Docking@home (beendet)

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DAPLDS (Dynamically Adaptive Protein-Ligand Docking System), das Dynamisch Anpassungsfähige Protein-Ligand Andocksystem ist ein Projekt der Universität von Delaware, dem Scripps Forschungsinstitut (TSRI) und der Universität von Kalifornien (Berkeley).

Bei diesem Projekt geht es darum, im Computer die Anlagerung kleiner Wirkstoffmoleküle (die sogenannten Liganden) an Proteine zu simulieren. Dabei werden u.a. elektrostatische Anziehungs-. bzw. Abstoßungskräfte berücksichtigt und die Stärke der Bindung (also die Stabilität des Protein-Liganden-Komplexes) bestimmt. Auf diese Weise kann man mit Hilfe von Computern eine Vorauswahl von Molekülen treffen, die am Wahrscheinlichsten an ein gegebenes Protein andocken können. Man muß also nicht jedes Molekül experimentell im Labor prüfen und spart so Zeit und Geld. Das Ziel solcher Projekte ist üblicherweise das Auffinden von Wirkstoffen, die die Funktion von krankheitsrelevanten Proteinen durch ihr Andocken verändern. So produziert HIV z.B. eine Protease (also ein Protein, das andere Proteine in kleinere Fragmente spaltet) gegen die man mit Hilfe solcher Wirkstoffmoleküle vorgeht. Das Wirkstoffmolekül bindet an die Protease, es bildet sich ein stabiler Komplex und damit kann die Protease nun ihre eigentlichen Zielproteine nicht mehr binden und somit auch nicht mehr spalten. Auf diese Weise kann ein Teil der Funktionen des HI-Virus ausgeschaltet werden.

Das Projekt wird das Verständnis der atomaren Details des Protein-Liganden-Zusammenwirkens mittels des Computerwerkzeugs DAPLDS, das anpassungsfähiges mehrstufiges Modellieren in einer verteiltes-Rechnen-Umgebung ermöglicht, erweitern und dadurch die Entdeckung neuer Medikamente beschleunigen.

Die Ziele des Projektes sind:

  • Erforschen der multi-stufen Natur der algorithmischen Anpassungen im Protein-Ligand Andocksystem
  • Auf der Basis von Computermethoden und -modellen eine Internetinfrastruktur zu entwickeln, die diesen Anpassungen effizient Rechnung trägt.


Inhalt

Projektübersicht

InfoIcon.png Docking@home
Name Docking@home
Kategorie Krankheitsbekämpfung
Ziel Verbesserung des DAPLDS
Kommerziell   nein
Homepage docking.cis.udel.edu


 
United States01.gif    Dieses Projekt wird in Delaware, USA durchgeführt.


Projektstatus

InfoIcon.png Projektstatus
Status   beendet
Beginn 11.09.2006
Ende 23.05.2014

Projektlinks

Neuigkeiten (RSS-Feed)

Statistiken

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allprojectstats.com: Der Service wurde eingestellt.

Clientprogramm

Betriebssysteme

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WU-Informationen

Aktuelle und genaue Details für BOINC-Projekte gibt es bei WUProp.

Name RAM Dauer Deadline Speicherplatz Download Upload Mindestanforderung
Charmm 34a2 6.15  17,4 MB  ca 2:50 h (AMDX2 32bit 3,0 GHz)  1 Woche  MB MB MB {{{mindestanforderung}}} oder besser


Die Dauer ist die durchschnittliche Rechenzeit, die auf entsprechender CPU (Taktung in der Klammer) gebraucht wird.
Die Deadline ist die Zeitspanne, in der die Work unit berechnet sein muss.

Konfiguration

Docking@home (beendet) benutzt die BOINC-Infrastruktur. Die Anmeldung, Installation und Konfiguration sind auf der allgemeinen BOINC-Seite beschrieben.


Unter Linux gibt es bei vielen Distributionen Probleme mit der Systemvariable ulimit. Hier muss die run_manager bzw. run_client Datei angepasst werden indem die Zeile ulimit -s unlimited als neue erste Zeile eingefügt wird (vor dem Start von Boinc)

keine Probleme mit: openSUSE 11.0 64bit
Probleme mit:

Veröffentlichte Versionen

Die jeweils aktuellen Versionen können hier eingesehen werden

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Docking@Home ligand dataset available for download! (Mon, 23 Dec 2013 22:37:00 GMT)
Papers' section updated (Mon, 23 Dec 2013 21:37:00 GMT)
Founder of CHARMM won the 2013 Nobel Prize in Chemistry! (Wed, 09 Oct 2013 15:20:00 GMT)
D@H down for maintenance on Aug. 29 (Fri, 23 Aug 2013 16:20:00 GMT)
Network issues in the server room resolved (Mon, 12 Aug 2013 22:20:00 GMT)
D@H down for maintenance on Feb. 26 (Thu, 21 Feb 2013 16:40:00 GMT)
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