SIMAP (beendet)

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SIMAP (Similarity Matrix of Proteins, d.h. Ähnlichkeitsmatrix von Proteinen) ist eine Datenbank für berechnete Homologien von Proteinsequenzen und stellt spezialisierte Abfragetools bereit, um die Daten effektiv nutzen zu können. Für über 4 Millionen Proteinsequenzen soll dabei die Ähnlichkeit für jedes Paar von zwei Sequenzen berechnet werden. Diese Information ist deshalb von Bedeutung, weil sich medizinische Forschungsergebnisse zu bestimmten Proteinen oft auch auf ähnliche Proteinsequenzen übertragen lassen. Beispielsweise sind viele Ergebnisse aus der Genforschung mit Mäusen auf den Menschen übertragbar.

Nachdem SIMAP die bereits vorhandenen Bestandsdaten der verschiedenen Proteindatenbanken aufgrund von Client-Optimierungen schneller als zunächst angenommen verarbeiten konnte, müssen lediglich noch in etwa monatlichen Abständen Aktualisierungen vorgenommen werden. Das bedeutet, dass es zeitweise keine Arbeit für dieses Projekt gibt. Neue WUs werden aber sehr früh auf der Homepage angekündigt.

Mehr Informationen dazu gibt es in unseren Projekt-FAQs.


Audio-Beschreibung Ausführliche Audio-Beschreibung des Projekts: BOINCcast

Das Projekt wurde Ende 2014 beendet.


Inhalt

Projektübersicht

InfoIcon.png SIMAP
Name SIMAP
Kategorie Bioinformatik
Ziel Berechnung der Ähnlichkeit von Proteinsequenzen nach dem FASTA-Prinzip
Kommerziell   nein
Homepage boincsimap.org/boincsimap (archive.org)



 
Austria01.gif    Dieses Projekt wird in Österreich durchgeführt.


Projektstatus

InfoIcon.png Projektstatus
Status   beendet
Beginn 13.12.2005
Ende Ende 2014

Projektlinks

Projekt-FAQs

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Clientprogramm

Betriebssysteme

Icon windows 16.png   Windows Checkbox 1.gif  
Icon windows 16.png   Windows 64bit Checkbox 1.gif  
Icon linux 16.png   Linux Checkbox 1.gif  
Icon linux 16.png   Linux 64bit Checkbox 1.gif  
Android.jpg   Android Checkbox 1.gif  
Icon dos 16.png   DOS Checkbox 0.gif  
Icon macos 16.png   MacOS X Checkbox 1.gif  
Icon freebsd 16.png   BSD Checkbox 1.gif  
Icon solaris 16.png   Solaris Checkbox 1.gif  
Logo-hpux.png   HPUX Checkbox 1.gif  
Logo-aix.jpg   AIX Checkbox 1.gif  
Tru64 Checkbox 1.gif  
Logo-irix.gif   IRIX Checkbox 1.gif  
Icon java 16.png   Java (betriebssystemunabhängig)  Checkbox 0.gif  

Client-Eigenschaften

Funktioniert auch über Proxy Checkbox 1.gif
Normal ausführbares Programm Checkbox 1.gif
Als Bildschirmschoner benutzbar Checkbox 0.gif
Kommandozeilenversion verfügbar Checkbox 0.gif
Personal Proxy für Work units erhältlich   Checkbox 0.gif
Work units auch per Mail austauschbar Checkbox 0.gif
Quellcode verfügbar Checkbox 0.gif
Auch offline nutzbar Checkbox 1.gif
Checkpoints Checkbox 1.gif

WU-Informationen

Aktuelle und genaue Details für BOINC-Projekte gibt es bei WUProp.

Name RAM Dauer Deadline Speicherplatz Download Upload Mindestanforderung
HMMER  45 MB  1:00 h (C2D 32bit 2,4 GHz)  8 Tage  11 MB MB 0,05 MB {{{mindestanforderung}}} oder besser


SIMAP  10 MB  0:45 h (AMDX2 32bit 3,0 GHz; C2D 32bit 2,4 GHz)  8 Tage  2 MB 1,8 MB 2,5 MB {{{mindestanforderung}}} oder besser


Die Dauer ist die durchschnittliche Rechenzeit, die auf entsprechender CPU (Taktung in der Klammer) gebraucht wird.
Die Deadline ist die Zeitspanne, in der die Work unit berechnet sein muss.

Veröffentlichte Versionen

  • 09.10.2006: HMMER 5.09
  • 09.10.2006: HMMER 5.09
  • 18.09.2006: HMMER 5.08
  • 17.09.2006: HMMER 5.07
  • 16.09.2006: HMMER 5.06
  • 13.09.2006: HMMER 5.05
  • 03.09.2006: HMMER 5.02
  • 12.07.2006: 5.10
  • 21.06.2006: 5.09
  • 19.06.2006: 5.08
  • 17.01.2006: 5.07
  • 15.01.2006: 5.06
  • 21.12.2005: 5.05
  • 19.12.2005: 5.04
  • 13.12.2005: 5.03

Screenshots

Bisher zeigt der Client noch keine eigenen Grafiken bei der Berechnung an, die allgemeinen BOINC-Screenshots zeigen aber, wie der Client arbeitet. Wenn BOINC als Bildschirmschoner läuft, wird bei diesem Projekt das BOINC-Logo angezeigt.

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Meldungen

  • Deutsch nein.gif 11.11.2009: [ SIMAP - a comprehensive database of pre-calculated protein sequence similarities, domains, annotations and clusters]

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Qualitätssicherung

Überprüft: 29.10.2018

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Eigene Werkzeuge