Currently Running Projects (bei FAH)

Analyse und Vorhersage von Struktur und Faltungsweg (FAH, POEM@home, Rosetta@home, HPFP, ...)

Currently Running Projects (bei FAH)

Unread postby Sven » 07.08.2007 13:00

Unter obiger Überschrift gibt es eine Seite von FAH (im Wiki verlinkt), auf der alle derzeit laufenden Projekte aufgelistet und beschrieben werden.

Schaue ich mir meinen FahMon an, dann bei mir gerade mit einem SREM Gromacs Core gearbeitet. Den finde ich auf der Seite aber nicht.

Wie ist das zu deuten?
Sven
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Unread postby Michael H.W. Weber » 07.08.2007 18:25

Der "SREM core" (auch GroST genannt; steht für "Gromacs Serial replica exchange with Temperatures") ist eine spezielle Simulationsmethode, die dazu dient, sogenannten lokalen Energieminima zu entkommen. Und das bedeutet folgendes: Bei den "molecular dynamics"-Simulationen kommt es oft vor, dass der Faltungsprozess in einem sogenannten "Energietal" stecken bleibt. Das heisst, das Programm denkt, es hat einen Proteinzustand minimaler Energie (größerer Stabilität) gefunden. Nach Überwinden einer höheren Energiebarriere jedoch findet sich dann womöglich ein anderer Zustand mit noch geringerer Energie. Nun reichen aber die physikalischen Randbedingungen der Simulation nicht aus, diese Barriere zu überwinden, d.h. das Programm "steckt fest". Der "SREM core" lässt nun genau dieselbe Situation erneut bei einer höheren Temperatur ablaufen. Unter solchen Bedingungen kann das Protein die Energiebariere überwinden (bei höherer Temperatur überträgt z.B. ein Lösungsmittel wie Wasser statistisch gesehen mehr Energie durch Zusammenstöße auf das Protein und ermöglicht diesem somit, sich heftiger zu bewegen) und es kann geschaut werden, ob sich dahinter ein noch günstigerer Zustand verbirgt. Hier etwas Literatur zu dieser Methode.
Der "SREM core" ist also ein ganz normaler Teil des FAH-Projekts für das es bestimmte WUs gibt.

Michael.
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Unread postby Sven » 08.08.2007 06:17

SREM Gromacs = GROST bleibt mir zwar weiterhin ein Rätsel, aber Deine Erläuterung ist um Längen besser als das, was auf der Projektseite geboten wird.
Danke.
Sven
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Unread postby Michael H.W. Weber » 08.08.2007 06:51

Sven wrote:SREM Gromacs = GROST bleibt mir zwar weiterhin ein Rätsel, aber Deine Erläuterung ist um Längen besser als das, was auf der Projektseite geboten wird.
Danke.

Was genau verstehst Du denn nicht? Vielleicht lässt es sich noch anders erklären. :D

Michael.
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Unread postby Sven » 08.08.2007 07:38

Ist doch ganz einfach. Ich schaue ab und an mit Hilfe des FahMon-Tools nach dem aktuellen Stand der Dinge und da wird von einem SREM Gromacs Core gesprochen. Also habe ich mir gestern bei Durchsicht des Wiki's gedacht, sieh mal nach was das genau ist. => http://fah-web.stanford.edu/psummary.html Hier konnte ich aber diesen Kern nicht finden.
Dabei habe ich natürlich das Pferd von hinten aufgezäumt, ich hätte ja mit der WU-Bezeichnung die mir der Client bekannt gibt suchen sollen. (Ich verwende gerade die GUI-Version unter Windoof.) Da wird aber nur von Gromacs gesprochen.

Das SREM hat mich also irgendwie irritiert bzw. neugierig gemacht.
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