Gibt es einen Wegweiser im Proteindschungel?

Analyse und Vorhersage von Struktur und Faltungsweg (FAH, POEM@home, Rosetta@home, HPFP, ...)

Gibt es einen Wegweiser im Proteindschungel?

Unread postby Mad Matt » 06.02.2010 11:55

POEM, Folding, Rosetta, WCG-Folding, GPUGRID und so weiter... Ich blicke ehrlich gesagt nicht mehr durch. Gibt es für Euch einfache Kriterien, nach denen Ihr die einzelnen Projekt bewertet (außer dem Gütesiegel)? Was grenzt sie voneinander ab, wo ergänzen sie sich und wo lohnt sich das Engagement aus Eurer Sicht besonders?

Ich finde das als Laie gerade fast unmöglich zu entscheiden. :worry: Vielleicht gibt es ja einige Experten, die es mit einfachen Worten erklären können?
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Re: Gibt es einen Wegweiser im Proteindschungel?

Unread postby Ritschie » 06.02.2010 12:31

Tja,

wirklich nicht leicht. Für mich sind folgende Kriterien entscheidend:

1. nichtkommerziell (ich seh nicht ein, Rechenresourcen und Geld zur Verfügung zu stellen, damit Firmen verdienen)
2. seriös, also durchgeführt von Unis, TUs, o.ä. (wobei das schwer zu beurteilen ist, da kann auch ich nur Vermutungen anstellen)
3. deutsche oder zumindest europäische Projekte (ein bisschen Patriotismus muss sein ;) )
4. Linux-Clients (ganz persönliche Geschichte, da ich zu 80-90% Linux nutze - nur Spinhenge zu liebe hab ich noch Win am Laufen)

Was die Sinnhaftigkeit der einzelnen Projekte anbelangt, kann ich leider nicht viel sagen, da mir das wissenschaftliche Wissen dazu fehlt. Aber ich halte SIMAP für sinnvoll, da sie eine öffentlich zugängliche Datenbank bzgl. der Ähnlichkeiten von Proteinen erstellt haben und diese nun auf dem Laufenden halten. Wie frequentiert diese Datenbank ist und wie hoch ihr Nutzen ist, kann ich allerdings nicht beurteilen. Zudem hat SIMAP die volle Unterstützung durch die DC-Gemeinde wohl eher nicht mehr nötig, da es sich nur noch um temporäre (monatliche) Aktualisierungen handelt. Trotzdem ist SIMAP mein Lieblingsprojekt!

Wenn SIMAP nix zu rechnen hat, bekommt POEM (was Proteinberechnungen anbelangt) eben aus oben genannten Gründen meine Rechenkraft.

Gruß,
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Re: Gibt es einen Wegweiser im Proteindschungel?

Unread postby Michael H.W. Weber » 06.02.2010 12:48

Na, dann springe ich mal in die Bresche zur Klärung der noch offenen eher wissenschaftlichen Fragen. :D Auf den Punkt gebracht sind Folding@home und Rosetta@home die Projekte der Wahl. Folding@home befaßt sich eher mit der Dynamik des Proteinfaltungsweges - also wie wird aus einer linearen Kette von Aminosäuren Schritt-für-Schritt ein dreidimensionales Proteingebilde. Rosetta@home hingegen konzentriert sich auf die Proteinstrukturvorhersage und das Proteindesign. Der Faltungsprozeß an sich ist hier eher von untergeordneter Bedeutung. Man fragt dort also, welche dreidimensionale Gestalt nimmt eine vorgegebene Aminosäurekette letztlich ein. Und: Wenn ich ein Protein einer bestimmten Gestalt brauche (z.B. um auf der Oberfläche einer Zelle einen Rezeptor zu blockieren, den HIV zum Andocken benötigt), welche Aminosäurektte brauche ich? Das nur mal so zum Einstieg.
Und wenn man sich die Publikationslisten aller Projekte mal ansieht, wird auch recht schnell klar, wo hier rasante Forschung stattfindet und wo eher weniger.
Ich muß allerdings anfügen, daß viele der anderen Projekte ähnliche Ziele verfolgen, vermutlich weniger finanzielle Ressourcen zur Verfügung haben (und das wirkt sich sofort auf die Ergebnisproduktion aus) und alternative Ansätze verfolgen, die sehr wohl auch förderungswürdig sein können. Leider stellen diese Projekte ihre Unterschiede im Vergleich zu den großen für meinen Geschmack nicht ausführlich genug auf ihrere Webseite dar.

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Re: Gibt es einen Wegweiser im Proteindschungel?

Unread postby Ritschie » 06.02.2010 13:26

Michael H.W. Weber wrote:Ich muß allerdings anfügen, daß viele der anderen Projekte ähnliche Ziele verfolgen, vermutlich weniger finanzielle Ressourcen zur Verfügung haben (und das wirkt sich sofort auf die Ergebnisproduktion aus) und alternative Ansätze verfolgen, die sehr wohl auch förderungswürdig sein können.
Ein sehr interessanter Satz! Darüber sollte man durchaus nachdenken und nicht nur die Summe der wissenschaftlichen Veröffentlichungen betrachten. Das muss aber jeder für sich entscheiden.

Gruß,
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Re: Gibt es einen Wegweiser im Proteindschungel?

Unread postby Michael H.W. Weber » 06.02.2010 15:10

...das ist völlig richtig. Es ist eben nur insofern schade, weil man sich natürlich immer fragen muß, anhand welcher Kriterien, will man ein Projekt beurteilen? Oder anders gesagt: Wie soll ich ein Projekt einschätzen, wenn die nicht ausreichend zu Papier bringen?

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Re: Gibt es einen Wegweiser im Proteindschungel?

Unread postby Mad Matt » 06.02.2010 19:07

Danke, Michael. :good: Das war doch eine hilfreiche und verständliche Erklärung, mit der ich zumindest als Laie etwas anfangen kann. Wie beurteilst Du denn die Publikationen von POEM? Sicherlich sind die nicht so zahlreich wie bei Rosetta, aber das Projekt scheint rein numerisch wissenschaftlich recht aktiv zu sein.
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Re: Gibt es einen Wegweiser im Proteindschungel?

Unread postby Michael H.W. Weber » 06.02.2010 20:10

POEM@Home kann ordentlich was vorweisen, wie man hier sieht. Allerdings habe ich mich noch nicht im Detail mit den Unterschieden zwischen POEM@Home und den anderen Projekten befaßt.

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Re: Gibt es einen Wegweiser im Proteindschungel?

Unread postby Thomas515 » 07.02.2010 11:15

Eine Uni oder ähnliches sollte beteiligt sein, beim WGC kann man zusätzlich davon ausgehen, dass sich IBM die Projekte mal angesehen hat. Da hab ich die Hoffnung, dass die nicht jeden Mist nehmen. Und bisher bin ich eigentlich davon ausgegangen, dass GPU-Grid keine Proteine faltet?
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Re: Gibt es einen Wegweiser im Proteindschungel?

Unread postby Mad Matt » 07.02.2010 20:50

Thomas515 wrote:Und bisher bin ich eigentlich davon ausgegangen, dass GPU-Grid keine Proteine faltet?

Gut möglich, kam mir auch schon nach dem Tippen komisch vor. Aber wie gesagt, ich habe ziemlich den Durchblick verloren, wer da was und warum genau macht. :uhoh: Mir fällt allerdings noch ein, dass WCG-Folding mit der Rosetta 'engine' arbeitet, also wohl sicherlich zu den besonders hervorzuhebenden gehört.
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