Cancer Research (beendet)

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Cancer Research war ein Projekt der Firma United Devices mit dem Ziel, an Mitteln gegen Krebs zu forschen. Das Projekt wurde Anfang 2007 eingestellt.

Inhalt

Warum?

Da statistisch gesehen einer von vier Menschen an Krebs stirbt, ist die Suche nach Medikamenten gegen Krebs enorm wichtig. Dazu ist es notwendig, eine große Anzahl an Wirkstoffkombinationen daraufhin zu testen, wie sie auf bestimmte Proteine einwirken. Solche Untersuchungen werden heutzutage durch Computersimulationen unterstützt, die aufwendige biochemische Berechnungen durchführen.

Wie?

United Devices benutzt das Medikamenten-Design-Programm THINK sowie ein Protein-Modell, von dem bekannt ist, dass es an der Entstehung von Krebs beteiligt ist. Das Programm erstellt dreidimensionale Computermodelle der Moleküle und testet die Reaktion mit den Proteinen. Positive Reaktionen werden an den zentralen Server zurückgemeldet, um noch genauer untersucht werden zu können.

Zeitlicher Ablauf

Das Cancer-Research-Project ist in zwei Phasen aufgeteilt:

Phase 1

In der ersten Phase suchen die Forscher zunächst nach Molekülen, die die Bildung jener Enzyme unterdrücken könnten, die das Wachstum neuer Blutbahnen zu Tumoren anregen, und die gegen jene Proteine wirken, die für das Zellwachstum und Zellschäden verantwortlich sind. Dazu wird die THINK-Anwendung genutzt, welche insgesamt 16 verschiedene Proteine im Laufe von Phase 1 untersucht. Von einem der Proteine weiß man, dass es für die unkontrollierte Produktion von Leukozyten verantwortlich ist. Bei den anderen Proteinen vermutet man, dass sie das Wachstum anderer Krebszellen positiv beeinflussen.

Diese Phase ist abgeschlossen.

Phase 2

In der zweiten Phase werden mit der LigandFit-Applikation die Ergebnisse von Phase 1 noch detaillierter untersucht. Dabei werden wiederum extrem viele verschiedene Moleküle auf ihr Zusammenwirken mit Proteinen hin untersucht. Dieser Prozess ist deshalb sehr langwierig, da die Moleküle (je nach ihrem Aufbau) teilweise sehr viele verschiedene dreidimensionale Strukturen annehmen können und mit der LigandFit-Anwendung alle diese Positionen berechnet und geprüft werden müssen.

Beendigung

Als die Plattform grid.org am 27.04.2007 den Betrieb einstellte, wurde auch das darauf laufende Projekt Cancer Research beendet.


Projektübersicht

InfoIcon.png Cancer Research (THINK)
Name Cancer Research (THINK)
Kategorie Krankheitsbekämpfung
Ziel Finden von Mitteln gegen Krebs
Kommerziell   nein
Homepage offline, hier archive.org Link

Es ist uns leider nicht bekannt, wo auf der Welt dieses Projekt zu Hause ist.

Projektstatus

InfoIcon.png Projektstatus
Status   beendet
Beginn 03.04.2001
Ende 27.04.2007

Projektlinks

Statistiken

Wo Übersicht Top Teams Top User
Projekt Home Page Übersicht Top Teams Top User
statsman.info Top Teams Top User

Clientprogramm

Betriebssysteme

Icon windows 16.png    Windows Checkbox 1.gif   
Icon linux 16.png    Linux Checkbox 0.gif   
Icon dos 16.png    DOS Checkbox 0.gif   
Icon macos 16.png    MacOS X Checkbox 0.gif   
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Icon solaris 16.png    Solaris Checkbox 0.gif   
Icon java 16.png    Java (betriebssystemunabhängig)  Checkbox 0.gif   

Client-Eigenschaften

Funktioniert auch über Proxy Checkbox 1.gif
Normal ausführbares Programm Checkbox 1.gif
Als Bildschirmschoner benutzbar Checkbox 1.gif
Kommandozeilenversion verfügbar Checkbox 0.gif
Personal Proxy für Work units erhältlich   Checkbox 0.gif
Work units auch per Mail austauschbar Checkbox 0.gif
Quellcode verfügbar Checkbox 0.gif
Auch offline nutzbar Checkbox 0.gif
Checkpoints Checkbox 1.gif

Screenshots

Client-Besonderheiten

Pro Protein werden normalerweise 100 Moleküle berechnet, 1 Molekül entspricht also 1 Prozent. Pro Molekül werden jeweils maximal 100 Derivate des Moleküls berechnet. Die Derivate erkennt man in der Grafik an den letzten beiden Stellen der Bezeichnung, die immer von 00 bis 99 für jedes Molekül durchlaufen. Nachdem alle 100 Derivate eines Moleküls durchgerechnet wurden erfolgt eine Zwischenspeicherung, aber auch nur, wenn mindestens 90 Sekunden seit der letzten Speicherung vergangen sind. Da es bei THINK leider immer wieder Long Running Molecules gibt, kann die Berechnung eines einzigen Moleküls plus seiner Derivate auch gerne mal 60 oder 100 Stunden dauern. Da THINK nicht innerhalb des Moleküls speichern kann, fängt das Molekül wieder von vorne an, falls man zwischendrin den Rechner ausschaltet.

Seit der Version 2.1 des UD Agent gibt es zwei Zeitlimits für die Berechnung von Work units:

  • CPU-Zeit: Hiermit wird eine maximale CPU-Zeit pro Molekül vorgegeben. Sollte der Computer nach dieser Zeit noch nicht fertig sein, wird die Work unit abgebrochen und als nicht komplettes Ergebnis zurückgeschickt.
  • Real-Zeit: Jede Work unit hat damit eine gewisse Lebenszeit, nach der sie nicht mehr gültig ist, egal ob das CPU-Zeit-Limit erreicht wurde oder nicht.

Mit diesen Limits sollen insbesondere lang andauernde Moleküle als Störfaktoren eliminiert werden. Leider hat das ganze aber zwei große Nachteile:

  • Alle Besitzer langsamerer Computer können das CPU-Zeit-Limit auch bei kleinen Molekülen schnell erreichen. Vielleicht sollte man in diesem Fall zu einem anderen Projekt wechseln.
  • Wer Zusatztools zum Cachen von Work units nutzt, muss darauf achten, das Real-Zeit-Limit damit nicht zu überschreiten und kann nur noch eine sehr kleine Anzahl Work units cachen.

Nach Angaben von UD liegen die Limits bei 100 bis 150 Stunden CPU-Zeit und 12 bis 13 Tagen Realzeit, wobei das Limit direkt vom jeweiligen Molekül abhängt. Nachlesen kann man das auch im UD-Forum.

Da viele Leute sehr viel Wert auf exakte Statistiken legen, werden bei diesem Projekt abgebrochene Work units (z.B. wegen des Zeitlimits) auch an den Server zurückgemeldet und zumindest die dafür benötigte Zeit gutgeschrieben. Allerdings wird das eigentliche Ergebnis verworfen, da es wissenschaftlich nicht verwertet werden kann.

Anleitung

Meldungen

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