DNA@home

Analyse und Vorhersage von Struktur und Faltungsweg (FAH, POEM@home, Rosetta@home, HPFP, ...)

DNA@home

Unread postby Michael H.W. Weber » 27.01.2012 13:42

Heute erhielt ich erstmals endlich ein paar WUs von diesem Projekt. Ich habe mir die Dateien im zugehörigen BOINC-Projektverzeichnis mal im Detail angesehen und es handelt sich dabei um Untersuchungen des Genoms von Mycobacterium tuberculosis - also des Tuberkulose-Erregers (ein Gram positives Bakterium). Genauer gesagt werden dort die DNA-Sequenzen untersucht, die unmittelbar stomaufwärts der proteinkodierenden Gene liegen. Man bezeichnet diese Regionen als 5'UTRs (am 5' Ende gelegene untranslatierte Bereiche). Ich weiß nun aber nicht, ob diese Sequenzabschnitte experimentell bestimmt wurden oder einfach auf Computerrechnungen basieren.
Nach Lesen der Webseitenprojektbeschreibung gehe ich davon aus, dass die dort nach regulatorischen Elementen suchen, die von Transkriptionsfaktoren erkannt werden.

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Re: DNA@home

Unread postby Ananas » 03.03.2012 01:15

Auch wenn es vermutlich bereits jeder mitbekommen hat ... das Projekt ist umgezogen nach hier : http://volunteer.cs.und.edu/dna/
vi BOINC/checkin_notes
:1,$s/bug/feature/g
:wq!

Erzaehlen sich Biologen eigentlich Klein-RNA-Witze?
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Re: DNA@home

Unread postby Michael H.W. Weber » 03.03.2012 11:10

Das heisst doch aber hoffentlich nicht, dass dies nicht BOINC-intern automatisch angepaßt wird? Andernfalls saugt ja jeder angeschlossene Client an der falschen URL... :roll:

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Re: DNA@home

Unread postby Uwe Sänger Herzke » 03.03.2012 11:31

Michael H.W. Weber wrote:Das heisst doch aber hoffentlich nicht, dass dies nicht BOINC-intern automatisch angepaßt wird? Andernfalls saugt ja jeder angeschlossene Client an der falschen URL... :roll:

Michael.

Doch, eine URL-Änderung wird nicht an den BOINC-Client übergeben. Da kommen nur folgende Meldungen:
Code: Select all
28-Feb-2012 18:59:00 [DNA@Home] [sched_op] Starting scheduler request
28-Feb-2012 18:59:00 [DNA@Home] Sending scheduler request: To fetch work.
28-Feb-2012 18:59:00 [DNA@Home] Requesting new tasks for CPU
28-Feb-2012 18:59:00 [DNA@Home] [sched_op] CPU work request: 1.00 seconds; 0.07 CPUs
28-Feb-2012 18:59:00 [DNA@Home] [sched_op] NVIDIA GPU work request: 0.00 seconds; 0.00 GPUs
28-Feb-2012 18:59:02 [DNA@Home] Scheduler request completed: got 0 new tasks
28-Feb-2012 18:59:02 [DNA@Home] [sched_op] Server version 611
28-Feb-2012 18:59:02 [DNA@Home] You used the wrong URL for this project.  When convenient, remove this project, then add http://volunteer.cs.und.edu/dna/
28-Feb-2012 18:59:02 [DNA@Home] Project has no tasks available
28-Feb-2012 18:59:02 [DNA@Home] Project requested delay of 7 seconds
28-Feb-2012 18:59:02 [DNA@Home] [sched_op] Deferring communication for 7 sec
28-Feb-2012 18:59:02 [DNA@Home] [sched_op] Reason: requested by project


Und selbst einen IP-Wechsel bei gleicher URL bekommt BOINC nur nach einem Neustart hin, da schient zwischendurch keine DNS-Abfrage stattzufinden. Das habe ich gerade bei radioactive erlebt.

Edith sagt:
Das Ganze kann natürlich halbautomatisch mit einem Kontenmanager laufen, bei Willys BAM! gibt's dann einen delayed detach, also abmelden nach Fertigstellung aller vorhandener Wutzen, und einen attach zu neuen URL.
Grüße vom Sänger
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Re: DNA@home

Unread postby Ananas » 13.03.2012 09:40

Wobei der Umzug dem User natuerlich nur so lange gemeldet wird, wie der alte Scheduler noch laeuft, ansonsten gibt's nur Kommunikationsfehler ohne Hinweis auf die Ursache.

Auch You used the wrong URL for this project. When convenient, remove this project, then add ... kommt nicht automatisch, das muss der Admin konfigurieren.
vi BOINC/checkin_notes
:1,$s/bug/feature/g
:wq!

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Re: DNA@home

Unread postby Michael H.W. Weber » 13.03.2012 12:42

Also in der Praxis war es nun so, dass zunächst im BOINC Manager zwei DNA@home Projekte auftauchten. Eines mit der alten URL, ein zweites mit der neuen. Nach einiger Zeit war dann das veraltete verschwunden. So läuft es also, wenn man über BAM! seine Projekte verwaltet.

Michael.
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