PS3GRID ist ein Projekt der Forschungsgruppe für biomedizinische Informatik im biomedizinischen Forschungspark in Barcelona. Das Projekt versucht mit Hilfe von Distributed Computing den Ionen-Transport von Gramicidin A Atomen zu simulieren. Jede Workunit umfasst dabei ganze 30.000 Atome. Dabei setzt PS3GRID aufgrund des enormen Rechenaufwands besonders auf die Spielekonsole PlayStation 3. So ersetzt eine PS3 ca. 19 PCs bestückt mit jeweils einer 2 GHz AMD Opteron CPU. Um mit der eigenen PS3 mitmachen zu können, muss man vorher Linux und eine spezielle BOINC-Version installieren, die auf der PS3GRID-Webseite erhältlich ist.

Nach der Einführung von CUDA ist es dem Projekt gelungen, auch eine Anwendung für Nvidia-GPUs zu entwickeln. Um an dem Projekt teilzunehmen, benötigt man eine CUDA-fähige Grafikkarte, die entsprechenden Treiber und als BOINC-Version 6.3.x oder neuer. Alle nötigen Links sind auf GPUGRID zu finden.

Inhalt 1 Projektübersicht 1.1 Projektstatus 1.2 Projektlinks 1.3 Statistiken 2 Clientprogramm 2.1 Betriebssysteme 2.2 Veröffentlichte Versionen 2.3 Installation 3 Meldungen 3.1 RSS-Feed

Projektübersicht

PS3GRID-GPUGRID
Name	PS3GRID-GPUGRID
Kategorie	Biochemie
Ziel	Simulation von Ionen Transporten
Kommerziell	nein
Homepage	gpugrid.net

	Dieses Projekt wird in Spanien durchgeführt.

Projektstatus

Projektlinks

• Newsarchiv
• Grafische Darstellung
• Besten Teilnehmer
• Besten Computer
• Besten Teams
• Regeln und Grundsätze
• FAQ
• GPU-Übersicht
• Neuigkeiten (RSS-Feed)

Statistiken

Wo	Übersicht	Top Teams	Top User
Projekt Home Page		Top Teams	Top User
BOINCstats.com	Übersicht	Top Teams	Top User
BOINCsynergy.com	Übersicht	Top Teams	Top User
stats.free-dc.org	Übersicht	Top Teams	Top User
statsnstones.tswb.org		Top Teams	Top User
allprojectstats.com	Übersicht	Top Teams	Top User

Clientprogramm

Betriebssysteme

	Windows	(nur mit CUDA-fähiger Nvidia GPU)
	Windows 64bit	(nur mit CUDA-fähiger Nvidia GPU)
	Linux
	Linux 64bit	(nur mit CUDA-fähiger Nvidia GPU)
	Playstation 3	wird leider nicht mehr unterstützt
	DOS
	MacOS X
	BSD
	Solaris
	CUDA	kompatible Karten
	Java (betriebssystemunabhängig)

Veröffentlichte Versionen

• 04.09.2009: ACEMD beta version 6.02 (cuda) (CUDA unter Linux 64bit)
• 20.08.2009: Full-atom molecular dynamics 6.67 (cuda23) (CUDA unter Windows)
• 31.07.2009: Full-atom molecular dynamics 6.67 (cuda) (CUDA unter Windows)
• 27.07.2009: Full-atom molecular dynamics 6.66 (cuda) (CUDA unter Linux 64bit)
• 30.09.2008: Full-atom molecular dynamics on Cell processor 5.03 (Linux@PS3)
• 04.11.2007: Gramicidin A potassium ion permeation 5.04 (Linux@PS3)
• 31.08.2007: Gramicidin A 5.01 (Linux@PS3)
• 01.06.2007: 5.16 (Linux@PS3)

Installation

PS3GRID-GPUGRID benutzt die BOINC-Infrastruktur. Die Anmeldung, Installation und Konfiguration sind auf der allgemeinen BOINC-Seite beschrieben.

Meldungen

RSS-Feed

MD conference impressions and GPUGRID poster for download!

As announced, GPUGRID was in the conference on MD here in Barcelona last week. We presented a poster, available for download here (Resources section), and a talk by Gianni. Both raised a lot of interest in terms of computational power available through ditributed computing and potential scientific impact of the experiments run. Best regards! [?]

Conference "Expanding the frontiers of molecular dynamics simulations in biology" in Barcelona next week

GPUGRID is participating to a conference concentrating the main talents in molecular dynamics in the world today. Gianni De Fabritiis will be giving a talk presenting the work on the Dopamine receptor, and Ignasi Buch will be presenting a poster (soon available in the web) on GPUGRID and the application Calculations of binding free energies (we have been recently busy with the paper! News soon). Remember to check out our gallery for pictures of the events. [?]

5th Pan-Galactic BOINC Workshop in Barcelona

The 5th Pan-Galactic BOINC Workshop will take place tomorrow and on Friday here in Barcelona and GPUGRID will be there. We will also be presenting a remote submission system that we use in the lab to safely interact with the server, to send/retrieve WUs from it. For more information check the wiki site http://boinc.berkeley.edu/trac/wiki/WorkShop09 [?]

New top volunteers

Congratulation to our top volunteers. JackofAll managed to become top host, while XtremeSystems and Stoneageman keep their top volunteers and top teams position. [?]

Donor: Have your say, propose a research topic

GPUGRID offers the opportunity to its highest donor, once reached the target, to choose a research topic (Cancer, Alzheimer, etc.). Would you like to have your say but can't afford a high enough donation? No problem! Donations made as part of 'an interest group' (Team,...) will be considered as a unit. To donate, click here. Many thanks. [?]