Was kommt 2012 ???

[Bommer]

Hallo

Wollte mal von den Projektbetreiber wissen, was so in naher Zukunft oder 2012 bei RNA@Home geplant ist.

Was sind bisherige Ergebnisse aus den berechneten WUs ???

Vielen Dank

Gruss Bommer

[Eisfelder]

Stimmt, nach über 2 Jahren Rechenzeit von bisher 11,375 Maschinen sollten dohc zumindest irgendwelche Trends erkennbar werden.
Würde sicher motivieren (gerade bei meinen geliebten Introns)....

[yoyo]

Ich hätte nie gedacht, dass es User geben wird, die die Introns mögen. Da scheint sich aber eine klein feine Gemeinde der Monster-WU-Knacker gebildet zu haben.
yoyo

[Michael H.W. Weber]

Moin, moin,
also zunächst einmal heißt das Projekt RNA World, lieber Bommer.

Was wurde bislang erreicht?
Ich gebe dazu hier mal schnell einen kurzen Überblick: Zunächst einmal hat sich das Projekt insgesamt fünf mal öffentlich präsentieren können, darunter auf hochkarätigen internationalen Konferenzen:

(1) BOINC Workshop 2009 (Barcelona/Spanien) Vortrag
(2) RNA Society Conference 2010 (Seattly/USA): Posterpräsentation
(3) Massachusetts Institute of Technology 2010 (Cambridge/USA): Vortrag (September)
(4) Massachusetts Institute of Technology 2010 (Cambridge/USA): Posterpräsentation (November)
(5) GDNÄ 2010 (Dresden/Deutschland): Posterpräsentation

Hierbei gab es einiges an positivem Feedback.

Desweiteren haben wir Methoden entwickelt, wie man:

(1) die Ergebnisse grafisch darstellen und analysieren kann ohne die üblichen Statistikanalysen bemühen zu müssen
(2) auch Genome enormer Größe behandeln kann
(3) RNA Kovarianzmodelle auch auf RNA mit Pseudoknot anwenden kann

Diese methodischen Neuentwicklungen werden gerade in Form von Manuskripten zusammengestellt, die wir hoffen publizieren zu können.

Zusätzlich haben wir umfangreiche Benchmarkanalysen durchgeführt, um den Ursachen der Probleme mit gewissen WUs auf den Grund zu gehen. Auch dazu ist ein Ergebnismanuskript in Vorbereitung.

Rein wissenschaftlich, also bezüglich echter RNA Biologie konnten wir ebenfalls etliche neue Dinge herausfinden, einige davon wurden uns ärgerlicherweise sozusagen vor der Nase wegpubliziert. Grund dafür ist leider der chronische Zeitmangel, unter dem ich aufgrund hauptberuflicher Tätigkeiten leide. Ich bin nun gerade vom MIT zurück nach Hause gekommen und hoffe nun darauf, RNA World in meine hauptberuflichen Tätigkeiten integrieren zu können. Will heißen, dass ich gerade nach einer entsprechenden Stelle fahnde. Bis ich die gefunden habe, werde ich hoffentlich auch mehr Zeit für das Projekt haben.
Wir haben aber auch andere Ergebnisse, die sehr vielversprechend sind, über die ich hier aber nicht öffentlich reden kann, um das oben beschriebene Problem zu vermeiden. Ich hoffe da einfach mal auf euer Verständnis.

Die vielen erreichten Dinge, die serverseitig optimiert wurden, lasse ich hier mal unerwähnt - Yoyo möge es mir verzeihen. Aber ihr habt je selbst miterlebt, wie sich das Projekt zunehmlich verbessert hat. Einzig das Checkpointingproblem bleibt momentan unser Sorgenkind, für das wir auch noch immer keine Lösung präsentieren können.

Schließlich ist seit geraumer Zeit eine Ergebnisdatenbank im Aufbau, die aber noch allerlei Schwierigkeiten hat. Ich bin allerdings sehr zuversichtlich, dass wir mit dieser in 2012 an die Öffentlichkeit gehen können.

Was steht an Neuerungen an?
Zum einen möchte ich gerne eine Reihe neuer Applikationen in RNA World integrieren, die teilweise selbst entwickelt sind, teilweise wiederum von externen Experten entwickelt wurden. Über Details schweige ich mich hier allerdings lieber noch aus, um die Erwartungshaltung erst einmal gedämpft zu halten. Es ist immer besser, man kommt unangekündigt mit etwas Interessantem heraus, als etwas anzukündigen, das dann aus irgendwelchen Gründen doch nicht implementierbar ist. Und ihr wißt ja, wie es um unser Manpowerproblem bestellt ist. Generell allerdings wird die Reise in Richtung RNA Strukturanalyse und -bestimmung bzw. -vorhersage, u.a. durch MD Simulationen gehen.
Auch habe ich einen Ansatz entwickelt, um neue RNAs zu identifizieren - bislang können wir nur bekannte RNAs in neu sequenzierten Organismen ausfindig machen. Das dürfte eine wesentliche Neuerung werden, wenn denn alles so läuft wie ich mir das erhoffe.

Was ich in 2012 auf jeden Fall erreichen möchte, ist eine neue RNA World Webseite, die ich mal als RNA World Hub bezeichnen möchte. Diese soll mit anständigem CMS aufgesetzt werden (Joomla! oder Drupal, ich selbst habe bislang nur von ersterem Programmierkenntnisse) und von dort sollen dann alle Subseiten erreichbar werden, also das BOINC-Projekt, die Ergebnisdatenbank und etliches andere. Dort kann man dann auch RNA-relevante neue Erkenntnisse aus Fachzeitschriften in Form eines Blogs präsentieren, usw. Das Ganze soll also informationstechnisch ganz gehörig aufgeplustert werden.

Schön wäre noch ein anständiger Screensaver, der auch Infos über die aktuell berechnte WU und die generellen Userstatistiken bereit hält.

Schließlich schwebt mir noch ein RNA World Workshop vor, der auch einen praktischen Bastelteil enthalten soll. Ich habe dazu schon allerlei ausgearbeitet, möchte mich aber dennoch bedeckt damit halten solange ich meine Jobsituation momentan so schlecht abschätzen kann.

Alles in allem denke ich, dass da ein gehöriges Potential vorliegt.

Leider habe ich festgestellt, dass die Teilnahme am Projekt über die letzten Monate merklich nachliess - man kann sagen um gut ein Drittel. Ich hoffe, dass dies vornehmlich daran liegt, das ich gerade die letzten Sätze der unsäglichen langen WUs durch den Server prügle, um sie endlich vom Hals zu haben. Ich wäre froh, wenn wir von Leuten Rückmeldung bekämen, was der Grund für diesen Nachlass an Engagement ist - sofern es nicht der oben genannte ist. Ich denke, wir haben über die gesamte Laufzeit des Projekts eine vorbildliche Userkommunikation betrieben und sind daher für jeden sachlichen Kommentar dankbar. Dass das Checkpointing ein Problem ist, ist uns bekannt - muß also nicht extra erwähnt werden...

Michael.

[M. Franckenstein]

Danke für die ausführliche Antwort ...

[MReed]

Danke für die ausführliche Antwort ...

+1

[Norman]

[Torbjörn Klatt]

+1 für die super Antwort!

Packst du das ins Wiki? Und jemand vom Übersetzer-Team möge das doch bitte ins Englische übersetzen. Dann sollte das als Newsmeldung bei RNA World raus gehen. Ist ein super Jahresrückblick und Ausblick!

Ach ja: Bitte noch in diesem Jahr

[Bommer]

Hallo

Danke, sowas hab ich mir erhofft. Vielen Dank.

Wäre es denn möglich NEWS so wie es z.B. WCG oder GPUGrid machen über den Boinc-Client zu verteilen ???

Da bleiben die Leute mehr am Ball, wenn da ab und an mal was kommt. Es gibt ja Leute, die nicht ständig die Projektseiten absurfen.

Gruss Bommer

[Uwe Sänger Herzke]

And now for something completely different:

RNA hat gute Chancen das diesjährige Projekt des Charity-Race von S.G und der L'AF zu werden, hier wäre der Abstimmthread im Charity-Forum. Aktueller Zwischenstand: NRG 4, RNA 28, Rosetta 6.

Nicht, das Ihr nachher sagt, ich hätte Euch nicht gewarnt
Ach ja: Mitmachen dürfen latürnich auch alle Rechenkraftler gerne beim Charity-Team im Februar.

[Ananas]

Gegen die langen Introns ist an sich nichts zu sagen, sie haben ihre Fans - sicherlich, weil man auch irgendwie stolz darauf ist, so ein dickes Ding erfolgreich durchgebracht zu haben. Das geht mir jedenfalls so.

Tatsache ist, dass zwischen "normalen" XXLs und Introns nochmal Welten liegen und einige sich "Intron" als dritte Auswahlmoeglichkeit neben "Small" und "XXL" wuenschen.

Leider sorgt der Heartbeat-Bug immer mal wieder dafuer, dass auch ein neues RNA-Result beim Auspacken den Coreclient lange genug einfriert, um die bereits laufenden Results abzuschiessen. Das ist natuerlich bei einer Intron extrem aergerlich. Daher auch mein Wunsch, keine unnoetigen Unzips durchzufuehren, zumal das Entpacken mit Unterverzeichnissen bei NTFS besonders anfaellig fuer Heartbeat-Probleme ist. Ich hatte dazu schon im internen Bereich mal was geschrieben (Wildcard-Problematik in "-o *.zip"). Daher ist fuer den Erfolg von Introns oft sinnvoll, auf einem besonders stabilen Rechner genau immer nur ein RNA-Result zu laden und auf diesem Rechner bis zu deren Abschluss das Projekt auf "no new work" zu setzen.


Den Bildschirmschoner halte ich persoenlich fuer absolut ueberfluessig, weil er Leistung schluckt. Mit der Meinung bin ich zwar absolut nicht alleine, es gibt aber sicherlich auch viele, die gerne was zum Beobachten haben waehrend der Berechnung.

Da wird aber bestimmt auch die Einfuehrung der InReAlizer-Anwendung neuen Schwung bringen, besonders die laengeren schnoerkeligen Sequenzen sind ja doch ziemlich interessant, wo nicht nur eine einzelne "Beule" zu sehen ist. Nachdem wir damals die Moeglichkeit eingebaut haben, die Zillionen weniger interessanter Minisequenzen zu unterdruecken, sollte das auch trafficmaessig ertraeglich werden. Voraussetzung dafuer ist natuerlich auch eine Praesentation auf dem Web - zumindest von ausgewaehlten Ergebnissen.

[Michael H.W. Weber]

Den Bildschirmschoner halte ich persoenlich fuer absolut ueberfluessig, weil er Leistung schluckt. Mit der Meinung bin ich zwar absolut nicht alleine, es gibt aber sicherlich auch viele, die gerne was zum Beobachten haben waehrend der Berechnung.

Also ich lasse einen Bildschirmschoner normalerweise aus demselben Grund nicht laufen, aber dennoch stellt er eine schöne Möglichkeit dar, mal kurz nachzusehen, was gerade berechnet wird - grafisch aufbereitet und mit Detailinfos bestückt. Insofern also in meinen Augen durchaus etwas Schönes, das sich lohnt zu haben.

Michael.