Microbiome Immunity Project wird beendet

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Stiwi
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Microbiome Immunity Project wird beendet

#1 Ungelesener Beitrag von Stiwi » 09.06.2021 10:15

Leider hab ich noch kein eigenes Thema für MIP gefunden.
Falls noch jemand ein Badge braucht:
The project's future

Volunteer computing power has helped the research team predict the structures of more than 330,000 proteins since the project launched in 2017. With recent advances in technology, there are now ways to analyze this particular type of data more quickly than was possible four years ago. Therefore, the project's time on World Community Grid will be ending as soon as the current work units are completed.

Thank you to everyone who has contributed to this project since its inception. The researchers are preparing an update for us, and will keep us informed about future papers and discoveries that may result from the data.

You can read a post directly from the researchers in the Microbiome Immunity Project forum.

Current status of work units

Available for download: 1,310 batches
In progress: 3,846 batches (8,420,064 work units)
Completed: 331,125 batches (1,368 batches in the past 30 days,
an average of 46 batches per day)
Estimated backlog: 28 days

https://www.worldcommunitygrid.org/abou ... icleId=708
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Jürgen
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Re: Microbiome Immunity Project wird beendet

#2 Ungelesener Beitrag von Jürgen » 09.06.2021 11:10

Schade. Zum 10er-Batsch wird es dann nicht mehr reichen, da brauche ich noch über 4 Jahre :-(
Vielleicht kommt aber irgendwann auch ein neues Projekt.
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Re: Microbiome Immunity Project wird beendet

#3 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 09.06.2021 11:33

Danke für die Info. :D

Die haben auch ein Paper als Ergebnis "unserer" Bemühungen publiziert und zwei weitere sind angeblich in Vorbereitung.
Was mich dann in der Danksagung immer wieder mal anfrißt: "We thank IBM for access to the WCG World Community Grid."
Das war's.
Als hätte man IBM zu danken und nicht den Millionen von Menschen, die hier ihre Hardware & Energieressourcen reingesteckt haben. :bugeye:

Naja. Amerika muss wohl noch lernen, das Grosskonzerne eben nicht der Nabel der Welt sind.

Michael.
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Re: Microbiome Immunity Project wird beendet

#4 Ungelesener Beitrag von Sven » 10.06.2021 15:41

Dear World Community Grid volunteers,

Thank you for your heroic contributions to the Microbiome Immunity Project! Your efforts have allowed us to predict the structures of more than 330,000 proteins contained in the microbiome, dramatically improving our understanding of the functions contained in this incredibly complex community that inhabits all our bodies and underpins many aspects of our health and disease.

With the recent advent of new protein folding techniques based on AI and deep learning, it is now possible to compute these structures hundreds of times faster than when we started the project. We are therefore drawing the project to a close at the end of June, bridging results to new, faster techniques that can be performed on traditional high-performance compute clusters and do not need the power of World Community Grid.

What this means is that your volunteer effort has transformed the accessibility of structural biology for microbiome researchers worldwide, allowing these techniques to be incorporated into the thousands of microbiome projects, targeting diseases ranging from type-1 diabetes and inflammatory bowel disease to cancer to neurological disease, and being conducted around the world.

We already have one scientific article published resulting from the techniques developed from this project, with a second on the way that will apply those protocols to the results that you generated. We will keep you updated on more findings as we publish them.

Thank you again for your impressive contributions to MIP!


Best,
The Microbiome Immunity Project team
https://www.worldcommunitygrid.org/foru ... read,43484
MSI B450-A PRO MAX - Ryzen 3 3100 - 16GB - Zotac RTX 2080 Ti Twinfan - Win10 Pro
Galaxy A50
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https://www.youtube.com/watch?v=jYMIkq3NIgE

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Re: Microbiome Immunity Project wird beendet

#5 Ungelesener Beitrag von comes » 10.06.2021 15:41

Ich hab meinen Ryzen und einen Atom noch mal drauf angesetzt, damit ich wenigstens grün sehe. :wink:
Ryzen 7 3700X ~ GeForce GTX 1660 ~ 32GB RAM ~ Ubuntu 20.04
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Stiwi
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Re: Microbiome Immunity Project wird beendet

#6 Ungelesener Beitrag von Stiwi » 12.06.2021 00:06

Die letzte Batchnummer wird übrigens MIP1_00338435 sein.
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Re: Microbiome Immunity Project wird beendet

#7 Ungelesener Beitrag von joe carnivore » 20.06.2021 07:07

Ich bin noch an den 10 Jahren dran.
Mit dem Mittags update bleibt noch 1 Jahr. Da ich auch die 100000 Stunden bei WUprop voll haben möchte etwas mehr als 2 Jahre.

36 Kerne laufen und 10 Tage Puffer ,immer 1 Jahr auf den Rechnern. Also überschaubar.
32 Kerne hab ich noch in Reserve.


Zeit ist ja noch genug. Post vom 10.6. von knreed ,World Community Grid Tech

The estimate that I provided to the researchers was off by a bit. We should have continuous work for about another 33 days +/- 5 or so depending on various factors. This means that we will run out of work somewhere between July 8 and July 18th. At that point we will have about a 14 day period where only resends are sent to finish off the workunits that are still out. This means that the final tasks will be sent out towards the end of July.
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Jürgen
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Re: Microbiome Immunity Project wird beendet

#8 Ungelesener Beitrag von Jürgen » 21.06.2021 16:29

Hi,

wie gesagt, fehlen mir noch etwa 4 Jahre zum 10er batsch oder 100k Stunden bei WUprop.
Mit 24 Kernen "normal gerechnet" würde das etwa 90 Tage dauern - und damit zu lang, da wohl um den 8 Juli herum die WUs zu Ende gehen sollen.
Um das noch zu schaffen, müßte das 4x schneller gehen.

meine Überlegung war, einfach 4 (besser 5) VMs zu erzeugen, die dann alle parallel rechnen. Testweise habe ich das mal mit 2 VMs parallel angetestet.
Ergebnis: Alle WUs berechen mit Berechnungsfehler ab.. Das passiert so in der Größenordnung 60% fertig. Beispiel-Fehler-WU
VM-Konfiguration ist Virtmanager mit Opensuse 15.2-Host und kubuntu-Gast.
Ist irgendwas bekannt, da0 MIP nicht in einer VM läuft?
Ist das Vorhaben die noch fehlende Zeit durch mehrere parallel VWs zu erreichen überhaupt realistisch?

Denkbar wäre auch die Variante, die Anzahl der Kerne für die VM zu "überziehen". Obwohl der Hostrechner nur 24 Kerne hat, kann ich für den Gast auch 256 oder mehr einstellen (Threadripper).

Aktuell habe ich aber auch noch das Problem, daß überhaupt keine WUs mehr geladen werden, möglicherweise wg zu vielen Berechnungsfehlern. In den Meldungen erscheint folgenes:

Code: Alles auswählen

Mo 21 Jun 2021 16:42:19 CEST | World Community Grid | Sending scheduler request: To fetch work.
Mo 21 Jun 2021 16:42:19 CEST | World Community Grid | Requesting new tasks for CPU
Mo 21 Jun 2021 16:42:21 CEST | World Community Grid | Scheduler request completed: got 0 new tasks
Mo 21 Jun 2021 16:42:21 CEST | World Community Grid | No tasks sent
Mo 21 Jun 2021 16:42:21 CEST | World Community Grid | No tasks are available for Microbiome Immunity Project
Mo 21 Jun 2021 16:42:21 CEST | World Community Grid | Für die gewählten Anwendungen ist keine Arbeit verfügbar.
Mo 21 Jun 2021 16:42:21 CEST | World Community Grid | Tasks for AMD/ATI GPU are available, but your preferences are set to not accept them
Mo 21 Jun 2021 16:42:21 CEST | World Community Grid | Tasks for Intel GPU are available, but your preferences are set to not accept them
Mo 21 Jun 2021 16:42:21 CEST | World Community Grid | This computer has finished a daily quota of 1 tasks
Mo 21 Jun 2021 16:42:21 CEST | World Community Grid | Project requested delay of 121 seconds
Stutzig macht mich dabei die zeile mit dem "Quota of 1 Tasks" - oder sind die WUs schon jetzt aus?

Irgendwelche Ideen, wie man dann Rechner wieder zum WU-Holen überreden kann ?
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Stiwi
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Re: Microbiome Immunity Project wird beendet

#9 Ungelesener Beitrag von Stiwi » 21.06.2021 20:24

Wieso sollte man so schummeln?
Also ich hab lieber ein Badge nicht erreicht also so erschummelt.

Da die WUs eh schon viel l3 cache brauchen und langsam werden wenn man genug auf einer CPU laufen lässt ist das so eine sinnlose Energieverschwendung wenn man sogar 4 WUs pro Kern laufen lässt...
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Re: Microbiome Immunity Project wird beendet

#10 Ungelesener Beitrag von Jürgen » 21.06.2021 20:37

Ok,
schummeln möchte ich nicht.
Da ich bei MIP nichts weiter erreichen kann, bleibt alles beim alten, aktuell also Primegrid (Reste vom Wettbewerb).
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Re: Microbiome Immunity Project wird beendet

#11 Ungelesener Beitrag von Stiwi » 21.06.2021 20:47

Naja im Grunde muss es jeder für sich selbst entscheiden ob es schummeln ist oder nicht :wink:

MIP hat übrigens glaube ich Probleme mit manchen Linuxvarianten aber ich kann mir auch vorstellen dass zu viele WUs zeitgleich auch Berechnungsfehler verursachen können.
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