heute passieren, würden viele Menschen erstmal anzweifeln, dass es Atome überhaupt gibt.

Bild
Bild

Benutzeravatar
Michael H.W. Weber
Vereinsvorstand
Vereinsvorstand
Beiträge: 20575
Registriert: 07.01.2002 01:00
Wohnort: Marpurk
Kontaktdaten:

Re: Quarantine@Home: COVID19-Relevanz, "stand alone"-Client

#11 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 19.05.2020 18:21

Bei mir trudeln derzeit nur Meldungen ein, dass die WUs sehr kurz laufen und nicht auszuwählen ist, ob nun per CPU und/oder GPU gerechnet werden soll. Klingt nicht besonders ermutigend. Vor allem kann es definitiv nicht sein, dass CPU Dockingläufe nur wenige Minuten brauchen. Das macht keinen Sinn. Ich frage mich auch, ob das Projekt wissenschaftlich ausreichend gut betreut wird. Meiner Meinung nach ist das ein Vollzeitjob, wenn man das ordentlich machen möchte.

Ich werde das demnächst aber selbst noch antesten und dann sehen wir weiter...

Michael.
Fördern, kooperieren und konstruieren statt fordern, konkurrieren und konsumieren.

http://signature.statseb.fr I: Kaputte Seite A
http://signature.statseb.fr II: Kaputte Seite B

Bild Bild Bild

Antworten

Zurück zu „Medikamentensuche“