WU rechnet bei 100% weiter

[henna]

Diese WU rechnet bei 100% weiter und weiter. Was soll ich mit dem Ding machen?

henna

[Michael H.W. Weber]

Rechnen lassen.

Michael.

[henna]

Wie lange, bis zum 07.07.???

[Michael H.W. Weber]

Naja, die wird schon vorher fertig werden.

Michael.

[henna]

is fertig. Alles i.O.

henna

[Ananas]

Ich habe eine, die war nach 3 Tagen auf 100% und hat jetzt bereits fast 7 Tage auf dem Buckel, eine zweite liegt knapp dahinter. Bei manchen WUs dauert die letzte Phase also ueberproportional lange.

Urspruenglich dachte ich, dass dieses Verhalten auf Saeugetiere und Voegel beschraenkt ist. Im aktuellen Fall sind das aber Reis (wie auch bei Henna) und Drosselfliege - an der Art des Lebewesens kann man es also nicht festmachen :

http://www.rnaworld.de/rnaworld/workuni ... id=5289257

http://www.rnaworld.de/rnaworld/workuni ... id=5281577

Meinen ersten Satz Mitcruncher habe ich schon verschlissen, ich hoffe, die Ersatz-Auslieferungen sind etwas ausdauernder. Vielleicht liegt das daran, dass die Schaetzung auf dem Referenzsystem so voellig daneben liegt. Mein Xeon ist zwar (pro Task) deutlich langsamer als der i7/920, aber so viel macht das dann doch nicht aus.

[Norman]

uff, ja die Intron_gpi überziehen ordentlich bis hin zu wochen

[Michael H.W. Weber]

Ich habe eine, die war nach 3 Tagen auf 100% und hat jetzt bereits fast 7 Tage auf dem Buckel, eine zweite liegt knapp dahinter. Bei manchen WUs dauert die letzte Phase also ueberproportional lange.

Urspruenglich dachte ich, dass dieses Verhalten auf Saeugetiere und Voegel beschraenkt ist. Im aktuellen Fall sind das aber Reis (wie auch bei Henna) und Drosselfliege - an der Art des Lebewesens kann man es also nicht festmachen :

http://www.rnaworld.de/rnaworld/workuni ... id=5289257

http://www.rnaworld.de/rnaworld/workuni ... id=5281577

Meinen ersten Satz Mitcruncher habe ich schon verschlissen, ich hoffe, die Ersatz-Auslieferungen sind etwas ausdauernder. Vielleicht liegt das daran, dass die Schaetzung auf dem Referenzsystem so voellig daneben liegt. Mein Xeon ist zwar (pro Task) deutlich langsamer als der i7/920, aber so viel macht das dann doch nicht aus.

Ja, da liegt ein Problem vor. Tilman ist deswegen seit einiger Zeit dabei, diese enromen Diksrepanzen zwischen den Vorhersageläufen und der realen Rechenzeit näher zu untersuchen. Wir hoffen, den Entwicklern damit statistisch signifikante Materialien an die Hand geben zu können, damit die ihren Algrithmus vielleicht etwas verbessern können.

Michael.

[Ananas]

Bei der Drosophila kann es ja daran liegen, dass die immer kurze und lange Fluegel, sowie verschiedene Augenfarben in ihrer RNA mitschleifen muss - weil die verrueckten Biologen das so wollen. Armes Tierchen

[Ananas]

Ich sehe gerade, inzwischen ist bei den Monster-Wutzen "initial replication" auf 3 hochgedreht, das ist sicher eine gute Idee gewesen.

[Ananas]

...
Ja, da liegt ein Problem vor. Tilman ist deswegen seit einiger Zeit dabei, diese enromen Diksrepanzen zwischen den Vorhersageläufen und der realen Rechenzeit näher zu untersuchen. ...

Hier ist mal ein krasses Gegenbeispiel : http://www.rnaworld.de/rnaworld/workuni ... id=5302184

XXL, ueber 2 Tage geschaetzt, meine Kiste meine aufgrund des DCF sogar, sie wuerde ueber 4 Tage brauchen.

Gelaufen ist die WU dann 1/2 Std.

Nachtrag : noch so eine "Mini-XXL" ist http://www.rnaworld.de/rnaworld/workuni ... id=5302407

___________

Die beiden dicken Teile von oben sind uebrigens inzwischen bei 9,75 und 8,25 Tagen und rechnen froehlich weiter, da wirken 2-3 Wochen Deadline schon fast etwas knapp.

[Ananas]

Ich hab' mal die Vorhersagen abgegriffen, vielleicht hilft's ja irgendwie bei der Analyse :

Reis (aktuell bei 12d 01:11) :

Code: Alles auswählen

# command:    cmsearch --forecast 1 RF00028_Intron_gpI.cm Oryza-sativa-Japonica-Group_CM000147.lin.EMBL.fasta
# date:       Mon Jun 20 11:51:09 2011
# compiler: 4.6.0 20100918 (experimental), -m64 -O2 -static -msse4
# num seqs:   1
# dbsize(Mb): 42.961786
#
# Pre-search info for CM 1: Intron_gpI
#
#                                  cutoffs            predictions     
#                            -------------------  --------------------
# rnd  mod  alg  cfg   beta     E value   bit sc     surv     run time
# ---  ---  ---  ---  -----  ----------  -------  -------  -----------
    1  hmm  fwd  loc      -     114.994    26.83   0.0200  00:45:39.08
    2   cm  cyk  loc  1e-010     100.000    11.51   0.0174  20:47:04.33
    3   cm  ins  loc  1e-015       1.000    23.28  1.2e-005  59:34:36.01
# ---  ---  ---  ---  -----  ----------  -------  -------  -----------
  all    -    -    -      -           -        -        -  81:07:19.43
#
#
# CPU time: 172.63u 00:02:52.62 Elapsed: 00:02:53

Drosophila (aktuell bei 10d 12:39) :

Code: Alles auswählen

# command:    cmsearch --forecast 1 RF00028_Intron_gpI.cm Drosophila-yakuba_CM000160.lin.EMBL.fasta
# date:       Tue Jun 21 23:16:30 2011
# compiler: 4.6.0 20100918 (experimental), -m64 -O2 -static -msse4
# num seqs:   1
# dbsize(Mb): 57.664224
#
# Pre-search info for CM 1: Intron_gpI
#
#                                  cutoffs            predictions     
#                            -------------------  --------------------
# rnd  mod  alg  cfg   beta     E value   bit sc     surv     run time
# ---  ---  ---  ---  -----  ----------  -------  -------  -----------
    1  hmm  fwd  loc      -     154.347    26.83   0.0200  00:56:44.79
    2   cm  cyk  loc  1e-010     100.000    12.20   0.0130  28:09:09.03
    3   cm  ins  loc  1e-015       1.000    23.99  8.7e-006  60:53:05.88
# ---  ---  ---  ---  -----  ----------  -------  -------  -----------
  all    -    -    -      -           -        -        -  89:58:59.70
#
#
# CPU time: 172.78u 00:02:52.78 Elapsed: 00:02:52

Meine Kiste laeuft mit Hyperthreading auf XP x64, es duerfte (neben dem Unterschied durch das Betriebssystem) einen ziemlichen Unterschied ausmachen, wenn der Referenzrechner nur eine Task parallel je phys. CPU rechnet.

Bis zur vorletzten Schleife haette die Vorhersage auch bei beiden Results noch gepasst, lediglich der allerletzte Schleifendurchlauf haut jetzt maechtig 'rein.

edit : Oops, das mit den Schleifenzaehlern war cmcalibrate, wie die Prozente bei cmsearch zustande kommen, weiss ich ja gar nicht