Help Defeat Cancer (beendet)
Das Help Defeat Cancer (HDC) war ein Distributed Computing Projekt aus dem Bereich der Krankheitsbekämpfung, welches auf der Infrastruktur von IBMs World Community Grid (WCG) aufsetzte.
Bei diesem Projekt ging es um die Analyse von Transkriptionsprofilen verschiedener Krebsgewebe, um eine automatisierte und damit schnellere und verläßlichere Identifikation von Krebsarten zu ermöglichen. Dies geschah durch die vergleichende (Bild-) Analyse von sogenannten Microarrays. Microarrays sind kleine Chips, auf deren Oberfläche im Idealfall für jede mRNA (Transkript) an einem bestimmten Ort mindestens ein Molekültyp angebracht ist, der diese mRNA spezifisch erkennt. Wenn man nun aus einem (z.B.) menschlichen Zellgewebe die Gesamtheit aller in diesen Zellen produzierten mRNAs isoliert und dieses mRNA-Gemisch mit diesem Chip unter bestimmten Bedingungen in Berührung bringt, so binden die auf seiner Oberfläche befestigten Moleküle ihre jeweilige Ziel-mRNA. Dabei entsteht vereinfacht gesagt ein Lichtsignal, welches mit Hilfe eines speziellen Geräts wahrgenommen werden kann. Die Intensität des Lichtsignals ist dabei proportional zur Menge des gebundenen Transkripts.
Wenn man nun z.B. normale Lungenzellen mit dieser Methode untersucht, bekommt man ein ganz bestimmtes Intensitätsmuster, da man weiß an welcher Stelle des Chips sich genau welches Erkennungsmolekül befindet. Dieses Muster bezeichnet man als Transkriptionsprofil gesunder Lungenzellen. Nun kann man bei Verdacht auf z.B. Lungenkrebs dieselbe Methoden auf das verdächtige Gewebe anwenden. Das dabei vorgefundene Muster unterscheidet sich im Fall von Krebs von dem der gesunden Zellen. Da es verschiedene Lungenkrebstypen gibt, die sich in ihrem Transkriptionsprofil alle wiederum vom gesunden Gewebe sowie vom jeweils anderen Lungenkrebstyp unterscheiden, kann man sogar den Krebstyp zuordnen und - falls vorhanden - entsprechende medizinische Gegenmaßnahmen ergreifen.
Das Projekt diente also primär der Krebsdiagnostik. Allerdings konnte es auch dazu genutzt werden, genau festzustellen welche mRNAs nun bei welchem Krebstyp verändert sind und in welchem Ausmaß. Solche detaillierten Informationen ermöglichen es Wissenschaftlern wiederum, sich die Suche nach den Ursachen dieser Deregulierung des normalen Transkriptionmusters zu begeben. Auf diese Weise lassen sich letztlich die Zusammenhänge der Krebsentstehung entschlüsseln und - hoffentlich - neue Gegenmaßnahmen entwickeln.
Ursprünglich war Help Defeat Cancer nur für den Client von United Devices verfügbar, inzwischen gibt es allerdings auch Arbeit für BOINC.
Das Projekt wurde am 04.05.2007 offiziell für erfolgreich beendet erklärt. Die produzierten Daten wurden im Folgenden von den beteiligten Wissenschaftlern ausgewertet und mittels einer Vielzahl von Publikationen in verschiedenen Fachzeitschriften veröffentlicht. Einen Überblick über die Publikationen gibt es auf der Homepage des World Community Grids.
Für geleistete Rechenzeit werden sogenannte Badges vergeben :
Bronze | Silber | Gold | Rubin | Smaragd | Saphir | Diamant 5 | Diamant 10 | Diamanr 20 | Diamant 50 | Diamant 100 |
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14 Tage | 45 Tage | 90 Tage | 180 Tage | 1 Jahr | 2 Jahre | 5 Jahre | 10 Jahre | 20 Jahre | 50 Jahre | 100 Jahre |
Inhalt
Projektübersicht
Help Defeat Cancer | |
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Name | Help Defeat Cancer |
Kategorie | Krankheitsbekämpfung |
Ziel | Schnellere Identifikation von Krebs-Subtypen |
Kommerziell | nein |
Homepage | www.worldcommunitygrid.org/projects_showcase/viewHdcResearch.do |
Dieses Projekt wird in New Jersey, USA durchgeführt. |
Projektstatus
Projektlinks
Clientprogramm
Betriebssysteme
Windows | ||
Linux | ||
DOS | ||
MacOS X | ||
BSD | ||
Solaris | ||
Java (betriebssystemunabhängig) |
Client-Eigenschaften
Funktioniert auch über Proxy | |
Normal ausführbares Programm | |
Als Bildschirmschoner benutzbar | |
Kommandozeilenversion verfügbar | |
Personal Proxy für Work units erhältlich | |
Work units auch per Mail austauschbar | |
Quellcode verfügbar | |
Auch offline nutzbar | |
Checkpoints |
Client-Besonderheiten
- Voraussetzung für das Help Defeat Cancer Projekt ist, dass der PC mindestens 750 MB Arbeitsspeicher besitzt. Hat man zu wenig Arbeitsspeicher, bekommt man anstatt der WUs von HDC andere WUs.
Installation
Help Defeat Cancer (beendet) benutzt die BOINC-Infrastruktur. Die Anmeldung, Installation und Konfiguration sind auf der allgemeinen BOINC-Seite beschrieben.
Screenshots
BOINC Grafik
Projekte des World Community Grid |
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Aktiv: OpenPandemics · Africa_Rainfall_Project · Help Stop TB · Mapping Cancer Markers · Microbiome Immunity Project · Smash Childhood Cancer · FightAIDS@home_(beendet) (ab und zu ein paar WUs) |
Beendet: AfricanClimate@Home · Computing for Clean Water · Computing for Sustainable Water · Discovering Dengue Drugs - Together Phase I & II · Drug Search for Leishmaniasis · FightAIDS@home Phase I & II · Genome Comparison · GO Fight Against Malaria · Help Conquer Cancer · Help Cure Muscular Dystrophy Phase I & II · Help Defeat Cancer · Help Fight Childhood Cancer · Human Proteome Folding Project Phase I & II · Influenza Antiviral Drug Search · Nutritious Rice for the World · Say No to Schistosoma · The Clean Energy Project Phase I · Uncovering Genome Mysteries · The Clean Energy Project Phase II · OpenZika · Outsmart Ebola Together |