Rechenkraft.net Publikationen

[Michael H.W. Weber]

Ich mache hierzu jetzt mal einen neuen Forenbereich auf.
Es gibt vom Vereinskollegen Robert Prinz wieder eine neue Publikation zu Codes in der Biologie (vgl. Timeline). Online-URL zum kostenfreien Lesen: https://rdcu.be/dhQtK
Ist seine dritte dieses Jahr.

Michael.

[Michael H.W. Weber]

26.04.2024: Rechenkraft.net ist erneut an einer wissenschaftlichen Fachpublikation (OpenAccess) beteiligt; diesmal geht es um die Entwicklung neuer Wirkstoffe gegen den humanpathogenen Wurm Schistosoma mansoni (Todesursache Nr. 2 weltweit, direkt nach Malaria), wofür wir die molekularen Modellierungen (AlphaFold2 & Co) und in silico Docking-Analysen durchgeführt haben.

Michael.

[gemini8]

Dazu gab es irgendwann auch ein WCG Projekt.
Gehe ich recht in der Annahme, dass diese Publikation spezifischere Wirkstoffe anstrebt als die, die seit Jahren beim WCG Projekt nicht rausgekommen sind?

[Michael H.W. Weber]

Dazu gab es irgendwann auch ein WCG Projekt.
Gehe ich recht in der Annahme, dass diese Publikation spezifischere Wirkstoffe anstrebt als die, die seit Jahren beim WCG Projekt nicht rausgekommen sind?

Ja, WCG hatte ein Schistosoma-Projekt. Man findet Online leider nichts konkretes mehr zu deren angeblich gefundenen Wirkstoffen. URLs zu den AGs an den Unis sind auch tot, usw.
Vor 1-2 Jahren war da tatsächlich noch etwas im Forum, aber das scheint alles weg zu sein (im Sinne von verwaist, ungepflegt - also nicht etwa aktiv entfernt). Ich hatte natürlich anlässlich unserer Bemühungen auch geschaut, was andere machen und wollte auch wissen, was denn die Überprüfung im Labor mit den Würmern ergab. Schlicht nichts zu finden.
Unser Zeug ist aber definitiv etwas ganz anderes, neues und vor allem bereits im Labor als wurm-wirksam getestet (was aber noch lange nicht bedeutet, dass man es auch wirklich im Menschen anwenden kann; da fehlen noch klinische Studien). Wir hatten ja vorletzten Montag im allwöchentlichen VideoChat auch mal etwas mehr im Detail darüber gesprochen: Im Grunde ließe sich unser oben publizierter Ansatz systematisieren und sogar auf Krebs beim Menschen anwenden.

Da müßten sich hier nur mal ein paar wenige Leute melden, die etwas beim Aufsetzen der IT-Infrastruktur helfen (OpenMM für Molecular Dynamics, AlphaFold2 für Proteinmdellgenerierung, Autodock Vina GPU & CmDock für Molecular Docking als BOINC Apps aufsetzen - Debianpakete sollten ohnehin schon da sein).
Ich möchte allerdings nicht wieder den Fehler von RNA World machen und losrechnen, vieles finden, aber dann ohne eine ordentlich durchdachte Ergebnisdatenbank angeschlossen zu haben, sodass man am Ende die Daten nicht mehr wirklich handhaben und auswerten konnte.
Außerdem würde ich gern auch sicherstellen wollen, dass jeder Helfer auch wirklich sehen kann, was er selbst beigetragen hat (User also in der DB mitspeichern bei den Ergebnisdaten). Das macht das Projekt wesentlich attraktiver und findet man so bislang meines Wissens nur bei Primegrid (und ggf. bei Einstein@home?).

Michael.