WCG - Help Cure Muscular Dystrophie...

Medikamentensuche durch "Docking"-Simulationen (Discovering Dengue Drugs - Together, FightAIDS@home, Help Conquer Cancer, ...)

WCG - Help Cure Muscular Dystrophie...

Unread postby Michael H.W. Weber » 03.06.2007 07:49

...läuft bei mir nur mit 25% CPU-Leistung in paralleler Gegenwart von BOINC (egal mit welchem anderen Projekt. Getestet: Rosetta@home, RALPH, QMC@home, ABC@home) und mit maximal 60-75% wenn ich BOINC generell abstelle. Wieso nutzt das Projekt nicht dier komplette Rechenleistung? Ich habe die "preferences" geprüft. Die weisen Vollast an. Der Client will nicht hören... :funny:

Michael.
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Unread postby Rincewind » 03.06.2007 16:47

Da du ja den UD-Client laufen hast, könnte es daran liegen dass es ja generell nicht mit Volllast fährt, aber so weit ich mich erinnern kann mit 60% und nicht mit 25%. Du kannst dir ja mal das Tool das WCG bereit gestellt hat (so ordentlich wie wir sind haben wir es natürlich im Wiki verlinkt *g*) benutzen um die Resourcennutzung zu erhöhen.
Ihr sagt DC ist schlecht für die Umwelt? Ich hab Öko-Strom!

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Unread postby René » 04.06.2007 08:55

Hallo!

Also ich lasse den UD-Agent laufen. Bei "Proteome Folding 2" schwankt bei mir die CPU Leistung auch zwischen 100 % und 60 % auf und ab. Dafür wird reichlich Arbeitsspeicher verbraucht.

Gruß René
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Unread postby Dennis Kautz » 11.06.2007 22:20

Phase I von HCMD ist abgeschlossen.
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Re: WCG - Help Cure Muscular Dystrophie...

Unread postby CurlyM » 11.09.2008 08:05

Neuigkeiten zum HCMD-Projekt im WCG-Forum:
http://www.worldcommunitygrid.org/forum ... read=21876

Ein Übersetzungsversuch:

"Hallo,
hier sind ein paar Kurzmeldungen zum HCMD-Projekt:

Erstens: Phase II wird definitiv begonnen; ich arbeite gerade an der letzten Code-Version und hoffe sie gegen Ende des Monats an WCG übergeben zu können (danach müssen sie den Code testen und einen geeignten Zeitpunkt für den Start im Grid finden, da ja noch andere Projekte berechnet werden). Alessandra Carbone bereitet eine ausführlichere Stellungnahme zu diesem Thema vor.

Zweitens: Ich freue mich verkünden zu dürfen, dass unsere ersten Ausführungen zu diesem Projekt im "Journal of Molecular Biology" veröffentlicht worden sind; einen Auszug findet Ihr hier:
http://www.sciencedirect.com/science?_o ... 7dd06b5ed7
(Leider ist das pdf-File nicht kostenlos)
Dies ist ein weiterer wichtiger Schritt vorwärts, weil sich die Forschung bestimmt beschleunigt, wenn wir andere Forschungs-/Wissenschaftsgruppen ebenfalls für diese Sache (wie sagen wir "protein interaction partners" voraus und benutzen diese Vorhersagen für die Medikamententwicklung?) interessieren können :wink:

Viele Grüße, Sophie"
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Re: WCG - Help Cure Muscular Dystrophie...

Unread postby X1900AIW » 11.09.2008 09:08

31,50 Dollar für den Artikel ? Die spinnen die AMIs ... was kostet dann das ganze Heft ? :bugeye: Nein, schon o.k., Fachjournal eben, hätte nur erwartet, etwas mehr an Information online lesen zu "dürfen".

Vielleicht wird Alessandra Carbone in dem besagten Posting Einiges "verraten".
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Re: WCG - Help Cure Muscular Dystrophie...

Unread postby CurlyM » 13.09.2008 09:53

... und hier ist auch schon die Stellungnahme von Alessandra Carbone im WCG-Forum:
http://www.worldcommunitygrid.org/forum ... read=21877

Eine Übersetzung:
"Hallo,
hiermit gebe ich bekannt, dass wir die Analyse aller Daten aus Phase I beendet haben, und dass wir bald so weit sein werden mit dem Start von Phase II fortzufahren! Wir haben eine sehr gute Schnittstelle zwischen JET und MAXDO (JET ist das Programm für die Vorhersage von "interaction sites" und MAXDO ist das im Grid laufende Docking-Programm) und dies ermöglicht es uns die Anzahl von Docking-Schnittstellen bei Protein-Paaren drastisch zu reduzieren.

Der MAXDO-Code wird in den kommenden Wochen abgeschlossen und dann in etwa drei Wochen an WCG übergeben. Das bedeutet nicht, dass das WCG-Team sofort die Arbeit damit aufnimmt, da sie es an Ihre Abläufe anpassen müssen. Wenn sie den Code haben, werden sie ein ungefähres Datum für den Beginn der Phase II bekannt geben.

In der Zwischenzeit werden wir die Liste der zu dockenden Proteine in Phase II schliessen und wir werden JET auf unseren Rechnern laufen lassen, um mögliche "interaction sites" zu finden. Diese Fünde filtern den MAXDO-Input heraus und reduzieren so die Anzahl der zu crunchenden "docking faces" im Grid.

Ich möchte Euch allen sehr für die Unterstützung in diesen Monaten und davor danken, die Ihr uns mit Eurer Rechnerzeit gegeben habt. Wir freuen uns alle auf die baldige Zusammenarbeit!

MFG
Alessandra"
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Re: WCG - Help Cure Muscular Dystrophie...

Unread postby CurlyM » 26.02.2009 20:11

Neues vom Help Cure Muscular Dystrophy-Projekt im WCG-Forum:
http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread?thread=24641&offset=0

Beginn für HCMD2 warscheinlich Mitte April 2009!!! 8)

Dear all,

We arrived to the launch of HCMD2. The World Community Grid team estimates that the projectwill start in mid-April, 2009. We ultimated everything from our side, MAXDo is in the hands of WCG and the work units are on their way.

HCMD2 will study cross docking of 2246 human protein structures. In total we shall dock 2 466 753 pairs of proteins among the 2246x2246 possible
ones. This means that 913 627 781 945 docking initial positions should be computed by a full cross-docking. By using JET (which predicts protein-protein interfaces), we can reduce the docking space of 87%, that is we shall have only 118 771 611 652 conformations to be analyzed by MAXDo. This makes the computation feasible on WCG! THANKS to you!!

The set of proteins we shall dock contains all proteins known to have a role in muscular dystrophy (MD). In the set, the vast majority of other proteins are potential targets of the MD subset and in the project we shall evaluate the potential interactions between them.

You can find information on the work done in these last months at http://www.ihes.fr/%7Ecarbone/HCMDproject.htm

Looking forward to work with you again very soon.

My best regards,

Alessandra




Der Versuch einer Übersetzung:
Hallo zusammen,

Wir stehen vor dem Start von HCMD2. Das World Community Grid Team glaubt, dass das Projekt Mitte April 2009 beginnen wird. Von unserer Seite ist alles abgeschlossen, MAXDo liegt in den Händen des WCG und die WUs sind auf dem Weg.

HCMD2 wird das Cross Docking von 2246 menschlichen Protein-Strukturen untersuchen. Insgesamt werden wir 2 466 753 Protein-Paare von den 2246x2246 möglichen docken. Dies bedeutet, dass 913 627 781 945 "docking initial positions" mittels "full cross-docking" berechnet werden sollten. Durch die Verwendung von JET (sagt die Protein-Protein-Schnittstellen voraus), können wir den Docking-Raum um 87% reduzieren, d.h. wir haben nur 118 771 611 652 Anpassungen mit MAXDo zu analysieren. Dies macht die Berechnung im WCG möglich! Dank Euch!

Der Satz Proteine, den wir "docken" werden, enthält alle Proteine bei denen bekannt ist, dass sie eine Rolle bei der Muskeldystrophie (MD) spielen. Dabei sind die große Mehrheit der anderen Proteine potentielle Ziele der MD "subset" und im Rahmen des Projekts werden wir die möglichen Wechselwirkungen zwischen ihnen bewerten.

Hier findet Ihr Informationen über die in den letzten Monaten geleistete Arbeit: http://www.ihes.fr/%7Ecarbone/HCMDproject.htm

Wir freuen uns, wieder sehr bald mit Euch zu arbeiten.

Meine besten Wünsche,

Alessandra Alessandra
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Re: WCG - Help Cure Muscular Dystrophie...

Unread postby Michael H.W. Weber » 27.02.2009 10:21

Da sollten wir dann sofort nach Verfügbarkeit mal wieder ein par WUs ranrechnen... :smoking: Und es ggf. zum PdM April machen.

Michael.
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Re: WCG - Help Cure Muscular Dystrophie...

Unread postby DO3PSN » 01.03.2009 17:05

oder eine TF?

Gruß

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Re: WCG - Help Cure Muscular Dystrophie...

Unread postby Michael H.W. Weber » 01.03.2009 19:16

DO3PSN wrote:oder eine TF?

Von mir aus auch das. :D

Michael.
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Re: WCG - Help Cure Muscular Dystrophie...

Unread postby DO3PSN » 02.03.2009 18:51

Michael H.W. Weber wrote:
DO3PSN wrote:oder eine TF?

Von mir aus auch das. :D

Michael.


Dann würde ich sagen, können wir ja mal abwarten, wie stabil die neuen WUs sind und ob es Probleme damit gibt und dann Mitte Mai oder so in etwa eine TF machen.

Das wäre zumindest mein Vorschlag. Mal schauen, was ihr davon haltet

Gruß

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