Wie sollte man AKTUELL am besten am Projekt mitrechnen ?

[X1900AIW]

Mit ...
kurzen Workunits
langen Workunits
bestimmte (Test)Applikationen ?

• upperCASE
• cmsearch S
• cmsearch XXL
• cmcalibrate
• cmalign
• cmbuild
• test app

Wo hakt es momentan, ich sehe bei den long run WUs häufig Abbrüche, mit der Folge dass das Quorum der fertig gerechneten Ergebnisse nicht abgeschlossen werden kann.

Zitiere dazu vom Thread Projektgesamtfortschritt?:

Ich wäre froh, wenn die noch im System steckenden fetten Mega-WUs abgearbeitet würden. Danach kann dann auf das neue System umgestellt werden. Allerdings sind diese WUs nach wie vor harte Brocken. Ich hatte bisher WUs mit vorausgesagten Laufzeiten von über 1000 Stunden abgelehnt, da ich nur ein Phenom II 955BE System von AMD habe und die Intel i7 da ganz anders zu Werke gehen. Seit 2013 aber habe ich das aufgegeben und rechne nun auch WUs mit bis zu 2000 Stunden vorhergesagter Laufzeit (die brauchen auf meiner Kiste erfahrungsgemäß auch mal das Doppelte der Prophezeihungslaufzeit!). Naja, einer muß sie ja wegknacken...

Michael.

Also lange WUs rechnen ?

Die erste mit 1685 Stunden ist gezogen, die zweite kam als long run mit "nur" 110 Stunden, trotz Einstellungen auf einzig "cmsearch XXL".

Hyperthreading hatte ich zuvor abgeschaltet, damit die einzelnen WU schneller fertig werden und will mich die nächsten Wochen auf die langen konzentrieren. Falls die Sache stabil läuft. RAM sollte mit 7,5 GB gesamt hoffentlich reichen, einer der einzelnen cmsearch-Prozesse zeigt mir jedoch schon 1,2 GB max. Verbrauch an. 460MB nimmt er sich aktuell.

Deshalb wo kann man am besten helfen ?
Dienen die "kurzen" long runs der Rechnerentlastung im Mix verschiedener WU-Typen (RAM) oder sind die so gedacht ?
Lässt sich der Serverstatus so interpretieren, dass zur Zeit die long runs abgerechnet werden müssen oder gibt es keinen Zeitdruck ?



Vielleicht finden sich ja weitere Systeme, die mit einsteigen können, ohne gleich eine Taskforce o.ä. zu initieren. Wäre doch gelacht, wenn das nicht klappen würde.

[Dunuin]

Wäre schön, wenn man jemand eine Anleitung schreiben könnte, wie man RNAWorld in einer VM mit Checkpointing laufen lassen könnte.
Ich habe hier 3 Rechner die da mitrechnen könnten. Aber 2 Laptops und ein Rechner, der ständig Bluescreens macht, sind da bei den langen WUs ja sonst nicht wirklich hilfreich.

[Thomas R]

Ich lass den i7 auch RNA rechnen.

Die erste mit 1685 Stunden ist gezogen, die zweite kam als long run mit "nur" 110 Stunden, trotz Einstellungen auf einzig "cmsearch XXL".

Wo stelle ich "cmsearch XXL" ein???

[yoyo]

In einer VM sollte doch nicht so schwer sein:
- VirtualBox installieren auf einem 64 Bit BEtriebssystem
- ein VM einrichten mit viel RAM (mindestens 4 GB)
- ein 64 Bit Linux (z.B. Ubuntu) installieren in der VM
- Boinc von boinc.berkeley.edu installieren in der VM
- das Projekt RNA World in Boinc hinzufügen

und schon rechnet er in der VM.

Zum Checkpointen in Virtual Box "erzeuge Sicherungspunkt" anklicken.
Oder auf der Kommandozeile:

VBoxManage snapshot <name der VM> take <name des snapshot>

eingeben. Das kann man sicher auch in ein Batchfile packen.

yoyo

[Thomas R]

Ist wohl garnicht nötig da irgend was einzustellen.
Von acht gezogenen WU´s sind vier short und vier long.
Passt dann wohl eh.

[Michael H.W. Weber]

@X1900AIW: CMSEARCH S ist ursprünglich für WUs gedacht, die an einem Tag fertig werden. Wir haben momentan allerdings längere drin, da wir einfach kaum noch kurze mehr haben und das System leer rechnen möchten, bevor wir auf eine neue Version aufstocken. Also am Besten alle Apps checken (upperCase kann da natürlich außen vor bleiben), sicherstellen, dass die Anwendung im Speicher bleibt, viel RAM reinstopfen (8 GB reichten bei mir stets aus auf einem Quadcore, wenn du einen i7 mit 4+4 Kernen hast, wäre ich unruhig, sofern Du den Rechner noch für anderes nutzen willst). Die WUs nehmen eigentlich maximal 2 GB (es gab mal ein paar sehr seltene Ausnahmen). Ansonsten läuft das Projekt eigentlich extrem stabil. Treten Fehler auf, ist es meist ein Stromausfall oder das Einsetzen von Software, die dann ihrerseits einen Bluescreen erzeugt - dann ist natürlich auch für RNA World alles futsch, es sei denn, Du arbeitest in einer VM.

Michael.

[X1900AIW]

Danke für die Rückmeldungen.

Bei mir keine VM. Ich lasse den i7 auf 4 Kernen, ändern kann ich das jetzt mit laufenden WUs sowieso nicht mehr, RAM-Bedarf sollte so in jedem Fall gedeckt sein, runterfahren in Ruhezustand fährt (bisher) sauber wieder hoch.

Liegt der unterschiedliche RAM-Bedarf eigentlich an der "Größe"/Rechendauer der Workunit oder an den unterschiedlichen Inhalten (siehe Namen der WUs) ? Ist aber nicht so wichtig.

[captainwama]

Zum Checkpointen in Virtual Box "erzeuge Sicherungspunkt" anklicken.

das geht so einfach im laufenden betrieb?!?!
und wenn irgendetwas passiert, rechnet boinc an den wu ganz normal weiter vom letzten sicherungspunkt? oder gibt es noch einiges zu beachten?

vm hatte mich schon interessiert. war mir nur zu undurchsichtig/kompliziert. und ich hab leider auch nicht wirklich die zeit, mich in solche sachen intensiv einzuarbeiten. daher ist eine anleitung schon was schönes

[yoyo]

Zum Checkpointen in Virtual Box "erzeuge Sicherungspunkt" anklicken.

das geht so einfach im laufenden betrieb?!?!
und wenn irgendetwas passiert, rechnet boinc an den wu ganz normal weiter vom letzten sicherungspunkt? oder gibt es noch einiges zu beachten?

Klar geht das im laufenden Betrieb.
Es wird auch nicht nur die Boinc app gecheckpointed, sondern das ganze Betriebssystem welches in der VM läuft. Dass da Boinc dabei ist ist reiner Zufall.
Du kannst auch die VM einfach beenden und dabei den aktuellen Zustand des Betriebssystem und aller Apps abspeichern und nach 4 Wochen wieder starten. Dann macht das in der VM laufende Betriebssystem und alle Apps einfach da weiter wo sie abgespeichert wurden. Eben so also ob Du Deinen Rechner ins Hybernate versetzt. Da kannst Du ja auch Wochen später genau dort weitermachen.

yoyo

[X1900AIW]

Zu früh gefreut, konnte heute morgen noch Screenshots machen, Windows meldete nach dem Einschalten aus dem Ruhezustand einen Appcrash, ich habe nicht geschlossen, sondern mir erst einen Überblick verschafft, machte mir Hoffnungen, weil es weiterlief und vor allem weiterzählte in den beiden 1000-Stunden WUs, Rechner lief noch kurz mit 50 Prozent, danach hat BOINC erstens einen Benchmark durchgeführt (just im Augenblick Screenshot mit Taskmanager erwischt) und zweitens leider die WUs zurückgesetzt. Wollte noch im Forum fragen, ob ich abbrechen soll. Tja, bis heute wachte der Rechner sauber auf, morgens am Tag starten, abends in den Ruhezustand, 90 Mal hat es ergo geklappt, sch... ade.

Code: Alles auswählen

05.04.2013 07:37:39 | RNA World | Task cms_GA-p[e20-30MB_Lin64f]_1_Canis-lupus-familiaris-(dog)_CM000038.lin.EMBL_RF00028_Intron_gpI_1349111823_8260_4 is 48.63 days overdue; you may not get credit for it.  Consider aborting it.
05.04.2013 07:37:39 | RNA World | Task cms_GA-p[e20-30MB_Lin64f]_1_Caenorhabditis-elegans_BX284605.lin.EMBL_RF00028_Intron_gpI_1349111823_5516_3 is 46.91 days overdue; you may not get credit for it.  Consider aborting it.
05.04.2013 07:37:39 |  | Not using a proxy
05.04.2013 07:37:41 |  | Running CPU benchmarks
05.04.2013 07:37:41 |  | Suspending computation - CPU benchmarks in progress
05.04.2013 07:37:41 | WUProp@Home | Sending scheduler request: Requested by project.
05.04.2013 07:37:41 | WUProp@Home | Not requesting tasks
05.04.2013 07:37:42 | WUProp@Home | Scheduler request completed
05.04.2013 07:37:47 | RNA World | Sending scheduler request: Requested by project.
05.04.2013 07:37:47 | RNA World | Not requesting tasks
05.04.2013 07:37:49 | RNA World | Scheduler request completed
05.04.2013 07:37:54 | Quake-Catcher Network | Sending scheduler request: To send trickle-up message.
05.04.2013 07:37:54 | Quake-Catcher Network | Not requesting tasks
05.04.2013 07:37:57 | Quake-Catcher Network | Scheduler request completed
05.04.2013 07:37:57 | Quake-Catcher Network | Project has no tasks available
05.04.2013 07:38:12 |  | Benchmark results:
05.04.2013 07:38:12 |  | Number of CPUs: 4
05.04.2013 07:38:12 |  | 4140 floating point MIPS (Whetstone) per CPU
05.04.2013 07:38:12 |  | 13611 integer MIPS (Dhrystone) per CPU
05.04.2013 07:38:13 | RNA World | Restarting task cms_GA-p[e20-30MB_Lin64f]_1_Canis-lupus-familiaris-(dog)_CM000038.lin.EMBL_RF00028_Intron_gpI_1349111823_8260_4 using cmsearch version 32 in slot 0
05.04.2013 07:38:13 | RNA World | Restarting task cms_GA-p[e20-30MB_Lin64f]_1_Caenorhabditis-elegans_BX284605.lin.EMBL_RF00028_Intron_gpI_1349111823_5516_3 using cmsearch version 32 in slot 2
...
05.04.2013 07:38:50 | RNA World | Task cms_GA-p[e20-30MB_Lin64f]_1_Canis-lupus-familiaris-(dog)_CM000038.lin.EMBL_RF00028_Intron_gpI_1349111823_8260_4 exited with zero status but no 'finished' file
05.04.2013 07:38:50 | RNA World | If this happens repeatedly you may need to reset the project.
05.04.2013 07:38:50 | RNA World | Restarting task cms_GA-p[e20-30MB_Lin64f]_1_Canis-lupus-familiaris-(dog)_CM000038.lin.EMBL_RF00028_Intron_gpI_1349111823_8260_4 using cmsearch version 32 in slot 0
05.04.2013 07:38:51 | RNA World | Task cms_GA-p[e20-30MB_Lin64f]_1_Caenorhabditis-elegans_BX284605.lin.EMBL_RF00028_Intron_gpI_1349111823_5516_3 exited with zero status but no 'finished' file
05.04.2013 07:38:51 | RNA World | If this happens repeatedly you may need to reset the project.
05.04.2013 07:38:51 | RNA World | Restarting task cms_GA-p[e20-30MB_Lin64f]_1_Caenorhabditis-elegans_BX284605.lin.EMBL_RF00028_Intron_gpI_1349111823_5516_3 using cmsearch version 32 in slot 2
05.04.2013 07:39:13 | RNA World | task cms_GA-p[e20-30MB_Lin64f]_1_Canis-lupus-familiaris-(dog)_CM000038.lin.EMBL_RF00028_Intron_gpI_1349111823_8260_4 suspended by user
05.04.2013 07:39:14 | RNA World | task cms_GA-p[e20-30MB_Lin64f]_1_Caenorhabditis-elegans_BX284605.lin.EMBL_RF00028_Intron_gpI_1349111823_5516_3 suspended by user
05.04.2013 07:39:26 | RNA World | Task cms_GA-p[e20-30MB_Lin64f]_1_Canis-lupus-familiaris-(dog)_CM000038.lin.EMBL_RF00028_Intron_gpI_1349111823_8260_4 exited with zero status but no 'finished' file
05.04.2013 07:39:26 | RNA World | If this happens repeatedly you may need to reset the project.
05.04.2013 07:39:27 | RNA World | Task cms_GA-p[e20-30MB_Lin64f]_1_Caenorhabditis-elegans_BX284605.lin.EMBL_RF00028_Intron_gpI_1349111823_5516_3 exited with zero status but no 'finished' file
05.04.2013 07:39:27 | RNA World | If this happens repeatedly you may need to reset the project.

[Michael H.W. Weber]

Ärgerlich. Diese Fehlermeldungen unten

Code: Alles auswählen

05.04.2013 07:38:50 | RNA World | Task cms_GA-p[e20-30MB_Lin64f]_1_Canis-lupus-familiaris-(dog)_CM000038.lin.EMBL_RF00028_Intron_gpI_1349111823_8260_4 exited with zero status but no 'finished' file
05.04.2013 07:38:50 | RNA World | If this happens repeatedly you may need to reset the project.

habe ich auf einer meiner Maschinen auch gelegentlich erhalten ohne zu wissen, was dafür die Ursache ist.

Michael.