RNA World/FAQ/nl

Languages

•    •

Wat zijn de doelen van RNA World, simpel gezegd, en wat levert het mij op eraan deel te nemen?

RNA World wordt ingezet voor het onderzoek van het RNA, het is het eerste project, gebaseerd op â??gedeeldâ?? rekenenâ??, dat op dit gebied wordt uitgevoerd. Als men bedenkt, waarvoor onlangs de Nobelprijzen voor chemie of voor medicijnen ( voor b.v. Telomerase, Ribosomen: het gaat hierbij um RNA mechanismen; of eerder voor RNA interference/miRNAâ??s: een kleiner RNA dat de ontwikkeling van een cel reguleert en in direct verband staat met kanker) toegekend werden, dan kan vastgesteld worden dat het onderzoek naar RNA erg belangrijk is. Misschien heeft u zelf al eens antibiotica moeten gebruiken om uw immuunsysteem bij een bacteriële infectie te ondersteunen. Gewoonlijk verbinden die antibiotica zich met de componenten van de bacteriële ribosomen en verhinderen daardoor de biosynthese van de proteïnen. De op die manier in hun groei belemmerde bacteriën kunnen zich ternauwernood of helemaal niet meer vermenigvuldigen, wat het de lichaamseigen macrofagen mogelijk maakt om de invasie te stoppen. Andere delen van de bacteriële RNA maken het mogelijk aansluiting te vinden aan menselijke cellen, resp. daarin binnen te dringen. Natuurlijk staan er nog veel meer aspecten in samenhang met de op RNA gebaseerde celprocessen in de belangstelling van de onderzoeker, zoals b.v. de vraag of micro-organismen misschien een primitieve vorm van een CRISPR-immuunsysteem hebben of niet. Wat makkelijk vast te stellen is, is dat de identificatie van niet-proteïne-gecodeerde RNA sequenties de kennisbasis is voor een breed spectrum aan problemen en vraagstelingen. Deze informatie kan ev.t gebruikt worden om nieuwe medicamenten tegen ziekten te ontwikkelen. Verdere informatie m.b.t. dit project kunt u vinden in de Projectbeschrijving.

Welke toepassingen worden momenteel door RNA World ondersteund?

Type	Toepassing	Doel
INFERNAL 1.0.2	CMBUILD, CMCALIBRATE, CMSEARCH	RNA Kovarianzenanalyse
InReAlyzer 1.0		Maken van grafieken met een groot oplossend vermogen, vanuit de resultaten van INFERNAL (in-house development)

Welke types werkgroepen zijn er?

Momenteel zijn er vier verschillen WU-types, die gebaseerd zijn op (1) CMBUILD, (2) CMCALIBRATE, (3) CMSEARCH en (4) InReAlyzer. CMBUILD werkgroepen ontwerpen een RNA-Kovarianzen-model, bestaande uit RNA sequenties, die tot dezelfde klassen RNA behoren. CMCALIBRATE werkgroepen calibreren het zodoende opgestelde model om de waarschijnlijkheid te onderzoeken dat een als bijbehorend RNA geïdentificeerd RNA ook werkelijk tot deze groep van de RNA-klasse telt. De CMSEARCH toepassing gebruikt deze resultaten om in verschillende organisme naar het voorkomen van deze specifieke RNA-klasse te zoeken. De werkgroepen van de InReAlyzers moeten het mogelijk maken om de nogal kryptische uitkomsten van de CMS-werkgroepen te converteren naar PNG-grafieken met een groot oplossend vermogen om ook een optische test mogelijk te maken, of het daadwerkelijk gaa om deze RNA-klasse.

Ondersteunt RNA World GPU/CUDA/STREAM ?

Op dit moment kunnen deRNA toepassingen niet van GPU profiteren. We proberen wel desbetreffende toepassingen te ontwikkelen, die dat kunnen, deze zullen we de gebruikers zodra ze werken zoals gewenst, ter beschikking stellen.

Ondersteunt RNA Wolrd â??checkpointingâ? ?

Bij RNA World gaat het om een universele infrastructuur, waarin de voor RNA relevante bio-informaticaâ??toolsâ?? geïntegreerd worden. Deze meest uitgesproken rekenintensieve toepassingen zijn oorspronkelijk noch daarop berekend â??checkpointingâ? te ondersteunen, noch daarvoor ontwikkeld om in een â??distributed computingâ?? omgeving ingezet te worden. Traditionele â??checkpointingâ? moet echter van meet af aan in het wetenschappelijke programma geïntegreerd zijn, want â??checkpointingâ? betekent niets anders dan dat tussenstanden van de berekeningen in intervallen op de harde schijf vastgelegd worden. MAAR: het RNA World ontwikkelingsteam werkt aan het vinden van een nieuwe, universele manier om de voortgang in de berekeningen op te slaan. De methodes, waaraan gedacht wordt, zijn of gebaseerd op het principe dat de actuele situatie van het relevante werk van tijd tot tijd op de harde schijf opgeslagen wordt of hebben tot doel RNA World gestandaardiseerd in een virtuele machine (VM) te laten lopen. Voor de eerste aanzet tot een oplossing hebben we al een functionerende code voor 32-Bit Linuxsystemen geïntegreerd, die echter als voorwaarde stelt dat in het â??Kernelâ? van de deelnemer het â??memory randomizationâ? uitgeschakeld is. Voor de tweede aanzet zijn we gestart met een hoopvolle samenwerking met CERN ( Conseil Européen pour la Recherche Nucléaire).

Hoeveel opslagcapaciteit is nodig voor het werken met RNA World?

Type	Toepassing	RAM-behoefte
INFERNAL 1.0.2	CMCALIBRATE	tot 2,5 GB RAM, normaal gesproken minder dan 600 MB RAM
	CMSEARCH	tot1 GB RAM,normaal gesproken minder dan 100 MB RAM
InReAlyzer 1.0		Minder dan 50 MB RAM

N.B. Op Mehrkern-machines kan het voorkomen dat RNA World alle ter beschikking staande kernen simultaan gebruikt. Zo lang we de op open MPI gebaseerde Multi-Thread Modus niet gebruiken, betekent dit dat de behoefte aan RAM voor de succesvolle verwerking van alle werkpakketten opgeteld wordt.

Hoe lang zijn de kenmerkende â??looptijdenâ?? van RNA World werkpakketten op een IntelP8600CoreDuo2,4GHz machine onder Ubuntu Linus x 64?

Type	Toepassing	Looptijd
INFERNAL 1.0.2	CMCALIBRATE	20 minuten tot 10 dagen, gewoonlijk een dag
	CMSEARCH	een paar minuten tot 100 uur, gewoonlijk een paar uur
InReAlyzer 1.0		een paar seconden tot 5 uur, gewoonlijk een paar minuten

Ondersteunt RNA World â??multithreaded (MT) applicaties ?

RNA World ondersteunt alles wat door de wetenschappelijke applicaties ondersteund wordt. Inzake INFERNAL worden â??multithreaded applicationsâ? keurig ondersteund op basis van OpenMI. Hoewel MT applicaties goed werken in een locale computeromgeving onder Linux, mislukt de validering van resultaten die geboekt zijn in een â??verdeeldeâ?? computeromgeving die MT applicaties gebruiken in een aantal gevallen om onbekende redenen, hoewel technisch gesproken de MT applicatie prima werken. We hebben tot nu toe de oorzaak van dit inconsistente gedrag niet kunnen identificeren, maar INFERNAL gebruikt het totaal van de cijfermodus dat gekoppeld is aan de processortijd waarop de afzonderlijke â??threads: gestart zijn. Daaruit volgt dat , in een verschillende ( gedeeld) systeem, de â??randomâ??cijfers en dus ook de resultaten verschillen, hoewel de verschillen slechts minimaal zijn. Als de â??random cijfer generatorâ?? gevoed wordt met een vaste waarde, worden onderwerpen grotendeels opgelost, niet geheel en dat is een probleem voor de op BOINC gebaseerde WU validering. Het RNA World team overlegt momenteel met de ontwerpers van INFERNAL om dit onderwerp om â??gedeeldeâ?? MT applicaties volledig mogelijk te maken op te lossen.

Wat is een â??multithreadede (MT) applicatieâ??

Een â??multithreaded applicatieâ? maakt gebruik van de meervoudige CPU-kernen in moderne machines om een single RNA World werkstation gestalte te geven. Onze metingen voor het â??lopenâ?? van CMCALIBRATE in een Linux-omgeving toonden aan dat een werkstation met vier â??kernenâ?? zelfs minder dan een vierde van de computertijd die nodig was voor â??singlethreadedâ? computerwerk op hetzelfde station nodig bleek te hebben. Dit toont aan dat CMCALIBRATE in MT modus prima de tijd bekort.

Gaan de onderzoeken van RNA World op enig moment leiden tot medicamenten?

Hoewel niemand dit met zekerheid kan voorspellen, lijkt het meer dan waarschijnlijk dat de door RNA World gegenereerde resultaten bij zullen dragen aan de ontwikkeling van medicamenten.

Welke potentiële toepassingsdomeinen zijn er?

RNAâ??s zoals proteïnen zijn macromoleculen met een gedefinieerde structuur die vitale cellulaire taken dienen. Dientengevolge is de structurele kennis van RNAâ??s van gelijk belang voor de ontwikkeling van medicijnen als van die van de proteïnen. Wat wij kennen als antibiotica zijn eigenlijk kleine moleculaire medicijnen die vooral RNAcomponenten van bacteriële ribosomen â??aanvallen â??. Dit illustreert mooi hoe belangrijk RNAâ?s zijn en welke enorme potentie zij vertegenwoordigen in de context van de ontwikkeling van medicijnen. Echter, voordat we de RNAstructuren kunnen toepassen om medicijnen te ontwikkelen, moeten we eerst identificeren welke RNAâ??s er zijn waar ze precies gelokaliseeerd zijn in het â??genomâ?? van welk organisme dan ook. Dit proberen we op dit moment â?? allesomvattend- te bereiken door het gebruik van de RNA World supercomputer.

Worden de resultaten gepubliceerd en zo ja, onder welke licentie?

Alle resultaten van RNA World zullen gepubliceerd worden in natuurwetenschappelijke tijdschriften, die voldoen aan een hoge, gecontroleerde kwaliteitsstandaard, bij voorkeur in die tijdschriften die voldoen aan een toegankelijkheid voor het grote publiek.

Worden de werkonderdelen geautomatiseerd of handmatig gemaakt?

Op BOINC gebaseerde werkonderdelen worden altijd op een volledig geautomatiseerde wijze gegenereerd door â??operator-supplied input filesâ??. RNA World steunt op dit moment op â??operator-curated input archivesâ?? die automatisch door de RNA server verwerkt worden om duizenden werkonderdelen per â??archiveâ?? op te leveren. â??Archivesâ?? kunnen zodanig in een â??on holdâ?? rij geplaatst worden dat als de server langzaam werkt op werkonderdelen, hij nieuwe kan produceren vanuit deze voorrrad.

We werken momenteel aan de zodanige implementatie van gebruikers interfaces dat, onder strikte veiligheidsvoorschriften, onderzoekers de RNA World supercomputer voor hun eigen projectfiles kunnen gebruiken. We hebben geen plannen om â??batch job processingâ?? toe te staan vanwege veiligheidsredenen en de gebruikers zullen zich moeten registreren en een digitaal certificaat voor een duidelijke identificatie moeten gebruiken.

Er zijn ook plannen om werkonderdelen volledig geautomatiseerd af te leiden uit het scannen van voor RNA relevante databases op nieuwe sequenties die geanalyseerd kunnen worden.

Is een continue aanvoer van werk gewaarborgd?

Ons streven is om RNA World continu aan te vullen met meer en meer voor RNA relevante bio-informatica-tools. Bovendien neemt het aantal databases met voor RNA relevante informatie, die om analyse door RNA World vraagt, dagelijks toe. Om deze twee gegevenheden te kunnen verwerken, verwachten we dat RNA World steeds meer computercapaciteit zal hebben en dus dat er niet verwacht kan worden dat er spoedig een gebrek aan werk zal ontstaan. Hoe dan ook, we werken met computers op basis van een individueel project en we proberen databases te bouwen, die â??pre-computerâ?? resultaten bevatten om potentiële RNA â??kandidaat-erffactorenâ?? in welk organisme dan ook te catalogiseren. Als ooit de doelen bereikt zijn, zullen we natuurlijk stoppen met het sturen van werk, totdat we nieuwe projecten op stapel hebben. Dat zal tijdig op de RNA World website aangekondigd worden om te voorkomen dat machines â??leegâ?? lopen.

Zijn de werkonderdelen voor de verschillende bedrijfssystemen identiek?

RNA World levert werkonderdelen die gebaseerd zijn op beschikbare applicaties. Als een RNA World-applicatie beschikbaar is voor meer dan een systeem dan zijn de werkonderdelen gewoonlijk identiek. Dit, echter, betekent zeker niet dat identieke werkonderdelen even snel werken op computersystemen met dezelfde hardware maar verschillende â??operatingâ?? systemen. De reden daarvoor, naast andere, is het verschil in gezamenlijke prestatie.

Zijn er certificaten voor verricht werk?

Ja.

Hoe kan ik verhinderen dat ik bij â??non-checkpointedâ?RNA World toepassingen het gedane werk kwijt ben, als ik mijn machine moet uitschakelen?

Als u RNA World laat â??draaienâ?? op een laptop of u heeft een meervoudig â??operatingâ?? systeem geïnstalleerd, zal het van tijd noodzakelijk zijn om de machine uit te schakelen. De huidige RNA World sub-applicaties INFERNAL en InReAlyzer ondersteunen geen â??checkpointingâ??, dus zou uw werk verloren gaan als u de machine op de normale manier afsluit. Om het verlies van het werk te voorkomen moet de machine in de â??sleep modusâ?? gezet worden. Onder deze voorwaarde zal het gehele RAM weggeschreven worden naar de harde schijf en bij een â??system rebootâ?? zal uw werk weer zodanig in het geheugen geladen worden dat RNA World zelfs kan doorgaan met rekenen waar het gestopt was.

Welke bedrijfmatige systemen (32/64-bit) worden door RNA World ondersteund?

Gezien het feit dat RNA World een â??frameworkâ?? is bestaande uit vele verschillende bio-informatica toepassingen, zal de ondersteuning van â??operatingâ?? systemen altijd afhangen van de individuele applicatie. Als zijn broncode beschikbaar is, zal het RNA World ontwikkelingsteam zijn best doen om het beschikbaar te maken voor zoveel mogelijk â??operatingâ?? systemen, i.c. Linux, Windows en OSX op zijn minst. Bovendien zal er voor gezorgd worden dat 32- bit, alsook 64-bit versies en speciale geassembleerde codes ( SSE, SSE2 enz..) in zover mogelijk ondersteund worden.

Wat zijn de kosten voor deelname aan RNA World?

Geen, uitgezonderd die voor uw eigen elektriciteit, netwerk en onderhoudskosten voor de hardware.

Zijn er privileges die alleen ter beschikking staan voor leden van Rechenkraft.net?

Om reden van eerlijkheid, nee.

Komen er aanpassingen van talen op de website?

Ja, een overzicht van de reeds beschikbare talen vindt u hier: [1]

Komen er geoptimaliseerde CPU-toepassingen (SSE, SSE2, enz.)?

Die zijn al geïmplementeerd; het pakket dat u in het begin downloadt bevat een programa dat checkt welk type applicatie voor uw machine optimaal is ( x86/x64; diverse SSEversies).

Kan men bepaalde toepassingen/deelprojecten uitsluiten?

Ja. U kunt zelf beslissen welke RNA Wordl sub-applicaties u in uw RNA World project wilt ondersteunen en welke niet. In feite, als u een oudere machine hebt, wordt er aanbevolen b.v. om CMCALIBRATE uit te sluiten als werkonderdeel omdat dit programma een forse hoeveelheid RAM vraagt en dikwijls veel tijd vergt.

Kan men kiezen om deel te nehmen aan Alpha/Beta-tests per profiel?

Ja.

Kan ik als wetenschapper onderzoeksvragen op de RNA World supercomputer laten berekenen?

Hopelijk spoedig. We werken net aan browsergestuurde onderdelen voor elke afzonderlijke RNA World toepassing. Er zal echter voor het gebruik ervan registratie en een digitaal certificaat nodig zijn, d.w.z. u zult zich om veiligheidsredenenen als individu in ons systeem duidelijk kenbaar moeten maken om van deze mogelijkheden gebruik te maken.

Op welke systemen gaat het project in de toekomst eventueel nog draaien (Solaris, Mac, PS3, enz.)?

Op dit moment ondersteunen we Linux, Windows en Mac, waar mogelijk. PS3 zal waarschijnlijk niet ondersteund gaan worden vanwege zijn kleine RAM capaciteit hoewel het mogelijk zou kunnen zijn om het voor andere applicaties te gebruiken in de toekomst, die we echter op dit moment nog niet geïmplementeerd hebben. Als we er in slagen om een virtuele toegang tot de machine tot stand te brengen, hoe dan ook, zou het mogelijk kunnen zijn zelfs een aantal additionele systemen te ondersteunen.

Is BOINC, resp. de toepassingen veilig, i.c. getest op virussen e.d. ?

Ja. Zowel BOINC als alle RNA World applicaties zijn â??open sourceâ?? d.w.z. iedereen die geïnteresseerd is kan ze testen. De RNA World applicaties zijn samengesteld met ook voor thuisgebruik in gebruik zijnde â??toolsâ??, die op grote schaal ook toegepast worden in het publieke domein, b.v. in gebruik om de â??codeâ?? van het merendeel van de hedendaagse webservers te produceren. Dus, als die â??verkeerdâ?? zouden zijn, hadden we al te maken met een veel groter probleem.

Hoeveel ruimte heb ik op de harde schijf nodig om aan RNA World deel te kunnen nemen?

De hoeveelheid benodigde ruimte op de schijf hangt af van het type werkonderdeel dat u toegewezen gekregen hebt. Op dit moment vragen de RNA World â??kernfilesâ?? ongeveer 25 MB ruimte op de harde schijf. CMBUILD en CMCALIBRATE werkonderdelen zullen niet meer dan ongeveer 10 MB nodig hebben, terwijl CMSEARCH werkonderdelen maximaal 300 MB zullen gebruiken, meestal tussen 2 en 20 MB. De benodigde harde schijfruimte voor InReAlyzer kan niet betrouwbaar voorspeld worden vanwege de hoeveelheid â??imagesâ?? die als output door CMSEARCH gegenereerd wordt. Hoe dan ook, we verwachten niet dat InReAlyzer meer dan 1- 100 MB vraagt. Denk eraan dat de hoeveelheid benodigde schijfruimte de uitkomst is van de som van werkonderdelen die gedwonload zijn plus de RNA World â??core filesâ??. Op dit moment kunnen er maximaal tien werkonderdelen per CPU-core gedownload worden. Hou in de gaten dat u handmatig of via de locale BOINC-manager of op de RNA World website de hoeveelheid maximale schijfruimte die RNA World mag gebruiken kunt specificeren.

Hoe groot is het netwerkverkeer ( Down/Up)?

Alle files worden in gecomprimeerd format omgezeten de meeste files bevatten eenvoudige ASCII data, zodat de compressieverhouding rond de 30% ligt d.w.z de originele omvang van de file wordt tot 30% van de oorspronkelijke grootte gereduceerd. In het algemeen zijn de werkonderdelen van CMBUILD en CMCALIBRATE de kleinste en vragen minder dan 1 MB ( gewoonlijk zelfs minder dan 100 KB) dataverkeer. CSMSEARCH werkonderdelen zullen wat meer download-verkeer veroorzaken afhankelijk van de omvang van het â??genoomâ?? dat geanalyseerd gaat worden: huidige limiet: met een maximum van 512 MB voor een van de chromosomen van een opossum ( niet gecomprimeerde file omvang) zou 150 MB verzonden moeten worden ( gecomprimeerde omvang van de file) voor een CMSEARCH werkonderdeel plus een paar kB voor additionele controlefiles. Natuurlijk bevat het â??upload-verkeerâ?? alleen de file met het resultaat en niet het â?? genoomâ?? dat onderzocht werd op de aanwezigheid van RNA en zal dus veel en veel geringer zijn. Normaal verkeer: een typisch bacterieel â??genoomâ?? zoals b.v. de E.coli is ongeveer 4,6 MB (ongecomprimeerd) van omvang. Daarvan zal 1,3 MB (gecomprimeerd) aan data plus de controlefiles ( maar een paar kB) overgebracht worden. Lage limiet: veel virale â??genomenâ?? evenals â??plasmidâ?? sequenties hebben minder dan 10 kB aan data in het ongecomprimeerde format. Hoe dan ook, let erop dat kleine CMSEARCH werkonderdelen snel klaar zullen zijn zodat uw machine steeds weer nieuwe data zal vragen, afhankelijk van de prestaties van uw systeem.

Kan RNA World ook werken zonder continue verbinding met internet?

Op dit moment niet, omdat we niet toestaan om grote hoeveelheden pakketten werkonderdelen op te slaan omdat we om een snelle â??roulatieâ?? vragen. In het geval van CMCALIBRATE werkonderdelen is dat makkelijk te begrijpen, immers de resultaten hiervan vormen de basis voor alle subsequente CMSEARCH werkonderdelen. In het algemeen zijn de resultaten van CMBUILD de basis voor CMCALIBRATE berekeningen en CMCALIBRATE resultaten zijn nodig als input voor CMSEARCH. De output van CMSEARCH dient op zijn beurt weer als input voor InReAlyzer. Hoe dan ook, omdat we van plan zijn in de toekomst om een set van additionele applicaties toe te voegen die in deze onderlinge afhankelijkheid ontbreken, ligt het voor de hand dat bepaalde types werkonderdelen in de toekomst offline-computation zullen mogelijk maken.

Wat zijn de minimale CPU-voorwaarden om aan RNA World deel te nemen?

Met betrekking tot CPU kunnen zelfs processoren zonder SSE deelnemen, zoals b.v. de Intel Pentium II ( of zelfs nog oudere), omdat we voor bijna alle CPUâ??s de gebruikte toepassingen gecompileerd hebben en klaar hebben voor gebruik. Men moet echter in elk geval wel letten op de gemiddelde doorlooptijden, de downloadtijd en de opslageisen van enkele werkpakketten zoals die elders in deze FAQ zijn beschreven.

Wat zijn de voorwaarden, te stellen aan het netwerk, voor deelname aan RNA World?

Op dit moment raden we aan alleen die machines te laten deelnemen die 24 uur per dag een internetverbinding hebben.

Biedt RNA World een functie aan waarmee het beeldscherm ontzien wordt?

Ja.

Volgens de â??statussiteâ?? van de server zou er nog werk moeten zijn, in mijn instellingen is ook de bijbehorende toepassing geactiveerd- waarom laadt mijn machine toch geen werkpakketten?

Door de instelling â??homogenous redundancyâ?? van de serversite is er mogelijk nog werk, dat echter b.v. al naar een Linus x64 machine gestuurd is en nu ter validatie alleen nog aan systemem geleverd kan worden die hetzelfde bedijfssysteem en hetzelfde CPU-type gebruiken.

Ik kwam thuis en mijn computer was zowat bezaaid met een veelvoud van geopende RNA World vensters die het beeldscherm ontzien- wat is er aan de hand?

De exacte oorzaak van dit (zelden optredende) probleem is tot nog toe onduidelijk. Feit is dat onze huidige beeldschermbeschermer om redenen van simpelheid van Adobe Flashplayer gebruik maakt. Gevolg daarvan is dat het door u beschreven probleem alleen kan optreden op machines, waarop Flash Player geïnstalleerd is ( op alle andere machines zou de beeldschermbeschermer niet functioneren). Om het probleem op te lossen, zult u de nieuwste versie van Flash Player installeren of FalshPlayer compleet de-installeren ( hou svp in de gaten dat de de-installatie tot gevolg heeft dat veel sites die Flash gebruiken de van Flash afhankelijke inhouden niet meer correct weergeven).

Het lijkt erop dat de website van RNA World alleen in het Engels ter beschikking staat?

Nee, u kunt uw taalinstellingen individueel aanpassen. De foruminstellingen kunnen b.v. hier aangepast worden. BOINC-sites kunnen hier naar het Duits omgezet worden ( wat alleen nodig is, als het niet werkt met de automatische herkenning van de browsertaal). Sinds 18 januari 2010 ondersteunt RNA World overigens ook het â??BOINC-translation-system (BTS)â??.

Wat precies betekent de mededeling â??redundant resultâ??

Kort een paar woorden over de begrippen in BOINC. Een werkeenheid is een taak, waarvoor we uiteindelijk een uitslag berekend willen hebben. In tegenstelling daartoe is een â??resultatenâ?? een collectief begrip voor de zaken, die daarna aan de gebruiker gestuurd worden. Als er genoeg â??resultatenâ?? (quorum) succesvol waren en gevalideerd zijn, dan is de werkeenheid gereed. Bij de RNA World applicatie CMSEARCH worden b.v. drie â??resultatenâ?? per week gegenereerd en daarna verstuurd. Als twee ervan (quorum) succesvol teruggestuurd en gevalideerd zijn, is de werkeenheid gereed en het derde â??resultaatâ?? is eigenlijk niet m,eer nodig, d.w.z. is â??redundantâ?? ( redundant result). Dit derde â??resultaatâ?? wordt (1) niet meer verstuurd, als het nog niet verstuurd werd (2) afgebroken (redundant result), als het weliswaar verstuurd werd, maar de machine van de klant nog niet begonnen was met rekenen of (3) berekend, voor zover de klant al begonnen was met de berekening. We produceren meer â??resultatenâ?? per werkeenheid als we voor het quorum nodig hebben om sneller uitslagen te krijgen. In het andere geval zou men altijd eerst de â??overdrachtstermijnâ?? moeten afwachten, zodat de server merkt dat er van de klant niets meer komt, waarna dan pas het volgende â??resultaatâ?? verstuurd wordt, dat dan evt. weer opnieuw tot aan het einde van de â??overdrachtstermijnâ?? nodig heeft, tot de server opnieuw merkt dat er niets meer komt.

De aanduiding van de voortgang staat al urenlang op 100%, wat is er aan de hand?

Dit is normaal gedrag in BOINC projecten, met name als u net van een ander project overgegaan bent op RNA World of als de werkonderdelen van een zeker BOINC project zeer uiteenlopend zijn. RNA World werkonderdelen zijn de facto zeer heterogeen in wat hun systemen vereisen. Voor elke computerbewerking loopt er op de server een serie kleine mini-simulaties om de benodigde tijd op de server voor complettering te schatten. Omdat uw machine verschilt van onze server-hardware, zal de informatie gebaseerd op de â??benchmarksâ?? van tijd tot tijd op uw machine ingezet worden om de tijdsduur voor dat werkonderdeel op uw machine te ramen. Dit ramingsproces is goed, maar niet geheel accuraat. Daarom zullen de eerste werkonderdelen dikwijls verschillen v.w.b. de tijd waarin ze afgewerkt worden dan dat de voortgang aangeeft. Maar, met het inbrengen van meer en meer werkonderdelen van dit type in uw systeem zal een â??BOINC-geïntegreerdâ?? calculatiemechanisme deze afwijking steeds beter corrigeren. Dus, na verloop van tijd, zal dit op â??100% blijven hangenâ? steeds minder voorkomen. Hoe dan ook, als de binnenkomende werkonderdelen extreem in type van elkaar verschillen ( zoals vaak het geval is bij RNA World werkonderdelen ook al zijn ze op dezelfde applicatie gebaseerd) kan deze aanpassing opnieuw een inaccurate melding voor deze nieuwe werkonderdelen aangeven en er zal een automatische her-aanpassing plaats vinden. In het slechtste geval kan dit leiden tot de veronderstelling dat het aangeven van de voortgang continu onbetrouwbaar is. U zult moeten werken met het uitgangspunt dat een werkonderdeel langer duurt dan aangegeven en niet concluderen dat er iets mis is met het werkonderdeel of met de hardware.

Waarom maakt RNA World geen gebruik van de standaard BOINC-forums?

De RNA World forums zijn â??multitaligâ?? wat inhoudt dat er meer dan een forum is en deze worden inderdaad gehost op een server, los van de BOINCservers en van de RNA World server. De reden is dat we er zeker van willen zijn dat de communicatie via het forum intact blijft, zelfs als de BOINCservers en de RNA World server buiten gebruik zouden zijn. Het is eigenlijk verbazingwekkend dat verschillende andere DC projecten het niet op dezelfde manier doen als wij. Een klein nadeel is dat u zich op ons forum moet registreren om er gebruik van te maken, maar we hebben het gevoel, dat gezien de voordelen, dit nadeel draaglijk is.

Het lijkt erop dat een RNA Worldpakket met een zeer lange bestandsnaam mijn hele BOINC-systeem blokkeert

Dit is een bekend probleem dat slechts zeer zelden optreedt en samenhant met een tot nog toe niet opgeloste bug in de BOINC-manager. Het komt ook uitsluitend voor op machines die met Windows werken. De bron van de fout is het feit dat Windows maximaal 256 karakters toestaat die gebruikt kunnen worden voor de som van de naam van het â??pathâ?? en de naam van het bestand. RNA gebruikt zeer uitgebreide bestandsnamen d.w.z. dat de gebruiker uit de lange bestandsnamen makkelijk kan aflezen waar er op zijn of haar machine aan gewerkt wordt. We zouden het graag zo willen houden om het â??derde partijâ?? ontwerpers mogelijk te maken om makkelijk programmaâ??s te maken die RNA World kunnen monitoren. Het punt is dat, als er zoâ??n werkonderdeel met een lange bestandsnaam naar uw Windowsmachine gestuurd wordt, het vastloopt in het proces van het downloaden omdat het niet goed weggeschreven kan worden naar uw harde schijf. Met de verwarrende consequentie dat uw BOINC-manager zal stoppen met het downloaden van elk DCproject , waaraan het gekoppeld is. Om het probleem op te lossen zult u de WU uit de BOINC-manager moeten deleten. We hopen dat de ontwerpers van BOINC dit probleem spoedig zullen verhelpen.

Kan de statussite van de site niet vaker geactualiseerd worden?

Natuurlijk zou dat kunnen, maar we zullen dat niet doen, omdat we daardoor belangrijke inzet van de server aan de eigenlijke werkzaamheden voor het project zouden moeten onttrekken in principe allen voor informatiedoeleinden. Iedere actualisering van deze site heeft een omvangrijk beslag op de vraag aan de databank tot gevolg en we actualiseren op dit moment elke tien minuten. Als uw browser iets anders aangeeft, moet uw uw â??cacheâ?? leeg maken.

Ik heb op mijn Debian Etch machine RNA World geïnstalleerd en daarbij een hoop â??compute errorsâ? ontvangen. Dezelfde machine met RedHat verwerkt de WUâ??s zonder problemen. Kan het zijn dat het aan OS ligt?

Ja, dat klopt. Als u een oudere glibc-versie heeft lopen, kijk svp of er een â??upgradeâ??voor uw Linuxdistributie beschikbaar is, die glibc-versie 2.4 gebruikt. Die zal het probleem oplossen.

Hoe kom ik de behoefte aan opslagcapaciteit van de afzonderlijke RNA World WUâ??s te weten?

Onder Windows gaat dat het makkelijkste met behulp van de taakmanager (TM), hoewel die daarvoor wel iets gemanipuleerd moet worden: â??TMâ?? startenâ?? tab voor processen aanklikkenâ??in het menu van de TM op â??afbeeldingâ? klikken â?? kolom kiezen en daar â??opslaanâ? in de checkbox activeren.