neues Projekt unter WCG: Nutritious Rice for the World

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neues Projekt unter WCG: Nutritious Rice for the World

Unread postby vfrey » 12.05.2008 17:41

https://secure.worldcommunitygrid.org/p ... iceMain.do
Mission
The objective of this project is to predict the structure of proteins of major strains of rice. The intent is to help farmers breed better rice strains with higher crop yields, promote greater disease and pest resistance, and utilize a full range of bioavailable nutrients that can benefit people around the world, especially in regions where hunger is a critical concern.

Determining the structure of proteins is an extremely difficult and expensive process. However, it is possible to computationally predict a protein's structure from its corresponding DNA sequence. The Computational Biology Research Group at the University of Washington has developed state of the art software to accomplish this. The difficulty is, there are thousands of distinct proteins found in rice. This presents a computational challenge that a single computer cannot solve within a reasonable timeframe. Therefore, volunteers of World Community Grid are invited to assist in this daunting task. Through collaboration with agricultural researchers and farmers, the hope is to eventually improve global rice yields and quality.
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Unread postby DO3PSN » 12.05.2008 17:51

Wäre super, wenn das jemand übersetzen würd. :D

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Unread postby schatten1411 » 12.05.2008 18:01

Grob übersetzt, Neue Proteinstruktur für Reis finden um ihn gegen so ziemlich alles widerstandsfähiger zu machen und um ihn in Gegenden anzupflanzen wo es sonst nicht geht.
schatten1411
 

Unread postby Dennis Kautz » 12.05.2008 18:02

Hab grad keine Zeit, das komplett zu übersetzen. Es geht kurz zusammengefasst darum, die Proteine von Reis zu untersuchen (ein Anfang wurde übrigens schon mit dem [wiki]Human Proteome Folding Project[/wiki] - auch unter dem WCG - gemacht. Damit soll herausgefunden werden, wie verschiedene Reissorten effektiv gekreuzt werden können, um möglichst viel Ertrag zu bekommen.

EDIT: Ein Artikel im Wiki ist angelegt: [wiki]Nutritious Rice for the World[/wiki].
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Unread postby Michael H.W. Weber » 12.05.2008 18:31

Es handelt sich offenbar um ein auf Rosetta@home basierendes Projekt wie HPFP, bloß diesmal für Reis. Weshalb man Proteinstrukturen für Kreuzungsplanungen von Reis benötigt, mag sich dem Himmel erschließen. Mir jedenfalls nicht. Ich hoffe, es wird nicht wieder so ein Deckmantelprojekt, wie HCC. Man kann doch wohl klar sagen, was man erreichen will, oder? Naja, ich denke wir warten mal ab, bis das Projekt konkret an den Start geht und mehr Informationen verfügbar werden. :wink:

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Unread postby hias » 12.05.2008 18:45

Das Ziel von diesem Projekt ist es die Proteinstrukturen der Hauptreisstämme (Sorten????) vorherzusagen. Beabsichtigt ist es Farmern bessere Reissorten zu ermöglichen mit höherem Ertrag, die Resitenz gegenüber Krankheiten voranzutreiben und die Volle Bandbreite der biologisch verfügbaren Baufstoffe zu benutzen, welche Leuten auf der ganzen Welt helfen können, vor allem in Regionen in denen Hunger ein großes Problem ist.

Die Proteinstruktur zu ermitteln ist ein sehr schwieriger und teurer Prozess. Trotzdem ist es möglich per Computer eine Proteinstrukutur von der entsprechenden DNA Sequenz vorherzusagen. Die "Computational Biology Research Group" von der Universität Washington hat eine neue hochmoderen Software entwickelt um dies zu meistern.
Die Schwierigkeit ist, dass tausende von deutlichen Proteinen im Reis gefunden wurde. Dies wirft eine rechenbetonte Herausforderung auf, die ein einzelner Computer in einem vernünftigen Zeitrahmen nicht bewältigen kann. Deswegen sind Freiwillige des WCG eingeladen dieser gewaltigen Herausforderung behilflich zu sein. Durch eine Zusammenarbeit mit Landwirtschaftlichen Forschern und Landwirten hofft man auf eine eventuelle Verbesserung des globalen Reisbedard und Reisqualität.
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Unread postby Dennis Kautz » 12.05.2008 19:00

Jetzt gibts auch Arbeit.
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Unread postby DO3PSN » 12.05.2008 19:15

Hört sich doch eigentlich net schlecht an.

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Unread postby X1900AIW » 12.05.2008 20:49

Meine Bedenken: Geht es um grüne Gentechnik oder nicht ? Anstatt die vorhandenen alten Reissorten zu nutzen, die m.W. in engen lokal Verbreitungsgebieten (China bspw.) einen sehr hohen Ertrag und eine "natürliche" Resistenz entwickelt haben, sollen also neue Sorten gefunden werden. Bin ich prinzipiell DAGEGEN.

Hat das einen kommerziellen Hintergrund oder nicht ? Zumindest wird nach den u.g. Links auf eine Abteilung verwiesen, die offensichtlich eine Gen-Datenbank betreibt (so ich das richtig übersetzt habe). Bin einfach vorsichtig geworden (Greenpeace - Gen-Patente).

Aktueller Hintergrund-Artikel zu Reis im Stern (24.04.2008):
http://www.stern.de/wissenschaft/ernaeh ... .html?vs=1

WCG hatte bisher mein Vertrauen, aber diese Geschichte ist mir erstmal suspekt. In der WCG-Rice-FAQ steht im Abschnitt "How is Protinfo different from other approaches?" etwas über eine Art "Gütemerkmal" mit Link auf CASP und natürlich der Link auf die "Researcher´s" Webseite ...
http://protinfo.compbio.washington.edu/rice/

Die WCG-Projektseite verweist auf die "Research Participants" mit dem angeschlossenen Institut (?) Bioverse, deren Summary finde ich interessant (About > Summary):
http://compbio.washington.edu/
http://bioverse.compbio.washington.edu/

"The Bioverse is an object-oriented framework for exploring the relationships among the molecular, genomic, proteomic, systems, and organismal worlds. We use computational techniques to perform sophisticated analyses on genomic sequence data to annotate and understand relationships between the sequence, structure, and function of DNA, RNA, proteins and metabolites, at both the molecular and the genomic/systems levels. A key paradigm in the Bioverse framework is to use sensitive homology detection based on sequence, structure and function to transfer information across organisms.

This will result in an extremely complicated weighted graph that connects different (all, in the long term) sequence, structure, and functional data, that will be searchable for biologically relevant sub-graphs/networks in a sophisticated manner (for example, "which proteins in a particular organism are co-expressed together in every known experiment and have similar three-dimensional structures?"). Time-dependent "evolution" of these networks will also be possible.

We (meaning the scientific community) are in an unique position to do this given that the entire genomes of several organisms have been sequenced." [Hervorhebungen von mir]

Für mich ist das eindeutig grüne Gentechnik. Mir gefällt einfach mal der Standpunkt nicht, aus dem heraus argumentiert wird: Wir Wissenschaflter können das tun also tun wir es. Weckt Anklänge an Historie. Ob diese Abteilung nun zu den Participants dazu gehört, und welche ist die für mich entscheidende Frage, um mich am Projekt zu beteiligen und auch WCG entsprechend zu hinterfragen.

***********************************
Diese Links/Informationsquellen der UN-Organisation "World Food Organization" zum Thema Reis habe ich mal zusammengetragen:
http://www.wfp.org/english/?n=681 - Reis-Programm - Übersicht
http://www.wfp.org/german/ - die deutsche Seite hat keine Infos zum Thema Reis
http://www.freerice.com/ - Offizielles Game ! :wink:
http://www.wfp.org/german/?NodeID=42&k=377 - Weltweiter Aktionstag am 01.Juni 2008
***********************************

Kann mir mal einer hier aufdröseln, ob ich richtig und damit bei diesem Projekt falsch liege ?
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Unread postby Lasse Kolb » 12.05.2008 20:52

Hat aber nix mit "wie baue ich mir den perfekten Genreis" zu tun, oder? :-/
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Unread postby Roland Schneider » 12.05.2008 21:42

lasse wrote:Hat aber nix mit "wie baue ich mir den perfekten Genreis" zu tun, oder? :-/


An den Genen wird da nicht manipuliert, da werden halt einfach zwei Pfanzen bzw. zwei Reissorten miteinander gekreuzt, um möglichst das gewünschte Ergebnis zu erhalten. Das wird schon seit Jahrhunderten (Jahrtausenden?) von Menschen gemacht, ob nun mit Pflanzen oder Tieren. Jetzt wird halt der Computer zu Hilfe genommen, um rauszubekommen welche Pflanzen man am Besten miteinander kreuzt, um dem Ziel näher zu kommen, ohne dass man alle Reissorten tatsächlich miteinander kreuzen muss, wie das bisher der Fall war.
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Unread postby schatten1411 » 12.05.2008 21:45

omega wrote:Das wird schon seit Jahrhunderten (Jahrtausenden?) von Menschen gemacht, ob nun mit Pflanzen oder Tieren.


Mutter Natur macht das schon länger.
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