Tuberkuloseprojekt

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yoyo
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Re: Tuberkuloseprojekt

#25 Ungelesener Beitrag von yoyo » 09.04.2010 17:43

Nemac hat geschrieben:Danke für die Info MonsieurPoot :D

btw @ CMS, "09.04.2010 17:05:57 RNA World Message from server: cmsearch needs 1239.78 MB RAM but only 863.53 MB is available for use."

Gibt es auch kleinere oder hab ich mit der Minikiste mit 1gig gar keine Chance mehr?

Dann werf ich die auch ein anderes Projekt :)
Bisher waren mindestens 1.3GB notwendig. Habs mal so geändert, gilt aber erst ab dem nächsten Generierungslauf:

Code: Alles auswählen

        $memory = 300000000;
        if ( $fasta->uncompressedSize >  10000000 ) { $memory = 1000000000; };
        if ( $fasta->uncompressedSize >  50000000 ) { $memory = 4000000000; };
        if ( $fasta->uncompressedSize > 200000000 ) { $memory = 6000000000; };
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MonsieurPoot

Re: Tuberkuloseprojekt

#26 Ungelesener Beitrag von MonsieurPoot » 09.04.2010 18:06

Ich frag einfach mal im deutschen Forum:

@yoyo: Von der handvoll "alter" Bodensatz-WUs, die ich schon erfolgreich berechnet und zurückgeliefert habe, gibt es bisher zwei, die nicht erfolgreich validiert werden konnten:

http://www.rnaworld.de/rnaworld/workuni ... uid=527897
http://www.rnaworld.de/rnaworld/workuni ... uid=535622

Liegt es daran, dass die Vergleichs-Resultate von Linux-Rechnern stammen und erledigt sich das Problem von selbst, sobald ein drittes Resultat (entweder von einem Win64 oder einem Linux-Rechner) vorliegt, oder ist der Grund ein anderer?

- Poot

PS: Die anderen sechs zurückgelieferten WUs wurden problemlos validiert.

[Edith sagt:] Die beiden WUs wurden jetzt zur Validierung an zwei Winx64-Systeme ausgeliefert, mal gucken was passiert. ;)

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yoyo
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Re: Tuberkuloseprojekt

#27 Ungelesener Beitrag von yoyo » 09.04.2010 20:44

Von den 1000 wus Bodensatz sind übrigens mittlerweile 500 unterwegs.
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MonsieurPoot

Re: Tuberkuloseprojekt

#28 Ungelesener Beitrag von MonsieurPoot » 09.04.2010 20:45

Das ging fix. :roll2:

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Re: Tuberkuloseprojekt

#29 Ungelesener Beitrag von vfrey » 10.04.2010 13:43

10.04.2010 14:37:52 RNA World Message from server: No work sent
10.04.2010 14:37:52 RNA World Message from server: No work is available for cmcalibrate
10.04.2010 14:37:52 RNA World Message from server: cmsearch needs 3814.70 MB RAM but only 3160.87 MB is available for use.
10.04.2010 14:37:52 RNA World Message from server: (there was work but it was committed to other platforms)
gibt's denn keine normalen WUs mehr? :o
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Re: Tuberkuloseprojekt

#30 Ungelesener Beitrag von MonsieurPoot » 10.04.2010 14:58

Mmmh... komisch.
Wobei Du in Deinen BOINC-Einstellungen den erlaubten RAM-Verbrauch auf 100% stellen kannst und damit auch WUs ab 4GB erhalten können solltest.

- Poot

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Re: Tuberkuloseprojekt

#31 Ungelesener Beitrag von vfrey » 10.04.2010 16:14

tja, inzwischen geht's wieder...auch ohne die BOINC-Einstellungen zu verändern.
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Re: Tuberkuloseprojekt

#32 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 11.04.2010 08:50

@Yoyo:

(1) Wir haben ja serverseitig eine Minimalzahl an WUs festgesetzt, bei der der Server beginnt, neue zu generieren. Vielleicht sollten wir diesen Wert etwas höher ansetzen, damit mehr WUs zum Abholen bereit "auf Halde" liegen?
(2) Die Zuweisung des RAM-Anspruchs in Abhängigkeit von der Genomgröße ist sehr sinnvoll, dazu noch eine Verständnisfrage: Bei Genomgrößen KLEINER 10 MB, was wird dort als RAM-Anspruch gefordert? Aus der Liste geht mir nicht eindeutig hervor, wie der definiert ist, nicht daß wir dort eine Denklücke haben.

Michael.
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Re: Tuberkuloseprojekt

#33 Ungelesener Beitrag von yoyo » 11.04.2010 09:22

(1) ist seit gestern bei 2000. Trotzdem verstopfen die großen WUs noch die queue und werden nur zäh abgearbeitet.
(2) 300MB
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Re: Tuberkuloseprojekt

#34 Ungelesener Beitrag von MonsieurPoot » 11.04.2010 09:38

@yoyo: Gibt es im Moment keine Maximal-Anzahl von WUs in der Queue pro Host-Rechner?
Auch wenn die Queue auf meinem Win2k-Rechner auf 0,5 Tage eingestellt ist, habe ich gestern abend ein wenig erschreckt festgestellt, dass er fast 200 WUs gebunkert hat und dafür deutlich länger als einen halben Tag brauchen wird. ;)

Was die alten WUs angeht haben die meisten tatsächlich ziemlich lange Berechnungszeiten, ich glaube unter sieben Stunden hatte ich bisher nur zwei, die meisten lagen bei mir zwischen 16 und 30 Stunden. ... und da die Ergebnisse gegen bereits bestehende Linux-Ergebnisse scheinbar seltenst validieren, wird natürlich bei jeder Rücklieferung erstmal noch ein weiteres Result erzeugt.

- Poot

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Re: Tuberkuloseprojekt

#35 Ungelesener Beitrag von yoyo » 11.04.2010 16:10

Ich habe die maximale Anzahl/core hochgesetzt, auf 500.
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Re: Tuberkuloseprojekt

#36 Ungelesener Beitrag von MonsieurPoot » 12.04.2010 18:05

yoyo hat geschrieben:Trotzdem verstopfen die großen WUs noch die queue und werden nur zäh abgearbeitet.
Scheinbar gibt es auch ein paar WUs, die irgendwie gar keinen Abnehmer mehr finden im Moment:
http://www.rnaworld.de/rnaworld/workuni ... uid=527897
http://www.rnaworld.de/rnaworld/workuni ... uid=538847
http://www.rnaworld.de/rnaworld/workuni ... uid=525016

Seltsam oder nicht seltsam? :angel2:

- Poot

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