Rosetta@home/Versioninfo

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Übersetzung von Informationen aus dem Forum von Rosetta@home

Inhalt

Minirosetta 2.15

Minirosetta wurde aktualisiert, um neue Protokolle für symmetrische Oligomere und Membranproteine hinzu zu fügen.

Minirosetta 2.14

Weitere CASP betreffende Updates.

Minirosetta 2.11

Weitere Fehlerkorrekturen und Vorbereitungen auf CASP.

Minirosetta 2.10

Dieses Update hat einige Features, die uns helfen sollen effektiver Proben aus unterschiedlichen Ansätzen nehmen zu können.

Minirosetta 2.05

Dieses Update beinhaltet eine Lösung für das Checkpointing.

Minirosetta 2.03

Diese Version merzt einen "stackoverflow error" aus, den wir in Version 2.02 nicht festsetzen konnten.

Minirosetta 2.02

Update mit Fehlerkorrekturen um frühere "input files" benutzen zu können.

Minirosetta 1.98

Ein paar weitere Kommandozeilen Level Optionen sind dazugekommen.

Minirosetta 1.96

Diese Version hat hauptsächlich interne, wissenschaftliche Korrekturen.

Minirosetta 1.91

Diese Version sollte die Verlangsamung und die "Sofort beenden"-Probleme lösen. Des Weiteren haben wir ein neues Protokoll für die Vorhersage von Änderungen in der Proteinstabilität durch Mutationen eingefügt.

Minirosetta 1.86

Dieses Update beinhaltet Fehlerkorrekturen im Desulfide-Teil des Codes.

Minirosetta 1.82

Diese Version unterstützt Disulfide, korrigiert Fehler für die Homolg Modellierung mit Beschränkungen und den "watchdog".

Minirosetta 1.80

Diese Version beinhaltet ein neues Protein-Protein Docking Protokoll und ein neue Rotamer Bibliothek.

Minirosetta 1.76

Dies ist ein kleineres Update um Probleme mit der Validierung zu beheben.

Minirosetta 1.75

Diese Version beinhaltet einige neue Features, die es uns erlauben eine größere Menge an Daten für Homolog Modellierung zu analysieren. Ausserdem sind ein paar Docking-Features dabei und, wie immer, Fehlerkorrekturen und (hoffentlich) Stabilisierungen.

Minirosetta 1.71

Diese Version beinhaltet Fehlerkorrekturen und es wurden "local parameter file loading"-Optionen hinzugefügt.

Minirosetta 1.64

Diese Version hat einige Veränderungen in der Infrastruktur und ein neues Protokoll für die Verwendung experimenteller Daten aus NMR.

Minirosetta 1.54

Dieses Update konzentriert sich auf Fehlerkorrekturen und Stabilitätsfragen und weniger auf neue wissenschaftliche Erweiterungen, aber: Es wird uns nun hoffentlich möglich sein die wissenschaftlichen Projekte durchzuführen, die schon lange auf BOINC gewartet haben.

Minirosetta 1.47

Dieses Update enthält einige Fehlerkorrekturen.

Minirosetta 1.45

Dieses Update enthält Updates zu lange Laufzeiten für "Entspannung" Arbeitsplätze, Validierung Fehler, Check Point Erholung Fragen, und numerische Instabilität in Wasserstoff-Bond-Scoring.

Minirosetta 1.40

Diese Version enthält verbessertes Protein-Protein-Docking zusammen mit kleinen Molekül-Liganden und die Fähigkeiten zu tun, Design, wo die Oberfläche Amino-Säure-Rückstände sind erlaubt, mutieren während der Simulation.

Minirosetta 1.39

In dieser Version haben wir zwei wichtige Anwendungen zu minirosetta, Docking- und Protein-Faltung mit ausdrücklicher Zink-Metall-Ionen. Neue Funktionen wurden hinzugefügt, um die Grafik zu zeigen, Kette Farben für ein Multi-Chain-Protein-Komplex und Anzeige von Metallionen Bereich.

Minirosetta 1.32

Diese Version beinhaltet verschiedene Updates der grafischen Anwendung. Minirosetta Grafiken schauen nun aus wie rosetta++ Grafiken. Zusätzlich ist nun eine grafische Linux Anwendung vorhanden.

Die minirosetta Datenbank wird nun mit der Anwendung gepackt und verteilt wegen der Abwärtskompatibilität.

Bitte beachtet, dass die grafische frame rate wegen dem extra Overhead von verteilten Daten zwischen der Arbeitsanwendung und der grafischen Anwendung reduziert sein könnte. Um die frame rate auf Kosten der CPU Cycles zu erhöhen, kann man die "Percentage of CPU time used for graphics" in der R@h Projekt Einstellung erhöhen.

Bitte beachtet auch, dass es immer noch zu Problemen mit der grafischen Linux Anwendung kommen kann.

5.98

Es wurde das Problem behoben, dass der Client einfach bei einigen WU´s stehen blieb ("idlete").

Minirosetta 1.28

Diese Version enthält eine Korrektur für die Grafik-Anwendung und Springen und Loop-Modeling-Protokolle.

Minirosetta 1.25

Es wurde ein Problem mit Dateiformatierungen behoben, welches die 'abintio Faltung' zum Absturz brach.

Minirosetta 1.24

Es wurde ein Speicherleck behoben was bei langen Laufzeiten zu Problemen führen konnte.

Minirosetta 1.19

Die minirosetta Anwendung wurde aktualisiert auf Version 1,19. Diese Version enthält einige Bugfixes für unsere CASP8 abinitio und Template-basierte Modellierung von Protokollen.

Minirosetta 1.15

Diese Version führt eine verbesserte Methode zur Modellierung großer RNS Moleküle ein.

5.96

Rosetta 5.96 beinhaltet eine neue Methode zur Modellierung großer Ribonukleinsäuren, für die experimentelle Daten verfügbar sind. Vereinfacht gesagt werden hierbei Randbedingungen, die weiter auseinander liegender Bereiche der Kette zusammenbringen, erst zu einem späteren Modellierungszeitpunkt berücksichtigt.

Minirosetta 1.09

Neu in der Version sind die Grafiken *in betaphase*, desweiteren werden 2 Ziele verfolgt und zwar werden alte wichtige rosetta Protokolle überprüft, ob sie auf minirosetta einwandfrei laufen und es werden neue protokolle erprobt die den Switch auf minirosetta ermöglicht haben. Desweitern wird die Anzahl der WU´s von minirosetta nur langsam gesteigert, falls man doch ein Problem in den Tests übersehen hat

5.95

Diese Version führt eine neue "Resampling"-Methode zum abwechslungsreich gestalteten Erzeugen von Beta Topologien ein. Sie erweitert die Bandbreite räumlicher Konformationen, die Rosetta, durch Erlernen vielversprechender Regionen des zu prüfenden Raumes aus früheren Resultaten, erforschen kann.

5.93

Dieses Update ermöglicht bessere Verarbeitung dihedral-symmetrischer Proteine. Hierbei handelt es sich um eine gemeinsame, biologisch wichtige Symmetrie, die bei homooligomeren Proteinen (einer Reihe von Proteinen mit den gleichen Sequenzen und häufiger Struktur) gefunden wurde.

5.91

Diese Version bringt eine Korrektur im CPU-Run-Timer Counter der Linux Version.

5.90

Rosetta wurde auf Version 5.90 aktualisiert. Zu den Änderungen gehören eine geringe Nutzung des virtuellen Speichers und eine bessere Erforschung von Proteinen mit komplexen Symmetrien.

5.89

Rosetta wurde auf Version 5.89 aktualisiert. Änderungen ermöglichen es uns, Proteine mit komplexen Symmetrien zu modellieren und weiterhin gibt es Verbesserungen in der Energiefunktion die benutzt wird um RNA zu simulieren.

5.85

Diese Version bringt geeignete Diagnosen für unterschiedliche Arten von Symmetrien ("D2"), eine Korrektur für die Modelle großer symmetrischer Komplexe, sowie ein geringerer Speicherverbrauch bei einigen Berechnungen diesbezüglich. Weiter wurde ein neues Ausgabeformat, das eventuell beim Kreieren neuer Proteine nützlich ist, eingeführt und es wurden einige "große" Verbesserungen in der Energiefunktion für die RNA-Struktur-Vorhersage, welche im großen Umfang getestet werden soll, vorgenommen.

5.81

Es wurde eine neue Funktion hinzugefügt, mit der Disulfid-Bindungen in Proteinen richtig modelliert werden können.

5.80

Die Applikation unterstützt die Anwesenheit von kleinen Molekülen in Protein-Protein "docking" Simulationen (was Bestand der aktuellen Capri-Runde ist.)

5.78

Diese Version beinhaltet einige kleine, aber nützliche, Updates zur Simulation der RNA-Faltung und auch einige spezielle symmetric folding runs.

5.73

Es wurde ein Fehler in der hochaufgelösten Modellierung der RNA behoben und es wird nun eine effizientere Prozedur für geschlossenen "Kettenbrüche" in bestimmten WU's getestet.

5.72

Mit dieser Version erfolgte eine Korrektur eines Energieterms der Rosetta-Energie-Funktion, welche die Unterscheidung der Ausgangsstruktur verbessert. AuÃ?erdem wurde ein kleiner Fehler behoben, der den "relax" Vorgang der WU's verlangsamte. Weiter beinhaltet die Version einige Features für den RNA-Modus, was den Dateitransfer dieser WU's um einiges reduzieren sollte. Desweiteren wird eine neue hochauflösende Energie-Funktion für die RNA getestet.

5.70

Die neue Version enthält einige Fehlerbehebungen für die RNA-Faltung, das symmetrische Falten und den Andock-Modus. Es wird auch versucht, die umherspringende RMSD-Bewegung (in der Grafik rechts) zu beheben, dies gelingt jedoch noch nicht perfekt. Nun können auch Proteinkomplexe mit anderen Symmetrien als zuvor modelliert werden.

Desweiteren können jetzt auch WU's mit älteren Applikationsversionen (5.68) verschickt werden. Der Vorteil besteht darin, dass die ältere Version stabiler ist und daher besser für Langzeitexperimente benutzt werden kann, wie z.B. sehr seltene Niedrig-Energie-Konstellationen mit hunderttausenden WU's über mehrere Monate. Die neue Version enthält Fehlerbereinigungen und neue Funktionen. Die Bezeichnung lautet "rosetta_beta_5.70".

5.68

Diese Version erlaubt es dem Forscherteam, Zerlegungen von groÃ?en symmetrischen Proteinen in AtomgröÃ?e vorzunehmen, bei denen nur Subsysteme sumuliert werden. Ein Fehler im RNA-Modus wurde behoben. Das wird eine neue Art von RNA-Simulation mit übereinander liegenden Basenpaaren erlauben.

5.67

Durch folgende Erweiterungen ist eine bessere Kontrolle der RNA-Energiefunktion möglich: Es können nun Zusatzspezifikationen eingesetzt werden (z.B. Erkenntnisse aus Experimenten) um festzulegen welche Teile einer RNA, wie behandelt werden sollen (beispielsweise welche Teile herausgestellt werden sollen). AuÃ?erdem lassen sich nun sehr groÃ?e symetrische Systeme untersuchen (z.B. Viren), wobei wirklich nur ein Untersystem modelliert wird, mit dem auf die Energie geschlossen und das gesamte System gefaltet wird.

5.64

Es wurde ein Problem mit älteren PowerPc Mac's, welches durch eine Ã?nderung in den BOINC-Bibliotheken auftrat, behoben und Checkpointing für den "fold and dock" Modus eingeführt. Zudem sind nun gröÃ?ere Bewegungen während der symmetrischen Verfeinerung der Proteinkomplexe möglich. Weiterhin ist die Möglichkeit neuer Durchläufe mit den Informationen aus älteren, durch "stören" der Energiefunktion mittels "barcode", verbessert worden. Diese Version beinhaltet 64bit Applikationen für Windows und Linux (es handelt sich hierbei um Kopien der 32bit Applikation).

5.62

Es gibt WUs, bei denen es notwendig ist, dass der Client bei der Suche stoppt und an einer anderen Stelle weitermacht. Für diese WUs wurde das Checkpointing eingebunden. Die Fortschrittsanzeige wurde soweit verbessert, als dass die Anzeige nicht mehr auf Null zurückgeht im Fall, dass ein Checkpoint erstellt oder ein Modell fertig gerechnet wurde. Des weiteren wurden einige wenige Verbesserungen an der Anwendung vorgenommen, die den wissenschaftlichen Teil betreffen.

5.59

Probleme mit MAC-Computern wurden dank der Hilfe der MAC-Nutzer und dem Einsatz des Rosetta-Versuchsprojekts Ralph@Home behoben. Die Fortschrittsanzeige in Prozent steigt alle fünf Minuten während der Berechnung. In den meisten Fällen ist diese Anzeige korrekt. Sollte die Applikation jedoch erkennen, dass das Ergebnis viel versprechend ist, rechnet die Rosetta Applikation weiter, weshalb die gewünschte in BOINC voreingestellte Laufzeit überschritten wird. AuÃ?erdem wird die Fortschrittsanzeige nur sehr langsam aktualisiert und verharrt etwa bei 10 Minuten errechnete Endzeit. Die geschätzte Zeit bis zum Ende stimmt gelegentlich zu Beginn der Berechnung nicht. Dies ist kein Grund zur Besorgnis. Eine genauere Energiefunktion für die RNA-Berechnungen wurde implementiert. Ein neuer Modus wurde in Rosetta eingebaut, der das Falten und Andocken von zwei symmetrischen Ketten simultan zu simulieren ermöglicht.

5.54

Zuvor versuchte der Client bei der RNA-WU-Berechnung alle 30 Strukturen zu berechnen. Dies wurde nun abhängig von den CPU-Laufzeit Einstellungen gemacht. Die Laufzeit sollte gewöhnlich 4 Stunden betragen. AuÃ?erdem wurden Grafikfehler behoben.

5.51

Ein neuer Modus zur RNA Vorhersage wurde implementiert.

5.48

Ein spezielles symmetrisches Docking-Protokoll wurde implementiert. AuÃ?erdem wurde der "Watchdog" weiter verbessert.

5.46

Das Problem, dass der Watchdog oft die Docking WUs beendet wurde behoben.

5.45

Der Grafikfehler wurde behoben. Einige neue Rosetta Anwendungen wie eine Vorabversion des Protein Entwurfs Protokolls und eine spezielle Docking Anwendung, welche symmetrische Oligomere behandelt, wurden hinzugefügt.

5.43

Die Grafik wurde vereinfacht, da einige Nutzer in diesem Zusammenhang von Abbrüchen berichtet hatte. Die Darstellung der Seitenketten und das Drehen der Modelle mit der Maus wurde ausgeschaltet. Diese Funktionen werden aber bald wieder zur Verfügung stehen.

5.41

Fehlerbehebungen im Zusammenhang mit BOINC und einige wissenschaftliche Fehlerbereinigungen für die Berechnung von CAPRI-Workunits.

5.40

Eine neue Simulation, die die Struktur von Amyloid-Fasern vorhersagt wurde implementiert.

5.36

Die WUs mit veränderlicher Bondgeometrie waren in der vorhergehenden Version sehr langsam und führten zu ungleichen Credits. Diese sind jetzt wesentlich schneller. Weitere Verbesserungen erlauben es genauer die Energiefunktionen zu prüfen. Auch die Grafik wude verbessert. SchlieÃ?lich wird ein neues Ausgabe Format ausprobiert, das es ermöglicht, Resultate für entworfene Proteine (z.B., für HIV Impfstoffe) komprimiert zurückzuschicken.

5.34

Mehr Flexibilität und genauere Energiefunktionen.

5.32

Während der Simulation werden jetzt auch die Seitenketten angezeigt. Ein neue Art der Strukturvorhersage, das Protein-Protein-Docking, wurde hinzugefügt.

5.25

Es gab einige Probleme mit Clients, die Rosetta gestoppt haben und vom Checkpoint wieder angefangen haben. Diese haben immer wieder von diesem Checkpoint angefangen auch wenn die WU fertig gerechnet wurde. Mit dieser Version sollten diese Probleme behoben sein.

5.24

  • Der Zeichenbestand für erweiterte Fehlerinformationen war nicht richtig aktiviert. Dieses sollte nun behoben sein.
  • Zuvor berechnete Vorhersagen können nun dazu benutzt werden um die Suche zu leiten.
  • Von nun an können wir vordefinierte Bereiche der Proteinkette in eine ganze Struktur montieren.

5.22

  • Wir haben einen Zeichenbestand für erweiterte Fehlerinformationen eingebaut. Wir bekommen diese Informationen allerdings nur in Verbindung mit der aktuellen BOINC-Version 5.4.9 zurückgemeldet. Bitte aktualisieren Sie auf die aktuelle BOINC-Version, da dies zukünftig unser wichtigstes Instrument zur Fehlerbeseitigung sein wird.
  • Anwendungen, die die entsprechenden Bibliotheken zur Grafikanzeige nicht finden können, zeigen jetzt keine Grafiken an. Hoffentlich hilft das seltene Fehler in Verbindung mit der Grafikanzeige zu mindern.
  • Wir haben die übertrieben detaillierten Informationen, die in die Datei stdout.txt geschrieben wurden entfernt, da dies bei bestimmten WUs zu hohem Festplattenverbrauch führte (und teilweise sogar in fehlerhaften Arbeitspaketen resultierte).
  • Wir haben einige Grafikprobleme behoben, wie z.B. fiktive akzeptierte Energielevel und alle Proteindarstellungen zentriert.
  • Wir haben einige Verbesserungen vorgenommen, wie die einzelnen Prozesse am Ende der WU beendet werden (z.B. die Rosetta-Software, die Grafiken und der Wächterprozess). Wir erwarten eine Fehlerreduzierung durch diese MaÃ?nahmen.
  • Eine Version für Intel-Macs wurde veröffentlicht!

5.16

  • Wie in Version 5.12 wurde der Speicherverbrauch von Rosetta@home weiter minimiert. Dieser soll in den nächsten Versionen noch weiter eingeschränkt werden.
  • Es wird nun eine neue Methode ausprobiert. Einige WUs benutzen am Anfang der Simulation Informationen über die Sequenz und die Struktur homologer Proteine und kehren dann gegen Ende der Simulation ("Verbesserungs-Phase") zum eigentlichen Zielprotein zurück. Diese WUs scheint einen ausgeprägten Speicherbedarf zu besitzen und werden daher vorerst nur an PCs versendet, deren Arbeitsspeicher gröÃ?er als ein Gigabyte ist.
  • Eine weitere wissenschaftliche Neuerung wurde für das Ende der Simulation eingebaut. Nun wird Rosetta die eigene Faltung mit dutzenden anderen Vorhersagen vergleichen, die andere Algorithmen benutzen. Diese anderen Vorhersagen werden komprimiert mit der WU an den Client gesendet. Wenn eine Übereinstimmung der Proteinvorhersage mit anderen Algorithmen beobachtet wird, ist das ein gutes Zeichen, dass die Vorhersage richtig ist.

5.13

Rosetta 5.13 hat den gleichen Rosetta-Code wie Version 5.12. Es wurden einige Fehler im BOINC-Code entfernt, die auf einigen Windows-Rechnern zu einer verlangsamten Berechnung führten. Weitere Informationen über diesen Fehler können in diesem Thread eingeholt werden.

5.12

  • Die Grafiken von groÃ?en Proteinen wurden zentriert und in der GröÃ?e angepasst, damit sie wieder im dazugehörigen Fenster bleiben.
  • Von nun an können Beschreibungen zur WU im Grafikfenster angezeigt werden. Die Beschreibungen werden allerdings nicht für noch in der Warteschlange befindliche WUs zu sehen sein. Für neue WUs werden die Beschreibungen nach und nach hinzugefügt.
  • Es wurden einige wissenschaftliche Verbesserungen vorgenommen. Nun können zwei verschiedene Methoden kombiniert werden.
  • Es wird z.Zt. versucht, den Speicherbedarf von Rosetta@home zu minimieren. Im Vergleich zu Version 5.07 ist der Speicherbedarf schon verringert worden, in den folgenden Versionen soll weiter daran gearbeitet werden.
  • Einige User haben Geschwindigkeitseinschränkungen bei anderen Programmen wie dem Windows Media Player bemerkt während sie Rosetta@home haben laufen lassen. Falls jemand etwas Ã?hnliches beobachtet hat, möge er sich bitte in diesem Thread melden, damit das Problem gelöst werden kann.

5.07

Mit dieser Version wurde ein kleinerer Fehler behoben. Es gab Probleme mit der voreingestellten Rechenzeit für die WUs. Weitere Informationen findet man in diesem Thread.

5.06

  • Mehr Checkpoints: Rosetta speichert nun öfters Zwischenergebnisse ab. Falls BOINC beendet oder neugestartet wird muss die Berechnung nun nicht mehr von vorne beginnen, Rosetta rechnet einfach beim letzten Checkpoint weiter.
  • "Watchdog timer": Der sog. "Watchdog timer" bricht WUs jetzt ab, die scheinbar in der Berechnung steckengeblieben sind (d.h. keinen Fortschritt innerhalb einer Stunde gezeigt haben) oder die die voreingestellte Zeit für eine WU um das vierfache überschritten haben.
  • "Jumping": Es wurde ein neues Simulationsverfahren implementiert, das bessere Ergebnisse für komplexere Proteine produziert.

5.01

  • Es wurde zum Test eine Faltungsmethode implementiert, welche Teile des Rückgrats zusammenheftet und dann irgendwo auseinander schneidet. Diese Methode wird "Jumping" genannt.
  • Die Anwendung schlieÃ?t sich jetzt automatisch, falls nach 5 Neustarts immer noch kein Fortschritt erkennbar ist. Diese MaÃ?nahme soll verhindern, dass Clients immer wieder an schweren WUs scheitern.

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