SARS-CoV-2 CryoEM-Struktur in Szene gesetzt

Projektunabhängige Entdeckungen, Forschungen und Spekulationen
Nachricht
Autor
Benutzeravatar
Michael H.W. Weber
Vereinsvorstand
Vereinsvorstand
Beiträge: 21054
Registriert: 07.01.2002 01:00
Wohnort: Marpurk
Kontaktdaten:

Re: SARS-CoV-2 CryoEM-Struktur in Szene gesetzt

#13 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 22.09.2020 09:11

Jürgen hat geschrieben:
21.09.2020 20:43
Michael H.W. Weber hat geschrieben:
01.09.2020 07:23
Nochmal: Wer bei WCG oder Rosetta andere DrugTargets als die oben schon vorgestellten findet, möge die Slot-Verzeichnisse sichern, sie mir irgendwo in eine Wolke legen und dann bastel ich bei nächster Gelegenheit etwas hübsches daraus. :D
Wie erkenne ich das (als völlig unbedarfter Laie) ?
Du kannst dazu bei Gelegenheit immer mal in den BOINC-Arbeitsverzeichnissen der jeweiligen WUs nachsehen.
Unter Windows ist das C:\ProgramData\BOINC\slots\
WCG hat dort Dateien mit der Endung .PDBQT und in diesen sind die bearbeiteten Strukturen enthalten.
Ich habe festgestellt, dass die seit Wochen nur eine Struktur (in zwei Varianten) von einem alten 2014er publizierten SARS-CoV-Virus bearbeiten.

Einfach gesagt: Schauen, ob in dem Verzeichnis etwas anderes als

4mm3_002_tyr264-HO--CYS112_flex.PDBQT
4mm3_002_tyr264-HO--CYS112_rigid.PDBQT

auftaucht und dann den Dateinamen hier melden (und ggf. das Slot-Verzeichnis sicherheitshalber mal separat sichern).

Michael.
Fördern, kooperieren und konstruieren statt fordern, konkurrieren und konsumieren.

http://signature.statseb.fr I: Kaputte Seite A
http://signature.statseb.fr II: Kaputte Seite B

Bild Bild Bild

Benutzeravatar
Michael H.W. Weber
Vereinsvorstand
Vereinsvorstand
Beiträge: 21054
Registriert: 07.01.2002 01:00
Wohnort: Marpurk
Kontaktdaten:

Re: SARS-CoV-2 CryoEM-Struktur in Szene gesetzt

#14 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 09.11.2020 13:16

Ihr habt geschlafen. :lol:

Es ist während der Thor Challenge Pure 2020 ein neues COVID19-Target ausgegeben worden: 5REN lautet der PDB-Code - eine bislang noch unpublizierte Kristallstruktur der SARS-CoV-2 Hauptprotease vom 15. März diesen Jahres.
Habe mir das Ganze am Wochenende mal angeschaut und wieder etwas gebastelt... :smilered:

Michael.
Fördern, kooperieren und konstruieren statt fordern, konkurrieren und konsumieren.

http://signature.statseb.fr I: Kaputte Seite A
http://signature.statseb.fr II: Kaputte Seite B

Bild Bild Bild

Benutzeravatar
Michael H.W. Weber
Vereinsvorstand
Vereinsvorstand
Beiträge: 21054
Registriert: 07.01.2002 01:00
Wohnort: Marpurk
Kontaktdaten:

Re: SARS-CoV-2 CryoEM-Struktur in Szene gesetzt

#15 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 16.11.2020 14:40

Ihr schlaft immer noch. :D

Inzwischen ist im Rahmen der "16th Birthday Challenge beim World Community Grid" in der Subprojektrubrik "OpenPandemics" 6Y84 bei mir auf dem Rechner aufgeschlagen.
Baue demnächst vielleicht mal wieder was... :smoking:

Michael.
Fördern, kooperieren und konstruieren statt fordern, konkurrieren und konsumieren.

http://signature.statseb.fr I: Kaputte Seite A
http://signature.statseb.fr II: Kaputte Seite B

Bild Bild Bild

Benutzeravatar
gemini8
Vereinsmitglied
Vereinsmitglied
Beiträge: 4100
Registriert: 31.05.2011 10:30
Wohnort: Hannover

Re: SARS-CoV-2 CryoEM-Struktur in Szene gesetzt

#16 Ungelesener Beitrag von gemini8 » 16.11.2020 15:44

Ich schlafe nicht - ich kümmere mich nicht darum.
Wenn die Projekte vor sich hin laufen, ohne zu zicken, ist für mich alles i.O.
Mehr will ich nicht. ;-)
Gruß, Jens
- - - - - -
Lowend-User und Teilzeitcruncher

Bild Bild Bild
Bild

smoe
XBOX360-Installer
XBOX360-Installer
Beiträge: 94
Registriert: 12.01.2018 19:12

Re: SARS-CoV-2 CryoEM-Struktur in Szene gesetzt

#17 Ungelesener Beitrag von smoe » 15.12.2020 14:32

In den PDB (oder PDBQT) Dateien ist der Name der Struktur üblicherweise angegeben - muss nicht, aber ... denke nicht, dass sie den herausgenommen haben. Das Geheimnist ist die Wahl des richtigen Wirkstoffs, nicht der Rezeptor.

Was hieltet Ihr denn davon, wenn wir die GPU-Variante von AutoDock zum Laufen bekommen und die Ergebnisse des traditionellen AutoDock mit diesem vergleichen? Könnten dazu ja gar ein kleines BOINC Projekt aufsetzen, sollten wir nur mit den (mir nicht unbekannten) Entwicklern von WCG und AutoDock absprechen. Das sollten dann den Einsatz der GPUs beim WCG beflügeln. @Michael, könnte ein Debian Paket dazu anbieten - also, noch gibt es das nicht, würde das dann aber erstellen, wenn dies hiflreich wäre.

Benutzeravatar
Michael H.W. Weber
Vereinsvorstand
Vereinsvorstand
Beiträge: 21054
Registriert: 07.01.2002 01:00
Wohnort: Marpurk
Kontaktdaten:

Re: SARS-CoV-2 CryoEM-Struktur in Szene gesetzt

#18 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 15.12.2020 16:41

smoe hat geschrieben:
15.12.2020 14:32
Das Geheimnist ist die Wahl des richtigen Wirkstoffs, nicht der Rezeptor.
Das ist klar. Aber für etwas "MolekularPorn" auf unserem Twitter-Account machen die Zielproteinstrukturen natürlich viel mehr her, also habe ich die genommen. 8) Übrigens sind auch einige der Liganden dabei gewesen...
smoe hat geschrieben:
15.12.2020 14:32
Was hieltet Ihr denn davon, wenn wir die GPU-Variante von AutoDock zum Laufen bekommen und die Ergebnisse des traditionellen AutoDock mit diesem vergleichen? Könnten dazu ja gar ein kleines BOINC Projekt aufsetzen, sollten wir nur mit den (mir nicht unbekannten) Entwicklern von WCG und AutoDock absprechen. Das sollten dann den Einsatz der GPUs beim WCG beflügeln. @Michael, könnte ein Debian Paket dazu anbieten - also, noch gibt es das nicht, würde das dann aber erstellen, wenn dies hiflreich wäre.
Nun, ich hatte dazu mit Christain B. nach der Mitgliederveresammlung noch gesprochen: Ich habe das seit einigen Monaten schon für RNA World als weitere App auf der Agenda. Wenn Du da helfen kannst, wäre das sehr nützlich. :D Ich kann Dir da auch schon einige Startmaterial-Repos empfehlen (evt. bist Du aber schon selbst fündig geworden) und vielleicht mag Christian D. da etwas ähnliches für Fedora bauen?
Den Zuständigen bei WCG kennen wir... :wink:

Wo wir schon dabei sind: Ebenfalls auf meiner Agenda steht OpenMM, wo Du ja gerade erst für Debian etwas gebastelt hast. Auch das brauche in in RNA World.

Die Idee, GPU-basiertes Autodock erst einmal mit CPU-Autodock anhand eines bzw. mehrerer (publizierter) Beispiele zu überprüfen ist natürlich sehr gut und dürfte auch vergleichsweise schnell etwas an Ergebnissen abwerfen. Ich würde allerdings gern noch Dock von der UCSF dazunehmen, da Autodock in der "hardcore Forschung" nach meinem Kenntnisstand eher nicht so breit etabliert ist und somit selbst erstmal einer Prüfung bedarf.

Michael.
Fördern, kooperieren und konstruieren statt fordern, konkurrieren und konsumieren.

http://signature.statseb.fr I: Kaputte Seite A
http://signature.statseb.fr II: Kaputte Seite B

Bild Bild Bild

Benutzeravatar
lupinix
Vereinsmitglied
Vereinsmitglied
Beiträge: 24
Registriert: 13.11.2019 12:52
Wohnort: Marburg

Re: SARS-CoV-2 CryoEM-Struktur in Szene gesetzt

#19 Ungelesener Beitrag von lupinix » 15.12.2020 17:47

Michael H.W. Weber hat geschrieben:
15.12.2020 16:41
Nun, ich hatte dazu mit Christain B. nach der Mitgliederveresammlung noch gesprochen: Ich habe das seit einigen Monaten schon für RNA World als weitere App auf der Agenda. Wenn Du da helfen kannst, wäre das sehr nützlich. :D Ich kann Dir da auch schon einige Startmaterial-Repos empfehlen (evt. bist Du aber schon selbst fündig geworden) und vielleicht mag Christian D. da etwas ähnliches für Fedora bauen?
Kann ich gerne mal draufgucken, solang es keine proprietären Abhängigkeiten z.B. direkt gegen CUDA hat, kanns in Fedora. Wenns davon abhängt, finden sich Wege für semioffizielle Pakete.

Viele Grüße
Christian

smoe
XBOX360-Installer
XBOX360-Installer
Beiträge: 94
Registriert: 12.01.2018 19:12

Re: SARS-CoV-2 CryoEM-Struktur in Szene gesetzt

#20 Ungelesener Beitrag von smoe » 16.12.2020 01:13

Autodock Vina wird meiner Beobachtung nach weiterhin sehr gerne genommen. Beim klassischen bin ich mir auch nicht mehr gar so sicher.

Das OpenMM Paket ist nicht von mir - hätte es aber sein können :) Ich habe mich mit RNAworld noch nie beschäftigt, ahem, baust Du eine VM oder soll es ein statisches binary sein?

Ich sehe mal zu, dass ich das als Weihnachtsgeschenk hinkriege.

Viele Grüße
Steffen

Benutzeravatar
Michael H.W. Weber
Vereinsvorstand
Vereinsvorstand
Beiträge: 21054
Registriert: 07.01.2002 01:00
Wohnort: Marpurk
Kontaktdaten:

Re: SARS-CoV-2 CryoEM-Struktur in Szene gesetzt

#21 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 16.12.2020 11:11

smoe hat geschrieben:
16.12.2020 01:13
Autodock Vina wird meiner Beobachtung nach weiterhin sehr gerne genommen. Beim klassischen bin ich mir auch nicht mehr gar so sicher.
Huch, Fachpublikationen mit Autodock? :o
Hmm, mir bislang selten unter gekommen. Habe aber mal eben systematisch gecheckt und immerhin gut 1600 für Autodock und knapp 600 für Vina gefunden - laut Pubmed.
Vina ist meines Wissens im Gegensatz zum klassichen Autodock fähig, mehrere CPU-Kerne für eine Aufgabe einzusetzen. Geschwindigkeitsvorteil, daher Fortschritt. Die GPU Version würde da nun noch einen drauf setzen...
smoe hat geschrieben:
16.12.2020 01:13
Das OpenMM Paket ist nicht von mir - hätte es aber sein können :) Ich habe mich mit RNAworld noch nie beschäftigt, ahem, baust Du eine VM oder soll es ein statisches binary sein?
Linux und Windeln 10 müssen zwecks maximaler Userbase beide addressiert werden und man möchte Code möglichst nativ einsetzen. Wo eine VM / Container nötig wird, bin ich gerade ein wenig auf dem "Podman Trip".
smoe hat geschrieben:
16.12.2020 01:13
Ich sehe mal zu, dass ich das als Weihnachtsgeschenk hinkriege.
Das klingt als wärest Du interessiert, im RNA World Team mitzuwirken? :D

Michael.
Fördern, kooperieren und konstruieren statt fordern, konkurrieren und konsumieren.

http://signature.statseb.fr I: Kaputte Seite A
http://signature.statseb.fr II: Kaputte Seite B

Bild Bild Bild

Antworten

Zurück zu „Wissenschaft“