Tuberkuloseprojekt

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Michael H.W. Weber
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Re: Tuberkuloseprojekt

#13 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 08.04.2010 05:03

MonsieurPoot hat geschrieben:Wieviele WUs gibt es denn ungefähr?
Sind es "nur" diese 5000 die heute morgen eingespielt wurden oder noch (Massen) mehr? :roll2:
Es stehen 24 WU-Archive in der Server-Pipeline, das aktuelle ist das kleinste - wird also 'ne ganze Weile reichen. :wink:
MReed hat geschrieben:Ist es eig gewollt, dass ich mit nem Windoof XP (32-bit) WU's bekomme, die folgenden (bzw. ähnliche) Namen haben?
cms_Mtb[Lin64s]_Mycobacterium-tuberculosis-H37Rv_AL123456.cir.EMBL_RF01369_CRISPR-DR56_1270624623_2657-in
Ich frag nur wegen der Bezeichnung die da in den eckigen Klammern steht...
Ja, das ist so gewollt. Diese Bezeichnung gibt nur die Quelle der verwendeten CMCs an.
MReed hat geschrieben:Gerade darauf will ich ja hinaus:

Ist es in dem Fall nicht sinnvoller, die auf den Linux CMC's basierten WU's auch auf Linux Systemen auszuführen? :help:
Nein, denn CMS scheint OS-unabhaengig identische Ergebnisse zu liefern, wenn die CMC Inputs identisch sind. Was wir machen ist, dass wir diese CMS auf Basis der Lin-64 Ergebnisse und spaeter (teilweise) auf Basis der Win-64 Ergebnisse berechnen. Danach gucken wir, ob es Abweichungen gibt und koennen damit zwei Fliegen mit einer Klappe schlagen: Erstens bekommen wir direkt wissenschaftlich einsatzbereite Ergebnisse auf Basis des von den Entwicklern angenommenen Originalbetriebssystems (Linux) und zweitens koennen wir gleichzeitig indirekt in einem statistisch relevanten Rahmen gucken, ob die CMC-Ergebnisse OS-abhaengig differieren und diese Infos zur Klaerung an die Entwickler durchreichen.

Michael.
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Re: Tuberkuloseprojekt

#14 Ungelesener Beitrag von Blacksun » 09.04.2010 09:19

Also irgendwas läuft da schief bei mir, ich bekomme keine arbeit mehr! Wie sieht das bei euch aus? Bekommt ihr arbeit?
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Re: Tuberkuloseprojekt

#15 Ungelesener Beitrag von yoyo » 09.04.2010 09:24

Was sagt denn Dein BoincManager?
Welches Betriebssystem, wieviel RAM?
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MonsieurPoot

Re: Tuberkuloseprojekt

#16 Ungelesener Beitrag von MonsieurPoot » 09.04.2010 09:28

Ich kann eben flugs bestätigen, dass es keine Arbeit mehr gibt für

a) ein 2GB Win2K-System und
b) ein 4GB Win7x64-System

... wobei letzteres noch ab und an Rückläufer geschickt bekommt, aber mehr ab als an. ;)

- Poot

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Re: Tuberkuloseprojekt

#17 Ungelesener Beitrag von Blacksun » 09.04.2010 09:33

Bis gestern hats eigentlich immer gut funktioniert, jetzt sagt der Boincmanager immer nur "Message from server: No work sent"
System ist Vista x64 mit 8 GB RAM, hab das Projekt auch schonmal zurückgesetzt, brachte nichts. (id: 799)
Zuletzt geändert von Blacksun am 09.04.2010 09:37, insgesamt 1-mal geändert.
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L3v3l0rd

Re: Tuberkuloseprojekt

#18 Ungelesener Beitrag von L3v3l0rd » 09.04.2010 09:35

Mmh, also bei 8 GB Win7/64Bit keine Probleme mit WU-Versorgung (letzte Gestern Nacht). (ID: 189)
Der kleine 2 GB Win7/32Bit hat bis gestern Mittag welche bekommen.(ID: 1642)

Gruß, L3v3l

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Re: Tuberkuloseprojekt

#19 Ungelesener Beitrag von mxplm » 09.04.2010 11:41

Habe gestern Vorgestern eine WU bekommen, die jetzt schon 35 Stunden läuft. Sie ist bei 33% und läuft laut vorhersage noch 85 Stunden. Der Rechner bleibt solange an, das ist kein Ding. Host ist btw ein Thinkpad mit 2GB RAM, 1,6GHz CPU und Ubuntu Linux 64Bit.

Die WU wurde Anfang März das schon öfter raus geschickt, d.h. wohl es ist keine TB-WU. Sollte ich mich darauf einstellen noch mehr "alte" WUs zu bekommen?
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Re: Tuberkuloseprojekt

#20 Ungelesener Beitrag von MReed » 09.04.2010 11:43

Soweit ich das richtig mitbekommen hab, sind noch alte WU's in der Queue... also könnte es durchaus passieren, dass da noch mehr von den älteren WU's kommen :D
MfG
MReed

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Re: Tuberkuloseprojekt

#21 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 09.04.2010 12:25

mxplm hat geschrieben:Habe gestern Vorgestern eine WU bekommen, die jetzt schon 35 Stunden läuft. Sie ist bei 33% und läuft laut vorhersage noch 85 Stunden. Der Rechner bleibt solange an, das ist kein Ding. Host ist btw ein Thinkpad mit 2GB RAM, 1,6GHz CPU und Ubuntu Linux 64Bit.

Die WU wurde Anfang März das schon öfter raus geschickt, d.h. wohl es ist keine TB-WU. Sollte ich mich darauf einstellen noch mehr "alte" WUs zu bekommen?
Dies ist keine alte WU, sondern eine CMC WU. :D Bitte immer mal kurz auf die Applikation achten, von der wir sprechen...
Aktuell haben wir fast nur CMS WUs in der Pipline, da gibt es alte und (die neuen) Mtb WUs. Die alten kommen nur sporadisch rein und auch nur, wenn die Maschine boese mit Arbeitsspeicher bestueckt ist. Die wenigen CMCs im Umlauf muessen nochmal nechgerechnet werden (2 der Linux-Serie waren nicht OK) oder gehoeren zur Win-64 Serie, die noch immer nicht ganz abgeschlossen ist. :wink:

Michael.
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MonsieurPoot

Re: Tuberkuloseprojekt

#22 Ungelesener Beitrag von MonsieurPoot » 09.04.2010 15:54

So, für die, die im englischen Forum nicht mitlesen:

yoyo hat das Problem gelöst. Ein Haufen von rund 1000 alten und RAM-hungrigen Workunits befand sich seit mehreren Wochen auf dem Server und wurde nicht an Host-Rechner ausgeliefert, da aufgrund von damals vorgenommenen Einstellungen am Server versehentlich Win32-Rechner mit 4GB RAM für die Berechnung notwendig waren. Da Win32-Systeme nur maximal 3,6 GB Arbeitsspeicher unterstützen, gab es natürlich keinen einzigen Rechner, an den der Server diese WUs hätte ausliefern können - und dementsprechend blockierten diese 1000 WUs wie Bodensatz die Queue und verzögerten regelmäßig das Einspielen neuer, RAM-schonender WUs wie beispielsweise aus der neuen Tuberkulose-Batch.

So ich alles richtig verstanden habe, sind diese knapp 1000 WUs nun auslieferbereit auch an andere Systeme (ich selber habe schon einige erhalten) und werden in der nächsten Zeit abgearbeitet, der Bodensatz wird sich auflösen und somit wird es wohl kurzfristig zu keiner WU-losen Zeit für 2GB-Rechner mehr kommen. :)

- Poot

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Re: Tuberkuloseprojekt

#23 Ungelesener Beitrag von Nemac » 09.04.2010 16:10

Danke für die Info MonsieurPoot :D

btw @ CMS, "09.04.2010 17:05:57 RNA World Message from server: cmsearch needs 1239.78 MB RAM but only 863.53 MB is available for use."

Gibt es auch kleinere oder hab ich mit der Minikiste mit 1gig gar keine Chance mehr?

Dann werf ich die auch ein anderes Projekt :)

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Re: Tuberkuloseprojekt

#24 Ungelesener Beitrag von Blacksun » 09.04.2010 16:29

Viellen dank für die info, knabber gerade an einer Opossum rum :)
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