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- 22.02.2013 18:04
- Forum: Hardware, Software, Technik, Betriebssysteme
- Thema: SSE Instruktionssatz auf NEON portieren?
- Antworten: 32
- Zugriffe: 6371
Re: SSE Instruktionssatz auf NEON portieren?
Soweit ich das beurteilen kann, setzt Infernal nur SSE2 oder höher voraus und arbeitet nur mit 128 Bit. Und nach dem Überfliegen des Source Codes sieht es danach aus, als ob nur 32 Bit floats verwendet werden und keine doubles. Von daher sehe ich grundsätzlich keine Hürden, dass auf NEON zu portiere...
- 23.03.2011 16:03
- Forum: RNA World Diskussionen (deutsch)
- Thema: Endmonster erlegt...
- Antworten: 406
- Zugriffe: 175949
Re: Endmonster erlegt...
@yoyo: Ob der Validator sich dieses Ergebnis auch noch mal anschauen könnte? *lieb guck*
- 04.03.2011 20:00
- Forum: RNA World Discussions (english)
- Thema: Run Times forcms_GA[e30-50MB_Lin65f] tasks
- Antworten: 29
- Zugriffe: 12743
Re: Run Times forcms_GA[e30-50MB_Lin65f] tasks
Exit status 11 is most likely an indicator for insufficient memory. I had this once when two tasks had their memory peak at the very same time.
Tilman
Tilman
- 17.02.2011 21:30
- Forum: RNA World Diskussionen (deutsch)
- Thema: WU-SETS
- Antworten: 247
- Zugriffe: 60981
Re: WU-SETS
*schnürt für Norman ein Päckchen mit 8 x Intron_gpI und 8 GB Peak RAM pro WU*
- 13.02.2011 14:28
- Forum: RNA World Diskussionen (deutsch)
- Thema: GAS geben bei RNA World
- Antworten: 30
- Zugriffe: 15106
Re: GAS geben bei RNA@home
Hmm... bei mir funktioniert alles:
Tilman
Code: Alles auswählen
So 13 Feb 14:27:29 2011 RNA World Sending scheduler request: Requested by user.
So 13 Feb 14:27:29 2011 RNA World Reporting 15 completed tasks, not requesting new tasks
So 13 Feb 14:27:39 2011 RNA World Scheduler request completed
- 11.02.2011 11:13
- Forum: RNA World Diskussionen (deutsch)
- Thema: cmsearch läuft nach Ende der WU ohne BOINC Aufsicht weiter
- Antworten: 36
- Zugriffe: 16781
Re: cmsearch läuft nach Ende der WU ohne BOINC Aufsicht weit
Vor einer Weile hatte ich dasselbe Problem. Damals liefen noch mehrere Projekte parallel, zu wenig Speicher gab es aber nie. Seit dem nur noch RNA World läuft, hab ich keine einzige Leiche mehr entdeckt.
Tilman
Tilman
- 11.02.2011 11:08
- Forum: RNA World Diskussionen (deutsch)
- Thema: WU rechnet und rechnet und rechnet..
- Antworten: 217
- Zugriffe: 47516
Re: WU rechnet und rechnet und rechnet..
@Norman: Bei den Genomen, die du da bekommen hast, liegt der Peak-RAM-Bedarf recht hoch, etwa 5 GB für Oryza sativa Japonica und 7 GB für Canis lupus familiaris. Da dürfen dann wohl nicht mehr als zwei Peaks zusammen fallen, sonst gibt's Ärger.
Tilman
Tilman
- 10.02.2011 11:10
- Forum: RNA World Diskussionen (deutsch)
- Thema: WU rechnet und rechnet und rechnet..
- Antworten: 217
- Zugriffe: 47516
Re: WU rechnet und rechnet und rechnet..
Hui .. fünf könnte durchaus kritisch sein .. wenn ich meinen Peak-RAM-Messungen folge, dann liegt der RAM-Peak für Intron_gpI bei mindestens 3 GB pro WU. Hängt aber sehr von der Genomgröße ab. Kannst du die Tasks mal posten? Es könnten bei den größeren Genomen durchaus auch 5 GB RAM Peak oder gar 7 ...
- 25.01.2011 22:31
- Forum: RNA World Diskussionen (deutsch)
- Thema: WU rechnet und rechnet und rechnet..
- Antworten: 217
- Zugriffe: 47516
Re: WU rechnet und rechnet und rechnet..
Danke! Läuft dann jetzt durch, dauert aber ein paar Tage, bis es fertig ist.
Tilman
Tilman
- 25.01.2011 22:07
- Forum: RNA World Diskussionen (deutsch)
- Thema: WU rechnet und rechnet und rechnet..
- Antworten: 217
- Zugriffe: 47516
Re: WU rechnet und rechnet und rechnet..
Die cmcalibrate binaries sind tatsächlich noch die alten. Ich kann ja mal schauen, ob das mit meinen neuen klappt. Wie komme ich denn an die Eingabedateien für die cmc_Lin64[Rfam-10.0-full2]_RF00028_Intron_gpI_Rfam-10.0_1288799223_27?
Tilman
Tilman
- 20.01.2011 20:41
- Forum: RNA World Discussions (english)
- Thema: Long running work unit
- Antworten: 1108
- Zugriffe: 392560
Re: Long running work unit
Unfortunately not. It just exited "normally". Looks as if this is really an application problem and I guess we will have to get back to the infernal developers in order to solve this issue. I am sorry for not having more positive news.
Tilman
Tilman
- 09.01.2011 22:55
- Forum: RNA World Discussions (english)
- Thema: Long running work unit
- Antworten: 1108
- Zugriffe: 392560
Re: Long running work unit
Regarding the "process exited with code 195 (0xc3, -61)" problem: I have almost completed one of the work units you mentioned and I am going to process the last part in debugging mode, maybe that will help us to identify the root cause.
Tilman
Tilman