Neues Projekt aus D: POEM@Home

[laguna]

Wann ist denn CASP?

[Michael H.W. Weber]

Ein regelmäßig stattfindender "Wettbwerb" unter Proteinstrukturvorhersagern.

Michael.

[laguna]

Ein regelmäßig stattfindender "Wettbwerb" unter Proteinstrukturvorhersagern.

Michael.

Ähhhm... lesen bildet.
Ich fragte NICHT was, sondern wann...
Was CASP ist, weiß ich.

[Michael H.W. Weber]

Oh, entschuldige bitte. Also die CASP8-Strukturvorhersagen finden zwischen Mai und August statt. Details: http://www.predictioncenter.org

Michael.

[laguna]

Oh, entschuldige bitte. Also die CASP8-Strukturvorhersagen finden zwischen Mai und August statt. Details: http://www.predictioncenter.org

Michael.

Danke.

Prediction season will run from early May through early August 2008. The first prediction targets will be released not earlier than May 5, 2008; the last prediction targets will be released not later than July 18, 2008; prediction season will end not later than August 1, 2008.

[sanhaji]

Gute Neuigkeiten aus Karlsruhe:
Wie der Projektleiter Dr. Wolfgang Wenzel heute bekannt gab, wurde ein neues Protein gefalten (Das größte bei POEM@home bislang). Das Team arbeitet schon an einer schönen Resultate-Seite. Zusätzlich sollen einige Videos zum Faltungsprozess veröffentlicht werden.

http://boinc.fzk.de/poem/forum_thread.p ... =true#1781

Bezüglich CASP sagte er:

Hallo !

Wir haben uns bei CASP schon registriert und werden defintiv mitmachen. Leider ist der Antrag, der die Leute dafür finanzieren soll noch nicht zu Ende begutachtet. Wir werden aber mit den jetzt verfügbaren Leuten mitmachen und ein paar externe werden sich auch beteiligen. Wir haben ja etwa 100 Targets. Die ersten Testeläufe mit alten Targets sind auch schon durch und wir sind optimistisch, dass das Protokoll steht, wenn es dann richtig losgeht.

In jedem Fall müssen dann für jedes Target zehntausende Modelle in kurzen Relaxationsläufen durch POEM bewertet werden. Das generiert über die Laufzeit von CASP zig Millionen WU's von etwa dem Typ wie sie jetzt meist laufen.

Für jede Unterstüzung sind wir dankbar. Das letzte Mal konnten wir nur 27 von Hundert Targets machen, well die Rechnenleistung einfach nicht gereicht hat. Da CASP aber alle nicht bearbeiteten Targets einfach als "falsch vorhergesagt" bewertet, hat das unsere guten Prognosen im template-free modelling leider nach unten gezogen. Die Referees im template-free modelling Bereich haben zwar gesagt, dass wir die 5.-beste Gruppe überhaupt waren, aber das die Statistik (aus den genannten Gründen) nicht hinreichend war.

Wir werden uns deshalb in dieser Runde sehr anstrengen, alle Targets zu behandlen, denn nur so bekommen wir eine faire Bewertung unseres Verfahren. Dazu sind wir auf Eure Hilfe angewiesen, denn die lokale Rechneleistung reicht nie und nimmer.

Beste Grüße
WW

PS: Wir werden Benchmarks der Testläufe auf die Resultspage stellen, das wird aber noch etwas dauern.

http://boinc.fzk.de/poem/forum_thread.p ... =true#1773

Also zu CASP sollten wir dann bei dem Projekt meiner Meinung nach alles geben!

Eine neue interessante Seite wurde von noch Timo Strunk eingerichtet: Sie Zeigt aktuelle technische Daten zu dem Projekt (noch in Beta-Phase und sehr lange Ladezeiten)
http://boinc.fzk.de/poem/poem_server_status.php

[Michael H.W. Weber]

Also zu CASP sollten wir dann bei dem Projekt meiner Meinung nach alles geben!

Allerdings. Ich werde deshalb dieses Mal auch für POEM@home und nicht für Rosetta rechnen.

Michael.

[Bommer]

Hallo

Wir sollten dann zum gegebenen Zeitpunkt unsere Rechner auf POEM ansetzten. Schon deswegen weil es auch ein deutsches Projekt ist !!!

Also jetzt schon sich um zusätzliche Rechenleistung kümmern, wenns dann soweit ist, dass nur noch umgestellt werden muss.


Gruss Bommer

[sanhaji]

Und da ist die angekündigte Result-Page:
http://boinc.fzk.de/poem/index.php?section=resultpage

Es handelt sich um das Protein 1UXD, ein Fructose Repressor des Escherichia coli Bakteriums.

[X1900AIW]

Schöne Bilder und Videos, kann man sich so ein Video eigentlich in gif umwandeln, für ein Signatur-Bild ? Natürlich nur um Werbung für POEM zu machen

[hias]

Schöne Bilder und Videos, kann man sich so ein Video eigentlich in gif umwandeln, für ein Signatur-Bild ? Natürlich nur um Werbung für POEM zu machen

Musst es halt zuerst runterladen. Dann die Flashdatei umwandeln in ein mpeg format und dann wirds da sicher schon programme für geben. Einfach mal nach "mpeg to gif" oder so suchen.

[Schnizzel]

Das fände ich ja schon fast nen ehrenswerteren Grund eine TF anzusetzen als die Begründung : " wir rutschen bei Projekt X demnächst unter Platz XY, lasst uns ma wieder ne TF machen und unseren Platz verteidigen!"
Was meint Ihr?
Was ist dieses CAPS eigentlich? Bzw. wann geht das los? Gibts da nen Termin?

Grüße