3. Marburger Vereinsmesse...

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Robert Prinz

Re: 3. Marburger Vereinsmesse...

#37 Ungelesener Beitrag von Robert Prinz » 10.02.2010 11:58

Jaja, gut! ;)

Torbjörn Klatt
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Re: 3. Marburger Vereinsmesse...

#38 Ungelesener Beitrag von Torbjörn Klatt » 11.02.2010 10:07

Ein Vorschlag einer Quelle für schöne und freie Bilder und Grafiken von Proteinen: http://www.pdb.org - RCSB Protein Data Bank
http://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=general_information/about_pdb/policies_references.html hat geschrieben:Usage Policies
Data files contained in the PDB archive (ftp://ftp.wwpdb.org) are free of all copyright restrictions and made fully and freely available for both non-commercial and commercial use. Users of the data should attribute the original authors of that structural data. By using the materials available in the PDB archive, the user agrees to abide by the conditions described in the PDB Advisory Notice.

Molecular images from RCSB PDB Structure Summary pages are available under the same conditions. The authors of the structural data producing the image and the RCSB PDB should be cited.

Molecule of the Month illustrations are copyrighted. They are available for educational purposes, provided attribution is given to David S. Goodsell and the RCSB PDB. Molecule of the Month articles are copyrighted by the RCSB PDB and the authors of the article. Text can only be reprinted with permission, with attribution, and without the right to manipulate or change its content. To request permission, please contact info@rcsb.org.

All other articles and text on the RCSB PDB site are copyrighted. Permission to use these materials may be requested by contacting info@rcsb.org
Ein Beispiel zur Nutzung am Beispiel einer Protease von HIV mit großer Relevanz zu/bei FAAH. Man nehme das im Volltext frei verfügbare Paper von FAAH "Analysis of HIV Wild-Type and Mutant Structures via in Silico Docking against Diverse Ligand Libraries" [1] und schaue sich das Molekuel an, welches man unter PDB-Accesscode 2BPZ bekommt. Es handelt sich um einen Protein-Molekül-Komplex, genauer genommen einer Protease von HIV-1 mit dessen Inhibitor. Das kleine "Strich-Molekül" weiter unten in der Grafik ist der Inhibitor.
Die einfache Grafik kann man schon auf der PDB-Seite selber sehen. Weitere Darstellungen kann man sich selbst am PC produzieren, indem man sich das .pdb-file herunter laed und in dem freien Viewer UCSF Chimera anschaut. Das könnte dann zum Beispiel so aussehen
2BPZ.jpg
eine Darstellung des HIV-1 Protease-Inhibitor-Komplexes (PDB: 2BPZ), erstellt mit UCSF Chimera
2BPZ.jpg (81.67 KiB) 4722 mal betrachtet
Wenn jemand mit x3d-Dateien zurecht kommt, ließen sich auch kleine Film-Sequenzen der Protein-Inhibitor-Komplexe mit Chimera erstellen und präsentieren.

Viele Gruesse,
Bohne

PS: Ich überlege gerade, ob ich (sobald ich das neue FAAH-Paper habe) eine kleine, für Laien verständliche Zusammenfassung der Docking-Simulationen und Molecular-Dynamics-Simulation bei FAAH schreibe.

---
[1] genaue APA-Referenz: Chang, M.W., Lindstrom, W., Olson, A.J., et al. (2007). Analysis of HIV Wild-Type and Mutant Structures via in Silico Docking against Diverse Ligand Libraries. J. Chem. Inf. Model. 47(3), 1258?62. doi:10.1021/ci700044s
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Re: 3. Marburger Vereinsmesse...

#39 Ungelesener Beitrag von yoyo » 11.02.2010 13:28

Bohne2k7 hat geschrieben: PS: Ich überlege gerade, ob ich (sobald ich das neue FAAH-Paper habe) eine kleine, für Laien verständliche Zusammenfassung der Docking-Simulationen und Molecular-Dynamics-Simulation bei FAAH schreibe.
Das wäre auf alle Fälle super und einen Newsletter wert.
HILF mit im Rechenkraft-WiKi, dies gibts zu tun.
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Robert Prinz

Re: 3. Marburger Vereinsmesse...

#40 Ungelesener Beitrag von Robert Prinz » 13.02.2010 18:10

es werden noch Abbildungen für Erdbeben und das Projekt DIMES benötigt.

Txt.file

Re: 3. Marburger Vereinsmesse...

#41 Ungelesener Beitrag von Txt.file » 14.02.2010 10:59

DIMES:
http://www.chrisharrison.net/projects/InternetMap/ ... sehr schöne Karte. Etwas veraltet, aber ist ein echter Blickfang.
http://www.netdimes.org/new/?q=node/13 ... DIMES hat auch ein paar papers im Angebot

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Karte auf http://qcn.stanford.edu/sensor/

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Re: 3. Marburger Vereinsmesse...

#42 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 23.02.2010 06:10

Hier nun der Belegungsplan zur Vereinsmesse mit einigen zusätzlichen Infos.

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Re: 3. Marburger Vereinsmesse...

#43 Ungelesener Beitrag von Uwe Sänger Herzke » 24.02.2010 16:59

Michael H.W. Weber hat geschrieben:Hier nun der Belegungsplan zur Vereinsmesse mit einigen zusätzlichen Infos.

Michael.
Zwischen den Pufferküssern und den Sterndeutern. Und vor allem nahe an der Bewirtung ;)
Grüße vom Sänger
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Re: 3. Marburger Vereinsmesse...

#44 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 24.02.2010 17:05

Sänger hat geschrieben:Zwischen den Pufferküssern und den Sterndeutern. Und vor allem nahe an der Bewirtung ;)
Genau. Und zwischen uns und erstere habe ich noch eine zusätzliche Trennwand organisiert, auf die wirk plakatieren dürfen... :evil2:

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Re: 3. Marburger Vereinsmesse...

#45 Ungelesener Beitrag von M. Franckenstein » 05.03.2010 18:17

viel Spaß und Erfolg morgen ... :wave:

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Re: 3. Marburger Vereinsmesse...

#46 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 05.03.2010 23:34

Danke! Es ist alles vorbereitet und bereits aufgebaut. :D

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Re: 3. Marburger Vereinsmesse...

#47 Ungelesener Beitrag von Torbjörn Klatt » 06.03.2010 08:23

Wünsche euch auch viel Spaß. Ihr könnt ja ein bisschen twittern und die daheim gebliebenen ein wenig das Gefühl geben, dabei zu sein. :)

Grüße,
Bohne
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Re: 3. Marburger Vereinsmesse...

#48 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 06.03.2010 19:56

Jungs, unser Messeauftritt war ein voller Erfolg. :D Wir hatten einen Beamer, 7 Poster und zwei Laptops dabei. Die neuen Visitenkarten waren ebenfals noch rechtzeitig mit Lasses Hilfe eingetrudelt und wir konnten Dank bestelltem WLAN sozusagen voll interaktiv aufschlagen. Es war ein großes Interesse da und ich hatte den Quake Catcher Sensor dabei und konnte Erdbebendetektion vor Ort präsentieren. Die Leute waren begeistert und unsere Flyer gingen auch ganz gut weg. Fotos vom Stand habe ich auch gemacht, lade ich später mal hoch. Die Presse hat auch fotografiert, der Bürgermeister war kurz am Stand, also alles in allem ein guter Erfolg.

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