Rfam 10.0 - RNA World Leistungsfähigkeit

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Rfam 10.0 - RNA World Leistungsfähigkeit

Unread postby Michael H.W. Weber » 14.08.2010 16:03

Heute habe ich pünktlich wie angekündigt den zweiten Satz CMCALIBRATE WUs der neusten Rfam (10.0) Datenbank eingespeist. :D Da sind ein paar anspruchsvolle dabei... :evil2:

Zum Vergleich: Die Rfam-Betreiber benötigen meines Wissens zur Kalibrierung der Rfam 10.0 fünf Monate Rechenzeit ihres HPC Clusters. Wir haben nur einen winzigen Bruchteil unserer Maschinen auf die Kalibrierungen angesetzt - nämlich nur die aktiven (!) 64-Bit Linux Systeme. Nach etwa 12 Tagen war die Hälfte der Kalibrierungen bereits abgeschlossen. Und wir verwenden im Gegensatz zu Rfam die aller neuste INFERNAL Version. Man kann daran also sehen, dass RNA World - dessen Leistungsfähigkeit täglich zunimmt, wie auf unserer Serverstatusseite zu entnehmen ist - den professionellen Ansätzen mehr als nur gewachsen ist. Ich denke, dass ist eine ganz nette Feststellung zum Wochenende. :wink:

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Re: Rfam 10.0 - RNA World Leistungsfähigkeit

Unread postby Norman » 14.08.2010 18:33

:good: :drinking:

gibt es schon neuigkeiten von INFERNAL wann es in etwa die neuen versionen geben wird oder ist das noch nicht absehbar ?
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Re: Rfam 10.0 - RNA World Leistungsfähigkeit

Unread postby Michael H.W. Weber » 15.08.2010 00:01

Das ist noch nicht bekannt. Ich rechne aber dieses Jahr noch damit. Und als kleines Schmankerl wird die neue Version eine Verbesserung enthalten, die es uns erlauben sollte, OpenMPI voll auszufahren - ohne wie bisher Validierungsprobleme zu bekommen. :evil2: Ein Erfolg unserer Kommunikation mit den Entwicklern, die von uns inzwischen auch einige Codeverbesserungsvorschläge erhalten haben.

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Re: Rfam 10.0 - RNA World Leistungsfähigkeit

Unread postby MonsieurPoot » 15.08.2010 16:17

Wird es noch mal eine Runde CMC für Winx64-Systeme geben? :angel2:

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Re: Rfam 10.0 - RNA World Leistungsfähigkeit

Unread postby Michael H.W. Weber » 15.08.2010 16:33

Ja, wird es so bald die aktuelle Linux x64 fertig ist.

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Re: Rfam 10.0 - RNA World Leistungsfähigkeit

Unread postby MonsieurPoot » 15.08.2010 16:37

Fein!
Ich führe ein Tänzchen auf: Image

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