Neues Projekt aus D: POEM@Home

Analyse und Vorhersage von Struktur und Faltungsweg (FAH, POEM@home, Rosetta@home, HPFP, ...)

Re: Neues Projekt aus D: POEM@Home

Unread postby magihatfertig » 01.08.2008 21:56

Kurz an das WCQ Race diesen Monat erinner :attention: *duck*
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Re: Neues Projekt aus D: POEM@Home

Unread postby sanhaji » 07.11.2008 22:37

Gute Neuigkeiten vom POEM Team:

1) From CASP we learned that POEM is really great in quality assessment. On this basis we will implement a continues web-service, which biologist can use to assess protein structure.

2) We also learned that our protocol did not generate enough new structures in the de novo fold category. So in the next two years we will work hard to improve this protocol for the next CASP.

3) We have already succeeded (with POEM@HOME) to identify a gene responsible for a late-stage developmental disorder. This affects 1 in 10000 births, so we are very proud to develop analysis tools that actually help people right now. Obviously we will strive to continue this effort. (results update coming soon).

4) We will go back to the folding studies: POEM@HOME has folded several proteins, but now that CASP is over, we will go back to improving these algorithms.

5) .... 99) Many more ideas, not enough manpower. We keep you posted.

Zitat von Dr. Wolfgang Wenzel (POEM Projektleiter)

Frei übersetzt:
1) Aus CASP hat man gelernt, dass die Stärken von POEM in der Qualitätsbestimmung von Proteinen liegt(Verbesserung existenter Strukturen). Deshalb plant das Team einen Internet Service für Biologen, die dort Proteinstrukturen berechnen lassen können.

2) Zusätzlich hat man gemerkt, dass das verwendete Protokoll nicht genug Strukturen für neue Proteine (also Proteine, zu denen es noch keine Strukturen gibt) generiert. Das Team arbeitet hart daran das Protokoll zum nächsten CASP in 2 Jahren zu verbessern.

3) Mit POEM@Home wurde ein menschliches Gen identifiziert, das verantwortlich für eine Störung in der fortgeschrittenen embryonalen Entwicklungsphase ist.
Diese Störung betrifft 1 in 10000 Geburten. Das POEM Team ist sehr stolz darauf, dass sie Analyse-Werkzeuge geschaffen haben, die tatsächlich schon Menschen helfen. Sie stengen sich an, diese Leistung weiterzuführen. (Ein Update der "Results" Rubrik auf der Homepage folgt bald)

4) Nachdem CASP08 nun abgeschlossen ist, wird man weiterhin Proteinfaltungen untersuchen. Die Forschungsgruppe arbeitet an der Verbesserung der verwendeten Algorithmen.

5)..99) Die Forscher haben noch viele gute Ideen aber nicht genug Mitarbeiter um sie alle umzusetzen. Sie werden uns auf dem laufenden halten.



Hört sich doch sehr gut an, da weiß man, dass man nicht umsonst gerechnet hat. Das so ein junges Projekt schon so große Erfolge feiern kann ist beeindruckend und zeigt Potenzial.

"Es ist unglaublich, dass das in so kurzer Zeig geklappt hat." (Nochmal Zital Dr. Wenzel)
Zur Zeit wird für POEM@Home gecruncht!
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Re: Neues Projekt aus D: POEM@Home

Unread postby Uwe Sänger Herzke » 07.11.2008 23:42

Ich kenn die Gepflogenheiten nicht so richtig mit dem Veröffentlichen in der e-Bibliothek, daher hier nur mal ein Link auf eine PDF von Prof. Wenzel:
Free-Energy Based All-Atom Protein Folding Using Worldwide Distributed Computational Resources
by T. Strunk, S. M. Gopal, K. Klenin, W. Wenzel

published in

From Computational Biophysics to Systems Biology (CBSB08),
Proceedings of the NIC Workshop 2008,
Ulrich H. E. Hansmann, Jan H. Meinke, Sandipan Mohanty,
Walter Nadler, Olav Zimmermann (Editors),
John von Neumann Institute for Computing, Julich,
?
NIC Series, Vol. 40, ISBN 978-3-9810843-6-8, pp. 381-384, 2008.
Grüße vom Sänger
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Re: Neues Projekt aus D: POEM@Home

Unread postby Michael H.W. Weber » 08.11.2008 07:49

sanhaji wrote:
1) From CASP we learned that POEM is really great in quality assessment.


Frei übersetzt:[i]
1) Aus CASP hat man gelernt, dass die Stärken von POEM in der Qualitätsbestimmung von Proteinen liegt (Verbesserung existenter Strukturen)

Es geht hier nicht um eine Verbesserung extistenter Strukturen, sondern um die Bewertung generierter Modelle. POEM scheint also besonders gut darin zu sein, die Qualität von Computermodellstrukturen zu bewerten.

Michael.
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Re: Neues Projekt aus D: POEM@Home

Unread postby DersaureFritz » 08.11.2008 10:39

Aber doch erstaunlich was POEM in der kurzen Zeit erreicht hat.Habe POEM bei mir auch mal wieder angeschmissen!Zur Zeit laufen dann 3.Projekte! :)
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Re: Neues Projekt aus D: POEM@Home

Unread postby sanhaji » 08.12.2008 18:58

Und wieder ein paar Infos vom Team, das vom CASP Treffen auf Sardinien zurückgekommen ist:
Hi again,

So first of all two targets, which we did good and bad at:

One target we are quite proud of is T0423
If you look at all the submitted models of this target, we come out first:
T0423
As POEMQA did refinement of the input structure, this means, that our way to refine really worked, as the structure is better than any of the ones we used as input.

One of the targets, which I found really interesting was target T0401:
T0401. POEMQA submitted a bad model (GDT-TS 27/100) and a good model (GDT-TS 65/100).
As the simulated energy of the bad model was quite a bit 'better' for the bad model, we investigated why this happened, as afterall there were structures of good topology in the populations we rated. It occurs, that T0401 naturally occurs as a dimer, so two of the same proteins are adjacent to each other; we however started the simulation from a monomer, because it was not known, that the protein occurs as a dimer before CASP.
The interesting part here now is, that if the protein would be isolated, our conformation could really be lower in energy, the interaction energy between the two domains however stabilizes the structure.

As I already said, overall the participation of POEM and POEMQA was a success. POEMQAs results were better than those of POEM, because most of the time POEMQA had access to populations of starting structures, which were already nearer the native structure.

Bye,
Timo!

http://boinc.fzk.de/poem/forum_thread.php?id=275&nowrap=true#2977

Edit:
Ich sehe grade das es das ganze hier auch auf deutsch gibt.

Interessant auch der Kommentar zu Rosetta:
Häufig wurde vom Robetta Server eine Struktur abgegeben, die besser als die POEM Strukturen war. Das ist hauptsächlich der Fall, weil Robetta in der ersten Strukturgenerierung besser ist als die Methoden, die wir vor dem Submit auf POEM@HOME zur Generierung verwenden.
Wenn wir nicht gerade bei CASP teilnehmen falten wir bei POEM ja meist "von 0" und suchen dann den Raum der interessanten Strukturen ab, dementsprechend benötigen wir da keine Startstrukturen ausser der komplett ausgedehnten.

Unsere Teilnahme war aber dennoch ein voller Erfolg, weil der Refinement-schritt auf POEM@HOME, der für unsere normalen Simulationen der wichtigste ist, immer gut funktioniert hat.
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Re: Neues Projekt aus D: POEM@Home

Unread postby DO3PSN » 26.01.2009 19:33

Es gibt jetzt eine "Projects"-Unterseite, zu finden auf der Homepage von POEM@home, auf der ein graphisches Modell des bisher besten Ergebnisses für die neuen Peptide-WUs ausgegeben wird und außerdem auch eine "Hitliste" der besten Ergebnisse zu finden ist. Sehr schön ist zu sehen, dass in dieser Hitliste das Charity Team mit Abstand die meisten Leute hat.

Gruß

Philipp
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Re: Neues Projekt aus D: POEM@Home

Unread postby Mario Kaiser » 26.01.2009 20:26

Hm, rechnen die nur hier?

Is ja nur einer von Team Rechenkraft (auf Platz 142). Ist hier so gut wie keiner bei POEM richtig dabei?
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Re: Neues Projekt aus D: POEM@Home

Unread postby X1900AIW » 26.01.2009 21:09

Es gibt hier und da eine Liste mit den Teamwechseln zum Charity Team, ich zähle mehrere (absteigend, ob es da Anzeige-Begrenzungen nach Datum etwa gibt, k.A.):
- vfrey
- Velociraptor
- Captain Janeway
- Greschi
- MarV-i-N
- Matthias
- dago.net
- guenterhb [Rechenkraft]
- DO3PSN
- CurlyM
- X1900AIW

Den etwaigen Einfluß auf die Mitgliederentwicklung durch das Benefiz Crunching entnimmt man z.B. folgender Grafik (kaum sichtbar):
http://www.allprojectstats.com/usergrap ... 58&team=57

Und das Team RKN nicht zu vergessen: es ist tüchtig dabei (boincstats, allprojectstats) hat im RAC aber drei Ränge verloren (6 auf 9). :worry: Der Rang 5 weltweit ist keineswegs in Gefahr.
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Re: Neues Projekt aus D: POEM@Home

Unread postby Mario Kaiser » 26.01.2009 22:49

Aber man muss doch nicht in das Charity-Team wechseln um daran teilnehmen zu können. Irgendwie habe ich jetzt noch nicht verstanden, warum alle in das Team für diese Aktion wechseln. (oder mein Englisch ist zu schlecht und ich habe es überlesen :oops: )
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Re: Neues Projekt aus D: POEM@Home

Unread postby Uwe Sänger Herzke » 26.01.2009 23:08

Grüße vom Sänger
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Re: Neues Projekt aus D: POEM@Home

Unread postby Mario Kaiser » 26.01.2009 23:25

Ah, ok, vielen Dank! Werde zwar nicht wechseln, aber hatte mich schon gewundert, warum ich ohne Ergebnisse um 10 Plätze (ca.) gestiegen war. Die werde ich wohl wieder fallen, wenn alle zurückkehren.
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