neues Projekt unter WCG: Nutritious Rice for the World

QuChemPedIA@home, TN-Grid etc.
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Michael H.W. Weber
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#13 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 12.05.2008 22:29

omega hat geschrieben:Jetzt wird halt der Computer zu Hilfe genommen, um rauszubekommen welche Pflanzen man am Besten miteinander kreuzt, um dem Ziel näher zu kommen, ohne dass man alle Reissorten tatsächlich miteinander kreuzen muss, wie das bisher der Fall war.
So, so. Und jetzt verrätst Du mir bitte mal, wie man aus der Kenntnis der (theoretischen) Proteinstrukturen ableiten kann, was man sinnvoll womit kreuzt.

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#14 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 12.05.2008 22:43

Michael H.W. Weber hat geschrieben:Es handelt sich offenbar um ein auf Rosetta@home basierendes Projekt...
Das muß ich korrigieren. Das Projekt ist zwar an der selben Uni beheimatet, wie Rosetta@home, benutzt aber ein selbst entwickeltes Strukturvorhersageprogramm (Protinfo), das übrigens auch an CASP8 teilnimmt.
Während ich den Proteinvorhersageansatz insbesondere wegen eines neuen Systems befürworten würde, halte ich die vorgegebene Anwendung für nicht sonderlich durchdacht. Die Strukturkenntnis reicht meiner Einschätzung nach nicht im Geringsten. Das aber wird vorgeschoben - was das Projekt für mich fragwürdig werden läßt. Man hat immerhin daran gedacht, daß die kompletten intrazellulären Regulationsnetzwerke auch eine Rolle spielen, in der Projektbeschreibung läßt aber nichts darauf schließen, daß Daten dazu tatsächlich einfließen. Ich halte es deshalb schlicht für ein neues Proteinstrukturvorhersagesystem.

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arminius

#15 Ungelesener Beitrag von arminius » 13.05.2008 07:43

Habe mit viel Interesse von dem neuen Projekt gelesen, auch Eure Anmerkungen.
Ganz sicher, wie ich das Projekt nun einstufen soll, bin ich immer noch nicht. Zum einen denke ich, dass eine Uni Washington kein Projekt lanciert und (ggf.) finanziell unterstützt (möglicherweise geschieht dies auch durch Drittmittel?) und dieses nicht ergebnisorientiert ist. Auch hängt [[WCG]] nicht jedes x-beliebige Projekt in sein Grid, so dass ggf. auch hier eine Prüfung vorgenommen wurde, ob es Aussicht auf Erfolg hat.
Zum anderen finde ich es sehr gut, dass hier nicht jede Information einfach hingenommen wird, sondern kritisch hinterfragt. Nur, meine ich, stochern wir ein wenig im Nebel, so lange man nicht den Betreiber in diese Fragen einbindet.
Wir sollten nicht vergessen, dass dieses Forum einer Vielzahl von Gleichgesinnten zur Meinungsbildung dient und wir nicht ein einem kleinen Kämmerlein vor uns hinschreiben.
Aus diesem Grund wäre es gut, den Hintergrund zu objektiv wie möglich zu erfragen und zu beschreiben.
Es wäre schade um jeden Recheneinheit, die für ein möglicherweise gutes Projekt verloren geht, weil in dem Forum zu viele Zweifel, aber so wenig Antworten zu finden waren / sind.
Ich würde mich daher sehr freuen, wenn sich jemand von uns mit den Betreiber in Verbindung setzen könnte und diesen um Antworten bittet. Bei mir scheitert es leider schon an meinen Englischkenntnissen :-(
Danke,
a.

L3v3l0rd

#16 Ungelesener Beitrag von L3v3l0rd » 13.05.2008 08:30

X1900AIW hat geschrieben:Meine Bedenken: Geht es um grüne Gentechnik oder nicht ? Anstatt die vorhandenen alten Reissorten zu nutzen, die m.W. in engen lokal Verbreitungsgebieten (China bspw.) einen sehr hohen Ertrag und eine "natürliche" Resistenz entwickelt haben, sollen also neue Sorten gefunden werden. Bin ich prinzipiell DAGEGEN.
So sehe ich das auch auch. Natürlich schützt sich die Natur durch Sortenvielfalt, die durch die Einführung der GVO´s aber schon jetzt extrem dezimiert wurde, zumindest bei Baumwolle in Indien und z.B. Mais in Mexico.

Hierzu noch interessant: http://www.navdanya.org/
und eine sehr interessante Doku über Monsanto: http://www.arte.tv/de/content/tv/02__Co ... 50490.html
http://www.arte.tv/de/content/tv/02__Co ... 12698.html

Bei diesen "Geschäften" gehts IMHO nicht darum Reis herzustellen, der armen Bauern hilft gegen Schädlinge vorzugehen, sondern darum den Bauern ein Markenprodukt aufzuzwingen, das lizensiert werden muß, jedes Jahr neu gekauft werden muß und dafür 4mal teurer ist als das ursprüngliche Saatgut. (Siehe Bsp Baumwolle in Indien, dessen Saatgutmarkt fast vollständig von Monsanto beherrscht wird)

Wird mir meine Behauptung von den Machern nicht hieb- und stichfest widerlegt, gibts keine Rechenzeit.

Gruß, L3v3l

hias
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#17 Ungelesener Beitrag von hias » 13.05.2008 08:41

Sowas gabs doch schon auch mal in China erinnere ich mich grad. Haben wir mal in Erdkunde durchgenommen. Da gab es auch Züchtungen die mehr Ertrag bringen sollten, aber um die durchzubringen mussten die Bauern unmengen an Herbiziden und Pestiziden einkaufen.

Noch dazu zweifle ich auch an den Sachen die MW schon anspricht, woher soll man dies aus den Proteinstrukturen herausfinden? Das leuchtet ja sogar mir als Laien ein das da noch irgendeine Technik hinzugefügt werden muss.

Und ich meine, was die Natur in tausenden von Jahren gemacht hat ist auf jedenfall nicht schlecht. Deswegen werden da so Kreuzversuche die mir eher nachm Zufallsprinzip erscheinen auch nicht grad um längen besser sein.

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Michael H.W. Weber
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#18 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 13.05.2008 10:52

arminius hat geschrieben:Ganz sicher, wie ich das Projekt nun einstufen soll, bin ich immer noch nicht.
Ja, es bleibt eben die Frage, ob eine alternative Methode zur Proteinstrukturvorhersage das eigentliche Ziel des Projekts ist. Dann nenne ich es Deckmäntelchenprojekt, wie HCC und meine damit nicht, daß das Projekt schlecht ist, sondern daß man es hätte klar betiteln sollen statt Primärziele vorzugeben, die (bestenfalls) Sekundärziele sein können.
arminius hat geschrieben:Zum einen denke ich, dass eine Uni Washington kein Projekt lanciert und (ggf.) finanziell unterstützt (möglicherweise geschieht dies auch durch Drittmittel?) und dieses nicht ergebnisorientiert ist. Auch hängt [[WCG]] nicht jedes x-beliebige Projekt in sein Grid, so dass ggf. auch hier eine Prüfung vorgenommen wurde, ob es Aussicht auf Erfolg hat.
Da empfehle ich Dir das Buch "Newtons Koffer" oder den Satz: Traue nur Statistiken, die Du selbst gefälscht hast. :funny:
arminius hat geschrieben:Zum anderen finde ich es sehr gut, dass hier nicht jede Information einfach hingenommen wird, sondern kritisch hinterfragt. Nur, meine ich, stochern wir ein wenig im Nebel, so lange man nicht den Betreiber in diese Fragen einbindet.
Ich meine sogar, WCG hat ein Experten-Board, wo die eingehenden Projektvorschläge anständig durchgeschaut werden.
arminius hat geschrieben:Ich würde mich daher sehr freuen, wenn sich jemand von uns mit den Betreiber in Verbindung setzen könnte und diesen um Antworten bittet.
Mal sehen, ob ich Zeit dafür finde - wäre schön, jemand könnte wenigstens die Kontaktemail heraussuchen oder soll ich in deren Forum öffentlich am Projekt Bemängelungen anstellen? Es wird dann eine Kesselflickerei. Ich hatte das schon mal bei HCC probiert. Brachte leider nichts.

Zwei Dinge: Erstens bin ich mir gar nicht mal sicher, ob genomische Informationen über genügend Reispflanzenvarianten vorliegen, die man laut Projektbeschreibung gerne vergleichen möchte. Hat man die DNA nicht, hat man auch keine davon abgeleiteten Proteinsequenzen und kann auch keine Strukturvorhersagen machen. Hinzu kommt, daß man auf Basis eines DNA-Vergleichs schon mal Proteinvarianten aussortieren kann - wenigstens teilweise (wo kodierende Bereiche feststehen): Man muß nicht vergleichen, was identisch ist und das wird in weiten Bereichen der proteinkodierenden Regionen der Fall sein. Das wurde nicht gemacht, was zu einer unnötigen Erhöhung des Rechenaufwandes führen wird. Der Betreiber hat meines Wissens vor allem aber einen ganz eklatanten Fehler gemacht: Er geht davon aus, daß Proteine das A und O der Zelle sind. Das ist allerdings eine seit bereits etlichen Jahren antiquierte Vorstellung. Man weiß heute, daß in Eukaryonten fast alles über RNAs reguliert wird. Das betrifft das Timing, die Stabilität und die Mengen der Proteine - und als Folge davon die komplette Zusammensetzung des komplex interagierenden Protein-Protein-Wechselwirkungsnetzwerks, welches durch RNAs nämlich dynamisch angepaßt wird. Diese Aspekte sind der Kern der Problematik, die mit dem Projekt angegangen werden sollen - wurden aber nicht im Geringsten berücksichtigt.
Zweitens mal zur Nährstoffproblematik generell: Reis ist Scheiß. :funny: Ja, schon gut. Aber ist doch wahr. :funny: Richtig ist, daß Reis ein Grundnahrungsmittel ist - zumindest in vielen südlicheren Ländern (wobei auch in Italien Reis angebaut wird). Das liegt daran, daß er in erster Linie Stärke enthält. Die weißen, polierten Reiskörner haben im Grunde nichts anderes zu bieten als Stärke. Keine Vitamine. Und da liegt die Ursache so vieler Mangelerscheinungen in Entwicklungsländern. Die Leute kapieren es einfach nicht, daß Reis eben Scheiß ist. :funny: Ok - mal wieder sachlich: Also hat man probiert, genetisch veränderten Reis zu bastlen. Mit Erfolg. Dieser Reis ist jetzt aber gelblich und enthält Vitaminvorstufen (welche die Farbe verleihen). Menschen, die diesen Reis aufnehmen, sollten (keine Feldversuche bislang verfügbar nach meinem Wissens) die üblichen Mangelerscheinungen nicht mehr haben. Eigentlich eine nützliche Idee, gegen die von Seiten der Umweltschützer natürlich kräftigst gewettert wird. Teilweise mit nachvollziehbaren Arguenten, teilweise aus der üblichen Hysterie (oder sagen wir besser Vorsicht) heraus. Das geilste Gegenargument, das mir bislang unterkam war: Naja, man könne ja Leute nicht öffentlich als arm stigmatisieren, indem man ihnen schon farblich zu erkennden "Armenreis" zu futtern gäbe. Aua, aua, aua. :o

Michael.

P.S.: Mal am Rande: Die Amöbe hat etwa 200 mal mehr DNA als der Mensch. Würde mich wundern, wenn dieses Mehr für proportional mehr Protein kodieren würde. :wink:
Zuletzt geändert von Michael H.W. Weber am 13.05.2008 12:21, insgesamt 2-mal geändert.
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arminius

#19 Ungelesener Beitrag von arminius » 13.05.2008 11:52

Danke Dir für diese ausführliche Info!! Email-Adresse kommt per PN.
a.

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#20 Ungelesener Beitrag von Sven » 13.05.2008 12:19

Michael H.W. Weber hat geschrieben:...
P.S.: Mal am Rande: Die Amöbe hat etwa 200 mal mehr DNA als der Mensch. ...

Ist doch klar wieso die Amöbe soviel mehr an DNA hat. Als sie sich auf den Weg zur Menschwerdung machte, da musste nebenbei auch was für Tintenfische, Giraffen und Borstenwürmer abfallen... :P

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#21 Ungelesener Beitrag von Dennis Kautz » 13.05.2008 18:22

L3v3l0rd hat geschrieben:Wird mir meine Behauptung von den Machern nicht hieb- und stichfest widerlegt, gibts keine Rechenzeit.

Gruß, L3v3l
Dir ist schon klar, dass die Ergebnisse des WCG komplett unter public domain veröffentlicht werden?

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#22 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 13.05.2008 19:33

Hmmm - und wo kann ich die FAAH-Kandidaten einsehen? Oder die HPFP-Proteinmodele runterladen?

Michael.
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#23 Ungelesener Beitrag von X1900AIW » 13.05.2008 19:52

@(RKN_)frost
Da hast du aber im Forum ausführlicher erklärt :wink:
http://www.worldcommunitygrid.org/forum ... &offset=20

Das Argument ist gut und überzeugend. Dennoch warte ich das Ergebnis meiner Anfrage an Greenpeace Deutschland ab.

"DmitrIO" hat sich dort (Link eine Seite weiter) auch zu Wort gemeldet:
"I think in any case these result will be used for future researches. Hopefully by several organization (because WCG result will be public in any case), but definitely by the project author's organization. And at some point results (not from WCG, but based on these ones) can and probably will be patented. I don't think it is wrong and I would gladly participate knowing that maybe some day even patented final results will help to overcome food crisis." [Hervorhebung von mir]

Diese Aussage halte ich für typisch und denke, sie spiegelt die Meinung der meisten WCG-Mitglieder wieder. Ich habe nichts gegen diese Einstellung, aber es ist naiv zu glauben, Patente auf Lebensmittel hätten irgendwann einen positiven Effekt auf die Hunger-Bekämpfung. Patente sind nicht für wohltätige Zwecke angelegt. Ausser die UN selbst verfügen über sie und beauftragt auf deren Grundlage den günstigsten Produzenten für die Ernährung von Krisengebieten.

Zusammen mit der Aussage von "lawrencehardin" ....:
"Once information is in the public domain, it can be used by all plant breeders, whether they are university or government supported or employed by private corporations. The results from our computers are free for all."

... ergibt sich für das Bild, daß WCG diese Variante "Spätere Patente nicht ausgeschlossen" nicht ablehnt. Möge jeder sein Gewissen befragen. Ich kann das Projekt unter diesen Umständen nicht unterstüzten. Wäre bspw. das Ergebnis einer Recherche, daß die besagte Datenbank von Bioverse eine Art Schutz-Datenbank darstellt, um zielgerichtet Patente zu verhindern, bin ich der Erste unter den Ersten.

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Sven
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#24 Ungelesener Beitrag von Sven » 13.05.2008 20:15

Mal eine Frage an die Patentexperten. Unter der Voraussetzung das die reine Forschung, bzw. deren Ergebnisse Public Domain sind, kann doch derjenige, der als erster die Technik zur Umsetzung dieser Ergebnisse entwickelt, das Patent auf die Technik erlangen. Und die Kohle scheffeln.

Wenn ich mir so die bisher bekanntgewordenen Sitten und Gebräuche der internationalen Saatgutkonzerne ansehe, nein danke.

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