falsche Ergebnisse durch übertakten?

[Mystwalker]

Die Vorgehensweise dürfte von der Beschaffenheit der Aufgabe abhängen.
Wenn es "nur" darum, (möglichst schnell) eine möglichst optimale Lösung zu finden und der abzusuchende "Raum" so gewaltig ist, dass man ihn in Jahrzehnten nicht absuchen kann, so würde es vermutlich auch ausreichen, die Überprüfungen derart zu gestalten, dass Betrüger einigermaßen schnell entdeckt werden können, Rechenfehler aber durchaus vorkommen dürfen. Allerdings wäre es in diesem Fall zu erwägen, den Client möglichst robust zu entwickeln.

Ansonsten sollte es schon noch mind. eine zweite Überprüfung geben. Ich sehe allerdings wenig Sinn darin, eine vierfache Berechnung anzustoßen. Wenn 2 Rechner, die auf unterschiedlicher Architektur beruht und möglichst Leuten gehören, die nicht in demselben Team sind, ein und dasselbe Ergebnis liefern, so würde mir das auch schon reichen.
Jedoch wird die erste Forderung schwierig zu erfüllen sein. Es sollte IMHO aber zumindest eine größtmögliche Differenz geben, um systematische Fehler zu reduzieren.

[Michael H.W. Weber]

nehmen wir als beispiel fah, wenn der strang nicht 100% genau gerechnet wird, ist die 3d-struktur des ganzen proteins dahin. in der natur kommt sowas oft genug vor und dafür gibs ja bekanntlich die caperone, die die wieder richtig falten. jetzt stell dir mal vor, du faltest 4mal schneller und machst dabei ein paar fehler, dann kann man nicht mehr gewährleisten, dass alle deine vorherigen faltungen richtig sind. und deshalb alles nochmal.

Nein, bei FAH werden die wichtigen Übergangszustände nach Auffinden SOFORT erneut ausgegeben zur Überprüfung, BEVOR das Ergebnis als Basis für neue Berechnungen dient.

Michael.

[www.rekorn.de]

Nein, bei FAH werden die wichtigen Übergangszustände nach Auffinden SOFORT erneut ausgegeben zur Überprüfung, BEVOR das Ergebnis als Basis für neue Berechnungen dient.
Michael.

hä? wie jetzt sofort ausgegeben? ich hab fah nie selbst gerechnet, aber ich dachte immer, dass die leute die sequenz bekommen oder nur ein stück und die struktur durchrechnen. also ich hatte letztes semester proteinstrukturvorhersage im unterricht und ich weiß, dass es nach bestimmten formeln und haste-nich-gesehn berechnet wird, aber wie meinste das mit sofortige ausgabe? du kriegst dein paket und rechnest es durch und schickst das 3d-stück wieder (soweit ich weiß, kann man sich danach das fertige protein mit rasmol angucken). was sind für dich wichtige überganszustände? AS wie cystein mit der sh-gruppe?

[Michael H.W. Weber]

Bei FAH geht es weniger um Proteinstrukturvorhersage, als viel mehr um Vorhersage des ProteinfaltungsWEGES (was natürlich AM ENDE die korrekte Struktur zum Ergebnis hat). Als Übergangszustand meine ich im oben genannten Abschnitt eine Situation, die ein lokales Energieminimum beim Faltungsprozeß darstellt, also ein produktiver Schritt während des Faltungsprozesses.

Michael.

[www.rekorn.de]

also welche stellen jetzt für die 3d-struktur wichtig sind? bekommt man schon die 2d-darstellung geliefert? welche daten erhält man denn? wie berechnet man den diesen weg?

[aalerich]

Heißt das, es geht bei einer bereits vollständig bekannten Struktur um z.B. die zeitliche Reihenfolge der Faltungen an den verschiedenen Knickpunkten oder die Frage, ob die Faltung eventuell schrittweise erfolgt? "Übergangszustand" verstehe ich als die Phase der "Verformung" Punkt/Fragezeichen (ich konnte mich nicht entscheiden)
Soweit ich das bisher verstanden zu haben glaubte geht es bei FAH darum herauszufinden, warum das Protein an genau dieser Stelle um 40° nach links abknickt und nicht weiter hinten um 20° und nach rechts...

Mit freundlichen Grüßen
aalerich

[Michael H.W. Weber]

Proteine sind Ketten von Aminosäuren. Und die einzelnen Kettenglieder ordnen sich in ZEIT (!) und Raum an. Der zeitliche Verlauf ihrer räumlichen Anordnung ist als Faltungsprozeß definiert, der am Ende mit einer stabilen Struktur abschließt.

Michael.

[www.rekorn.de]

is die faltungszeit pro zelle unterschiedlich, oder genau definiert? und fah findet die zeit raus, oder wie?

[Michael H.W. Weber]

FAH liefert meines Wissens reale Simulationszeitspannen ab. Jeder einzelne Faltungsschritt kann unterschiedlich viel Zeit in Anspruch nehmen.

Michael.